pep8

.gitignore

@@ -41,6 +41,9 @@ __old__
 
 *-venv
 
+mage8
+adists
+
 ### END CUSTOM ###
 
 # Created by https://www.toptal.com/developers/gitignore/api/python

.gitlab-ci.yml

@@ -29,7 +29,8 @@ stages:
 #############
 
 variables:
-  MAGE_8_VERSION: "v8.3.6"
+  MAGE_8_VERSION: "permalink/latest"
+  ADISTS_VERSION: "permalink/latest"
 
 dl-mage8-doc:
   stage: downloads
@@ -83,6 +84,34 @@ dl-mage8-windows:
       - mage8-windows/mailleurTT.exe
       - mage8-windows/libbief.dll
 
+dl-adists-linux:
+  stage: downloads
+  tags:
+    - linux
+  rules:
+    - if: $CI_COMMIT_BRANCH == 'ci-test' || $CI_COMMIT_BRANCH == 'master' || $CI_COMMIT_TAG
+  script:
+    - mkdir -p adists-linux
+    - cd adists-linux
+    - curl -L -o adists https://gitlab.irstea.fr/jean-baptiste.faure/adists/-/releases/$ADISTS_VERSION/downloads/executables/adists
+  artifacts:
+    paths:
+      - adists-linux/adists
+
+dl-adists-windows:
+  stage: downloads
+  tags:
+    - linux
+  rules:
+    - if: $CI_COMMIT_BRANCH == 'ci-test' || $CI_COMMIT_BRANCH == 'master' || $CI_COMMIT_TAG
+  script:
+    - mkdir -p adists-windows
+    - cd adists-windows
+    - curl -L -o adists.exe https://gitlab.irstea.fr/jean-baptiste.faure/adists/-/releases/$ADISTS_VERSION/downloads/executables/adists_win64.exe
+  artifacts:
+    paths:
+      - adists-windows/adists.exe
+
 #############
 # CONFIGURE #
 #############
@@ -177,13 +206,32 @@ build-td:
     - job: set-version
       artifacts: true
   script:
-    - cd ./doc/users/Tuto1/
+    - cd ./doc/users/TP_Hydraulique_Hogneau/
     - ./build.sh
   artifacts:
     paths:
-      - doc/users/Tuto1/step-by-step.pdf
-      - doc/users/Tuto1/pas-a-pas.pdf
-      - doc/users/Tuto1/data/
+      - doc/users/TP_Hydraulique_Hogneau/step-by-step.pdf
+      - doc/users/TP_Hydraulique_Hogneau/pas-a-pas.pdf
+      - doc/users/TP_Hydraulique_Hogneau/Tuto-2-fr.pdf
+      - doc/users/TP_Hydraulique_Hogneau/data/
+  allow_failure: true
+
+build-td-2:
+  stage: build
+  tags:
+    - linux
+  needs:
+    - job: set-version
+      artifacts: true
+  script:
+    - cd ./doc/users/TP_AdisTS_Vieux_Rhone/
+    - ./build.sh
+  artifacts:
+    paths:
+      - doc/users/TP_AdisTS_Vieux_Rhone/pas-a-pas.pdf
+      - doc/users/TP_AdisTS_Vieux_Rhone/data/
+      - doc/users/TP_AdisTS_Vieux_Rhone/Sujet.pdf
+      - doc/users/TP_AdisTS_Vieux_Rhone/Vieux_Rhone_TP_AdisTS.pamhyr
   allow_failure: true
 
 build-developers-doc:
@@ -224,6 +272,8 @@ build-linux:
   rules:
     - if: $CI_COMMIT_BRANCH == 'ci-test' || $CI_COMMIT_BRANCH == 'master' || $CI_COMMIT_TAG
   needs:
+    - job: dl-adists-linux
+      artifacts: true
     - job: dl-mage8-linux
       artifacts: true
     - job: dl-mage8-doc
@@ -238,6 +288,8 @@ build-linux:
     #   artifacts: true
     - job: build-td
       artifacts: true
+    - job: build-td-2
+      artifacts: true
   script:
     - mkdir -p linux
     - cd linux
@@ -260,6 +312,9 @@ build-linux:
     # Copy mage
     - mkdir -p pamhyr/mage8
     - cp -v ../mage8-linux/* pamhyr/mage8/
+    # Copy adists
+    - mkdir -p pamhyr/adists
+    - cp -v ../adists-linux/* pamhyr/adists/
     # Copy Pamhyr
     - cp -r dist/pamhyr/* pamhyr/
     # Pamhyr script to force x11
@@ -294,16 +349,22 @@ build-linux:
     - cp -r ../doc/dev/images/* pamhyr/doc/images
     - cp -r ../doc/images/* pamhyr/doc/images
     # Copy Tuto
-    - mkdir -p pamhyr/doc/Tuto1/
-    - mkdir -p pamhyr/doc/Tuto1/data
-    - cp ../doc/users/Tuto1/Hogneau_Engees2022.pdf pamhyr/doc/Tuto1/Hogneau_Engees2022.pdf
-    - cp ../doc/users/Tuto1/step-by-step.pdf pamhyr/doc/Tuto1/Tuto1-en.pdf
-    - cp ../doc/users/Tuto1/pas-a-pas.pdf pamhyr/doc/Tuto1/Tuto1-fr.pdf
-    - cp ../doc/users/Tuto1/*.pamhyr pamhyr/doc/Tuto1/
-    - cp ../doc/users/Tuto1/data/* pamhyr/doc/Tuto1/data/
+    - mkdir -p pamhyr/doc/TP_Hydraulique_Hogneau/
+    - mkdir -p pamhyr/doc/TP_Hydraulique_Hogneau/data
+    - cp ../doc/users/TP_Hydraulique_Hogneau/Hogneau_Engees2022.pdf pamhyr/doc/TP_Hydraulique_Hogneau/Hogneau_Engees2022.pdf
+    - cp ../doc/users/TP_Hydraulique_Hogneau/step-by-step.pdf pamhyr/doc/TP_Hydraulique_Hogneau/Tuto1-en.pdf
+    - cp ../doc/users/TP_Hydraulique_Hogneau/pas-a-pas.pdf pamhyr/doc/TP_Hydraulique_Hogneau/Tuto1-fr.pdf
+    - cp ../doc/users/TP_Hydraulique_Hogneau/Tuto-2-fr.pdf pamhyr/doc/TP_Hydraulique_Hogneau/Tuto2-fr.pdf
+    - cp ../doc/users/TP_Hydraulique_Hogneau/*.pamhyr pamhyr/doc/TP_Hydraulique_Hogneau/
+    - cp ../doc/users/TP_Hydraulique_Hogneau/data/* pamhyr/doc/TP_Hydraulique_Hogneau/data/
+    - mkdir -p pamhyr/doc/TP_AdisTS_Vieux_Rhone/
+    - mkdir -p pamhyr/doc/TP_AdisTS_Vieux_Rhone/data
+    - cp ../doc/users/TP_AdisTS_Vieux_Rhone/*.pdf pamhyr/doc/TP_AdisTS_Vieux_Rhone/
+    - cp ../doc/users/TP_AdisTS_Vieux_Rhone/data/* pamhyr/doc/TP_AdisTS_Vieux_Rhone/data/
+    - cp ../doc/users/TP_AdisTS_Vieux_Rhone/Vieux_Rhone_TP_AdisTS.pamhyr pamhyr/doc/TP_AdisTS_Vieux_Rhone/Vieux_Rhone_TP_AdisTS.pamhyr
     # Copy TP charriage
     - mkdir -p pamhyr/doc/TP_charriage/
-    - cp ../doc/users/TP_charriage/* pamhyr/doc/TP_charriage
+    - cp -r ../doc/users/TP_charriage/* pamhyr/doc/TP_charriage
   artifacts:
     paths:
       - linux/pamhyr
@@ -317,6 +378,8 @@ build-windows:
   needs:
     - job: dl-mage8-windows
       artifacts: true
+    - job: dl-adists-windows
+      artifacts: true
     - job: dl-mage8-doc
       artifacts: true
     - job: set-version
@@ -329,6 +392,8 @@ build-windows:
     #   artifacts: true
     - job: build-td
       artifacts: true
+    - job: build-td-2
+      artifacts: true
   script:
     - mkdir windows
     - cd windows

doc/dev/documentation.org

@@ -28,20 +28,6 @@
 #+OPTIONS: toc:t
 #+LANGUAGE: UKenglish
 
-#+NAME: attr_wrap
-#+HEADER: :var width="\\textwidth"
-#+HEADER: :var caption=""
-#+HEADER: :var smallcaption=""
-#+HEADER: :var name=""
-#+HEADER: :var data=""
-#+HEADER: :var float="nil"
-#+BEGIN_SRC sh :results output :exports none
-  echo "#+CAPTION[$smallcaption]: $caption"
-  echo "#+NAME: $name"
-  echo "#+ATTR_LATEX: :width $width :float $float"
-  echo "$data"
-#+END_SRC
-
 #+BEGIN_abstract
 This document is for the use of developers. It describes the project
 architecture, the tools available to assist development and
@@ -54,13 +40,13 @@ documentation, translations or code.
 
 * Introduction
 
-Pamhyr2 is free and open source software (FOSS) graphical user
+{{{pamhyr2}}} is free and open source software (FOSS) graphical user
 interface (GUI) for 1D hydro-sedimentary modelling of rivers developed
 in Python (with version 3.8). It use PyQt at version 5 and matplotlib
 in version 3.4.1 or later for the user insterface (see
 {{{file(/requirements.txt)}}} for details). The architecture of
 project code follow the Qt Model/View architecture [fn:qt-arch] (see
-details in section [[Architecture]]). Pamhyr2 packages can be build
+details in section [[Architecture]]). {{{pamhyr2}}} packages can be build
 manually (see section [[Building packages]]), but there are automatically
 build with the gitlab-ci (see the section [[Setup the CI
 environment]]). Documentation files are written with org-mode[fn:org],
@@ -75,7 +61,7 @@ https://doc.qt.io/qt-5/model-view-programming.html (last access
 
 * Architecture
 
-Pamhyr2's architecture is based on Qt Model/View, see Figure
+{{{pamhyr2}}}'s architecture is based on Qt Model/View, see Figure
 [[graph-architecture]]. It is made up of several different components: the
 model (in blue), the graphical components (in red), the
 actions/delegates (in green), the commands (in purple), the solvers
@@ -178,7 +164,7 @@ https://doc.qt.io/qt-5/model-view-programming.html
 
 ** Model
 
-The model is a set of Python classes. In Pamhyr2, this classes must
+The model is a set of Python classes. In {{{pamhyr2}}}, this classes must
 respect some constraint. Each model class must inherits
 =Model.Tools.SQLSubModel= abstract class, except the =Model.Study=
 class who inherits =Model.Tools.SQLModel= (see [[SQL]]).
@@ -456,12 +442,12 @@ of Bar (Listing [[sql-bar]] and [[sql-foo]]).
               bar._sql_save(execute, data=data)
 #+end_src
 
-Let see the results database scheme for Pamhyr2 at version v0.0.7 in
+Let see the results database scheme for {{{pamhyr2}}} at version v0.0.7 in
 Figure [[sql_schema]].
 
 #+NAME: sql_schema
 #+ATTR_LATEX: :width 16cm
-#+CAPTION: SQLite database scheme at Pamhyr2 version v0.0.7 (generate with [[https://gitlab.com/Screwtapello/sqlite-schema-diagram]])
+#+CAPTION: SQLite database scheme at {{{pamhyr2}}} version v0.0.7 (generate with [[https://gitlab.com/Screwtapello/sqlite-schema-diagram]])
 [[./images/schema_v0.0.7.png]]
 
 
@@ -486,7 +472,7 @@ PamhyrModelList but use a dictionary instead of list.
 
 ** View
 
-Pamhyr2 use Qt as graphical user interface library with the
+{{{pamhyr2}}} use Qt as graphical user interface library with the
 application "Qt designer" for windows or widget creation (see [[UI file]])
 and "Qt linguist" for interface translate (see [[Translate]]). In
 addition, we use matplotlib as ploting library (see [[Plot]]).
@@ -501,11 +487,11 @@ componant translate, and possible other files or sub-directories.
 
 *** UI file
 
-We define as possible all Pamhyr2 windows and custom widgets with "Qt
-designer". This application generate UI file who describes interface
-organisation with table, layout, button, etc. This method is faster
-than hand made windows and widget creation, and saves us some purely
-descriptive code. The UI files are saved into =src/View/ui= for
+We define as possible all {{{pamhyr2}}} windows and custom widgets
+with "Qt designer". This application generate UI file who describes
+interface organisation with table, layout, button, etc. This method is
+faster than hand made windows and widget creation, and saves us some
+purely descriptive code. The UI files are saved into =src/View/ui= for
 window, and =/src/View/ui/Widgets= for custom widget.
 
 *** Translate
@@ -533,10 +519,11 @@ window, and =/src/View/ui/Widgets= for custom widget.
 
 *** Window
 
-The abstract class PamhyrWindow and PamhyrDialog are used for most of
-Pamhyr2 window. These class allow to create an window for Pamhyr2 GUI
-and implemente some useful methods. The super class method difine some
-generic value from optional parameters, for examples:
+The abstract class =PamhyrWindow= and =PamhyrDialog= are used for most
+of {{{pamhyr2}}} window. These class allow to create an window for
+{{{pamhyr2}}} GUI and implemente some useful methods. The super class
+method difine some generic value from optional parameters, for
+examples:
 - =self._study=: The study giving in constructor parameters =study=
   (typically a =Model.Study= class object)
 - =self._config=: The configuration giving in constructor parameters
@@ -546,7 +533,7 @@ generic value from optional parameters, for examples:
   object)
 
 #+NAME: window
-#+CAPTION: Example of Pamhyr2 window
+#+CAPTION: Example of {{{pamhyr2}}} window
 #+begin_src python :python python3 :results output :noweb yes
   from View.Tools.PamhyrWindow import PamhyrWindow
   from View.My.Translate import MyTranslate
@@ -593,7 +580,7 @@ window componants or connections.
 
 *** Table
 
-An abstract class PamhyrTableModel is available to define a simple
+An abstract class =PamhyrTableModel= is available to define a simple
 QAbstractTableModel shortly. In simple cases, there are only =data=
 and =setData= methode to implement, but the constructor needs more
 information than a classic QAbstractTableModel class.
@@ -654,7 +641,7 @@ class AddNodeCommand(QUndoCommand):
 
 All undo command must be push into a =QUndoStack= (see Listing
 [[undo-cmd-push]]) to perform the action and allow user undo and redo this
-action. In PamhyrWindow (and PamhyrDialog) the undo stack is
+action. In =PamhyrWindow= (and =PamhyrDialog=) the undo stack is
 automatically create if the option ="undo"= is activate at window
 creation, this stack is accessible at =self._undo_stack=.
 
@@ -672,7 +659,7 @@ creation, this stack is accessible at =self._undo_stack=.
 *** Plot
 
 To define a new plot you can create a class who inherit to
-PamhyrPlot. The creator need at leaste five argument:
+=PamhyrPlot=. The creator need at leaste five argument:
  - A =canvas= of type =MplCanvas=
  - A (optional) =trad= of type =PamhyrTranslate=
  - A =data= used in =draw= and =update= to create and update the plot
@@ -719,8 +706,8 @@ data has changed.
 
 ** Solver
 
-The Pamhyr2 architecture allow to define multiple solver. A solver is
-define by a:
+The {{{pamhyr2}}} architecture allow to define multiple solver. A
+solver is define by a:
  - type
  - name
  - description,
@@ -736,11 +723,11 @@ different solver type, this solver type implement the code for export
 study to solver input format, and read the solver output to study
 results. There exists a generic solver with a generic input and output
 format, the type could be use to use a solver not implemented in
-Pamhyr2, but this solver must can read/write input and output generic
-format or use external script. There is possible to define different
-solver with the same type, for example two differents version of the
-same solver. Finaly, with input and output formater is possible to
-execute a code on distant computer, for example, over ssh.
+{{{pamhyr2}}}, but this solver must can read/write input and output
+generic format or use external script. There is possible to define
+different solver with the same type, for example two differents
+version of the same solver. Finaly, with input and output formater is
+possible to execute a code on distant computer, for example, over ssh.
 
 #+name: graph-multi-solver
 #+header: :results drawer
@@ -857,8 +844,8 @@ solver and get results:
  - (2.1) The solver read the input file(s)
  - (2.2) The solver compute results and write it to solver output
    file(s)
- - (3) Pamhyr2 create a =Results= object
- - (3.1) The Pamhyr2 solver class read solver output file(s) and
+ - (3) {{{pamhyr2}}} create a =Results= object
+ - (3.1) The {{{pamhyr2}}} solver class read solver output file(s) and
    complete Results with readed data
 
 #+name: graph-pipeline
@@ -976,7 +963,7 @@ the temporal order of action is prensented in Figure
   }
 #+end_src
 
-To implement a Solver in Pamhyr2, there exists a abstract class
+To implement a Solver in {{{pamhyr2}}}, there exists a abstract class
 =Solver.AbstractSolver=. A class who herits this class, must implement
 different methods:
  - =export=: Export the study to solver input file(s)
@@ -987,7 +974,7 @@ different methods:
 
 ** Unit tests
 
-A very small part of Pamhyr2 has unit test. This part is limited to the Model.
+A very small part of {{{pamhyr2}}} has unit test. This part is limited to the Model.
 
 #+begin_src shell
   python3 -m venv test
@@ -1000,9 +987,9 @@ A very small part of Pamhyr2 has unit test. This part is limited to the Model.
 
 ** The debug mode
 
-To activate an deactivate the Pamhyr2 debug mode you can open the
-configuration window and type "Ctrl+G" or run Pamhyr2 with command
-line:
+To activate an deactivate the {{{pamhyr2}}} debug mode you can open
+the configuration window and type "Ctrl+G" or run {{{pamhyr2}}} with
+command line:
 #+begin_src shell
 ./Pamhyr2 debug
 #+end_src
@@ -1015,7 +1002,7 @@ data base file.
 
 #+NAME: debug-repl
 #+ATTR_LATEX: :width 14cm
-#+CAPTION: Pamhyr2 debug Python REPL
+#+CAPTION: {{{pamhyr2}}} debug Python REPL
 [[./images/python-debug-repl.png]]
 
 * Build the project
@@ -1028,7 +1015,7 @@ to build packages manually.
 If you need an hand made package, you can script available in
 {{{file(packages)}}} directory.
 
-*** GNU/Linux
+*** GNU/Linux {{{linux}}}
 
 On GNU/Linux building GNU/Linux packages is easy, you just need python
 in version 3.8 must be installed with venv and pyinstaller packages
@@ -1050,7 +1037,7 @@ cd packages
 ./linux.sh
 #+end_src
 
-*** Windows
+*** Windows {{{windows}}}
 
 To make the Windows packages you have two choice: If you use Windows
 you can use the script {{{file(packages/windows.bat)}}}, other else
@@ -1065,10 +1052,10 @@ winetricks installed.
 
 ** Setup the CI environment
 
-Pamhyr2 need a Linux ci-runner and a Windows ci-runner for building
+{{{pamhyr2}}} need a Linux ci-runner and a Windows ci-runner for building
 package. The windows ci-runner could run on a Wine environement.
 
-*** Linux
+*** Linux {{{linux}}}
 
 The Linux ci-runner need some software and dependencies in addtion of
 gitlab-ci.
@@ -1078,10 +1065,11 @@ gitlab-ci.
        emacs emacs-goodies-el                     \
        texlive-full                               \
        python3.8 python3.8-venv
+
   sudo python3 -m pip install pyinstaller
 #+end_src
 
-*** Windows (Wine)
+*** Windows (Wine) {{{windows}}}
 
 The ci-runner environment for Wine need at least wine version 8, let
 [[https://www.numetopia.fr/comment-installer-wine-sur-ubuntu-ou-linux-mint/][see who to add wine official depot to your linux distribution]].
@@ -1090,18 +1078,77 @@ The ci-runner environment for Wine need at least wine version 8, let
 sudo apt install wine-stable winetricks
 #+end_src
 
-In addition, the environment need windows version of:
- - [[https://www.python.org/ftp/python/3.8.10/python-3.8.10-amd64.exe][Python 3.8.10]]
- - Git
- - PowerShell
- - Gitlab-ci
+**** Setup environment
+
+Export Wine environment variable to set wine as 64 bits architecture
+and set the correct path for wine environment.
+
+#+begin_src shell
+  export WINARCH=win64
+  export WINEPREFIX=$PWD/my-wine-runner-prefix
+#+end_src
+
+Setup Wine environment to Windows 10 and install the minimal fonts
+with =winetricks=.
+
+#+begin_src shell
+  winetricks corefonts win10
+#+end_src
+
+**** Install dependencies
+
+First install 7zip with help of =winetricks=.
+
+#+begin_src shell
+  winetricks 7zip
+#+end_src
+
+In addition, install in the environment the Windows version of:
+ - [[https://www.python.org/ftp/python/3.8.10/python-3.8.10-amd64.exe][Python 3.8.10]] (ensure the python path is set and Pip is enable)
+ - [[https://git-scm.com/downloads][Git]]
+ - [[https://github.com/PowerShell/PowerShell/releases/download/v7.0.1/PowerShell-7.0.1-win-x64.msi][PowerShell]]
  - [[https://freefr.dl.sourceforge.net/project/nsis/NSIS%203/3.08/nsis-3.08-setup.exe][Nsis]]
 
+To run a Windows executable into wine environement, use =wine64= command:
+
+#+begin_src shell
+  wine64 <the-exe-file>
+#+end_src
+
 Now, we can install =pyinstaller= on this windows environment:
 #+begin_src shell
 wine python -m pip install pyinstaller
 #+end_src
 
+Now, we can download [[https://docs.gitlab.com/runner/install/windows.html][Gitlab-ci]] runner for Windows an put it in the
+current path.
+
+**** Setup runner
+
+You can configure the runner with command:
+
+#+begin_src shell
+  wine64 gitlab-runner-windows-amd64.exe register
+#+end_src
+
+**** Run the runner
+
+Create a new executable shell script =runner.sh= with following lines:
+
+#+begin_src shell
+  #! /bin/sh
+
+  export WINARCH=win64
+  export WINEPREFIX=$PWD/my-wine-runner-prefix
+
+  wine64 gitlab-runner-windows-amd64.exe run
+#+end_src
+
+Now you can run the runner with command =./runner.sh=.
+
+{{{bulb}}} You can run this command into a =screen= terminal, detach
+the terminal and disconnect from runner machine to keep runner alive.
+
 * Documentation files
 
 This document and the user documentation are org files. This text file
@@ -1284,23 +1331,23 @@ Some org-mode configuration used in documentations files are define in
 
 * How to contribute?
 
-Pamhyr2 is free software: you can redistribute it and/or modify it
-under the terms of the GNU General Public License[fn:license], either
-version 3 of the License, or any later version.
+{{{pamhyr2}}} is free software: you can redistribute it and/or modify
+it under the terms of the GNU General Public License[fn:license],
+either version 3 of the License, or any later version.
 
 [fn:license] The GPLv3 web page:
 https://www.gnu.org/licenses/gpl-3.0.en.html
 
 ** Guidelines
 
-To contribute to Pamhyr2, we expect a minimum of respect between
+To contribute to {{{pamhyr2}}}, we expect a minimum of respect between
 contributors. We therefore ask you to respect the following rules
 regarding communication and contribution content:
 + No gender, racial, religious or social discrimination
 + No insults, personal attacks or potentially offensive remarks
-+ Pamhyr2 is free software, and intended to remain so, so take care
-  with the licensing of libraries and external content you want to add
-  to the project
++ {{{pamhyr2}}} is free software, and intended to remain so, so take
+  care with the licensing of libraries and external content you want
+  to add to the project
 + Humour or hidden easter eggs are welcome if they respect the
   previous rules
 
@@ -1311,11 +1358,12 @@ an issue on the project's gitlab page[fn:p2-gitlab], or you can create
 a merge request on the same page with the changes you have made to the
 code, translation or documentation.
 
-The Pamhyr2 copyright is owned by INRAE[fn:inrae], but we keep a
-record of each contributors. If you made a modification to pamhyr2
-software, please add your name at the end of {{{file(AUTHORS)}}} file
-and respect the Listing [[auth-format]] format. You can update this file
-information for following contribution.
+The {{{pamhyr2}}} copyright is owned by INRAE[fn:inrae], but we keep a
+record of each contributors. If you made a modification to
+{{{pamhyr2}}} software, please add your name at the end of
+{{{file(AUTHORS)}}} file and respect the Listing [[auth-format]]
+format. You can update this file information for following
+contribution.
 
 #+NAME: auth-format
 #+CAPTION: =AUTHORS= file format
@@ -1326,16 +1374,17 @@ information for following contribution.
 #+CAPTION: Current =AUTHORS= file
 #+INCLUDE: "../../AUTHORS" src text
 
-[fn:p2-gitlab] The Pamhyr2 Gitlab project page:
-https://gitlab.irstea.fr/theophile.terraz/pamhyr
+[fn:p2-gitlab] The {{{pamhyr2}}} Gitlab project page:
+https://gitlab.com/pamhyr/pamhyr2
 [fn:inrae] The INRAE web site: https://www.inrae.fr/
 
 ** Translate
 
 You can improve or add translation for the project. To contribute to
-Pamhyr2 translate, you need to use Qt Linguist[fn:qt-linguist]. Open
-Qt-linguist and edit the translation ({{{file(.ts)}}}) file, finally,
-commit the new version of file and make a merge request.
+{{{pamhyr2}}} translate, you need to use Qt
+Linguist[fn:qt-linguist]. Open Qt-linguist and edit the translation
+({{{file(.ts)}}}) file, finally, commit the new version of file and
+make a merge request.
 
 If you want add a new language, edit the script
 {{{file(src/lang/create_ts.sh)}}} like Listing [[ts-it]]. Run the script
@@ -1344,7 +1393,7 @@ and open the new file with Qt-linguist, setup target language (Figure
 file and make a merge request.
 
 #+NAME: ts-it
-#+CAPTION: Example of modified {{{file(src/lang/create_ts.sh)}}} to add italian (it) translate for Pamhyr2
+#+CAPTION: Example of modified {{{file(src/lang/create_ts.sh)}}} to add italian (it) translate for {{{pamhyr2}}}
 #+begin_src shell
   ...
   LANG="fr it"
@@ -1362,7 +1411,7 @@ https://doc.qt.io/qt-5/qtlinguist-index.html (last access 2023-09-18)
 ** Code contribution
 
 If you are developper you can improve and/or add features to
-Pamhyr2. Please, follow the architecture described in section
+{{{pamhyr2}}}. Please, follow the architecture described in section
 [[Architecture]] as closely as possible. Keep the code simple, clear and
 efficient as possible. The master branch is reserved for the project
 maintainer; you can create a new branch or fork the project before the

doc/paper/2023/simhydro/presentation/presentation.org

@@ -424,7 +424,7 @@ Create a new version of {{{pamhyr}}} called {{{pamhyr2}}}
 
 ** Contribution
 #+LaTeX: \begin{center}
-\faIcon{gitlab} https://gitlab.irstea.fr/theophile.terraz/pamhyr/
+\faIcon{gitlab} https://gitlab.com/pamhyr/pamhyr2/
 #+LaTeX: \end{center}
 
 *** For users
@@ -462,7 +462,7 @@ Create a new version of {{{pamhyr}}} called {{{pamhyr2}}}
 # #+END_EXPORT
 
 #+LaTeX: \begin{center}
-\faIcon{gitlab} https://gitlab.irstea.fr/theophile.terraz/pamhyr/
+\faIcon{gitlab} https://gitlab.com/pamhyr/pamhyr2/
 #+LaTeX: \end{center}
 
 #+LaTeX: \begin{center}

doc/tools/PamhyrDoc.cls

@@ -163,3 +163,7 @@
 \SetWatermarkScale{3}
 \SetWatermarkFontSize{1cm}
 \SetWatermarkText{Work in progress}
+
+%% Icons
+
+\usepackage{fontawesome5}

doc/tools/macro.org

@@ -17,11 +17,15 @@
 # -*- coding: utf-8 -*-
 
 # Constant name
-#+MACRO: oldPamhyr     PAMHyR
-#+MACRO: Pamhyr        Pamhyr2
-#+MACRO: Mage          Mage
-#+MACRO: Rubarbe       RubarBE
-#+MACRO: Inrae         INRAE
+#+MACRO: pamhyr        \textsc{PAMHyR}
+#+MACRO: pamhyr2       \textsc{Pamhyr2}
+#+MACRO: mage          \textsc{Mage}
+#+MACRO: mage7         \textsc{Mage7}
+#+MACRO: mage8         \textsc{Mage8}
+#+MACRO: rubarbe       \textsc{RubarBE}
+#+MACRO: adists        \textsc{AdisTS}
+#+MACRO: mascaret      \textsc{Mascaret}
+#+MACRO: inrae         INRAE
 #+MACRO: latex         \LaTeX
 
 # Information
@@ -35,6 +39,16 @@
 #+MACRO: cite          [cite:$1]
 #+MACRO: biblio        \bibliography{documentation}
 
+# Icons
+#+MACRO: bulb \faIcon{lightbulb}
+#+MACRO: OK  \faIcon{check}
+
+#+MACRO: linux  \faIcon{linux}
+#+MACRO: windows  \faIcon{windows}
+
+#+MACRO: python  \faIcon{python}
+#+MACRO: java  \faIcon{java}
+
 # Wrapper
 #+NAME: attr_wrap
 #+HEADER: :var width="\\textwidth"

doc/users/TP_AdisTS_Vieux_Rhone/Biblio.bib

@@ -0,0 +1,68 @@
+
+@article{camenen_simple_2007,
+	title = {Simple and {General} {Formula} for the {Settling} {Velocity} of {Particles}},
+	volume = {133},
+	language = {en},
+	number = {2},
+	urldate = {2025-01-23},
+	journal = {Journal of Hydraulic Engineering},
+	author = {Camenen, Benoit},
+	month = feb,
+	year = {2007},
+	pages = {229-233},
+}
+
+@article{meyer-peter_formulas_1948,
+	address = {Stockholm, Sweden},
+	title = {Formulas for bed-load transport.},
+	journal = {Report on Second Meeting of IAHR},
+	author = {Meyer-Peter, E and Mueller, R},
+	year = {1948},
+	pages = {39-64},
+}
+
+@article{elder_dispersion_1959,
+	title = {The dispersion of marked fluid in turbulent shear flow},
+	volume = {5},
+	issn = {0022-1120, 1469-7645},
+	language = {en},
+	number = {04},
+	urldate = {2025-01-23},
+	journal = {Journal of Fluid Mechanics},
+	author = {Elder, J. W.},
+	month = may,
+	year = {1959},
+	pages = {544},
+}
+
+@article{fischer_discussion_1975,
+	title = {Discussion of Simple Method for Predicting Dispersion in Streams},
+	volume = {101},
+	issn = {0090-3914, 2690-2435},
+	language = {en},
+	number = {3},
+	urldate = {2025-01-23},
+	journal = {Journal of the Environmental Engineering Division},
+	author = {Fischer, Hugo B},
+	month = mar,
+	year = {1975},
+	pages = {453-455},
+}
+
+@article{iwasa_predicting_1991,
+	address = {Hong Kong},
+	title = {Predicting longitudinal dispersion coefficient in open channel flows},
+	journal = {roc. Int. Symp. of Environmental Hydraulics},
+	author = {Iwasa, Y and Aya, S},
+	year = {1991},
+	pages = {505-510},
+}
+
+@book{soulsby_dynamics_1997,
+	address = {London},
+	edition = {Thomas Telford},
+	title = {Dynamics of {Marine} {Sands}: {A} {Manual} for {Practical} {Applications}},
+	urldate = {2025-01-23},
+	author = {Soulsby, Richard},
+	year = {1997},
+}

doc/users/TP_AdisTS_Vieux_Rhone/Sujet.tex

@@ -0,0 +1,175 @@
+
+%% LyX 2.0.2 created this file.  For more info, see http://www.lyx.org/.
+%% Do not edit unless you really know what you are doing.
+\documentclass[12pt,french]{article}
+\usepackage[T1]{fontenc}
+\usepackage[latin9]{inputenc}
+\usepackage{geometry}
+\geometry{verbose,tmargin=2cm,bmargin=2cm,lmargin=2cm,rmargin=2cm,headheight=2cm,headsep=2cm,footskip=2cm}
+\usepackage{textcomp}
+\usepackage{graphicx}
+\usepackage{hyperref}
+\usepackage[frenchb]{babel}
+
+\makeatletter
+
+%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% LyX specific LaTeX commands.
+\newcommand{\noun}[1]{\textsc{#1}}
+%% Because html converters don't know tabularnewline
+\providecommand{\tabularnewline}{\\}
+
+\makeatother
+
+\usepackage{babel}
+\addto\extrasfrench{%
+   \providecommand{\og}{\leavevmode\flqq~}%
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+}
+
+\begin{document}
+\includegraphics[width=5cm]{img/Logo-INRAE_Transparent.png}
+
+~
+
+~
+
+~
+
+\begin{center}
+
+TP AdisTS - Pamhyr2\\
+Version : Janvier 2025
+
+\par\end{center}
+
+~
+
+~
+
+\begin{center}
+
+\textbf{\LARGE Modélisation 1D du transport sédimentaire :  } \\
+\textbf{\LARGE Cas du Vieux-Rhône de Miribel-Jonage}\\
+\textbf{\LARGE (Lyon, France)}
+
+\par\end{center}{\LARGE \par}
+
+~
+\begin{center}
+	\includegraphics[width=17cm]{img/Garde.jpeg}
+	\par\end{center}
+~
+
+\begin{center}
+{\large INRAE Lyon-Grenoble Auvergne-Rhône-Alpes}
+\par\end{center}{\large \par}
+
+\begin{center}
+
+RiverLy, Hydraulique des rivières
+
+\par\end{center}
+
+~
+
+\begin{center}
+\begin{tabular}{lll}
+Auteur : & Dorian Hernandez & dorian.hernandez@inrae.fr\tabularnewline
+	     & Théophile Terraz & theophile.terraz@inrae.fr\tabularnewline
+
+\end{tabular}
+\par\end{center}
+
+~
+
+
+\pagebreak{}
+
+\begin{center}
+\tableofcontents{}
+\par\end{center}
+
+~
+
+\pagebreak{}
+
+% \section{Introduction}
+%
+% TODO
+%
+% \pagebreak{}
+
+
+\section{Contexte de l'étude - le colmatage du Vieux-Rhône}
+
+Le champ de captage de Crépieux-Charmy est un site de pompage d'eau potable alimentant 97 \% de la ville de Lyon. Situé au nord-est de la ville, il est en contact hydraulique avec trois chenaux du Rhône. Le canal de Miribel au Nord, dont les débits varient entre 89 (débit réservé) et 2400 ~$m³/s$ (Crue extrême), le canal de Jonage au sud, imposant un débit quasi constant de 600 ~$m³/s$ pour alimenter la centrale de Cusset, et un Vieux-Rhône qui traverse le site. Les fortes variations hydrauliques le long de Miribel, ainsi que le débit constant le long de Jonage mènent à un dépôt général des sédiments fins et grossiers le long du Vieux-Rhône, avec la création d'un remous important causé par Jonage.
+
+\begin{center}
+\includegraphics[width=15cm]{img/Intro.jpeg}
+\par\end{center}
+
+Eau du grand Lyon, le gérant du champ de captage, souhaite identifier les zones de dépôts de sédiments fin le long du Vieux-Rhône, cause principale de colmatage, impactant les performances de pompage de l'eau dans les nappes. 
+
+
+\begin{center}
+\includegraphics[width=15cm]{img/Champ_captant.jpeg}
+\par\end{center}
+
+Pour cela, une campagne expérimentale visant à identifier les zones colmatés du Vieux-Rhône a été réalisée et a mis en avant une hétérogénéité du site. Notamment, une forte zone de dépôts de grossier est présente en amont. Tandis qu'une présence plus importante de fines et sables dans la zone aval (zone de remous de Jonage) a été observée, ainsi qu'un colmatage plus important.
+
+\begin{center}
+	\includegraphics[width=15cm]{img/Grossier_sable.jpeg}
+\par\end{center}
+
+En parallèle, un modèle numérique hydraulique 1D a été élaboré sous Pamhyr2 afin d'analyser l'écoulement sur le site. Les résultats numériques mettent alors bien en avant le remous généré par Jonage, ainsi qu'une diminution de la vitesse de l'écoulement à partir du point kilométrique (PK) 1000, fin de la zone amont.
+
+\begin{center}
+	\includegraphics[width=15cm]{img/Simu.jpeg}
+	\par\end{center}
+
+\section{Objectifs de l'étude}
+
+Le modèle numérique 1D représente actuellement la partie hydraulique du système. L'objectif du TP est alors de mettre en donnée la partie sédimentaire (fines) du modèle, afin d'effectuer des calculs à l'aide de AdisTS , et in-fine, identifier les zones de dépôt et d'érosion des sédiments fins le long du Vieux-Rhône selon différents scénarios hydraulique. Les différentes étapes seront alors : 
+
+\begin{itemize}
+	\item Mettre en données le modèle Pamhyr2 du Vieux-Rhône pour le solveur AdisTS.
+	\item Lancer des calculs Mage - AdisTS pour différents scénarios hydrauliques.
+	\item Interpréter et discuter les résultats obtenus (comportement hydro-sédimentaire du site, impacts des débits, impact d'une crue, limites du modèle, etc..)
+\end{itemize}
+
+\section{Données fournies}
+
+\textbf{Le modèle numérique du Vieux-Rhône}
+
+Fichier \textit{Vieux\_Rhone\_TP\_AdisTS.pamhyr}.\\
+
+\textbf{Les scénarios hydrauliques}
+
+Quatre scénarios hydrauliques sont à analyser  (voir les conditions initiales hydraulique) : 
+
+\begin{itemize}
+	\item Le premier correspond à un débit constant de 25~$m³/s$
+	\item Le deuxième consiste en une faible montée en débit puis à une redescente (25 - 50 - 25~$m³/s)$.
+	\item Le troisième correspondant à une plus forte montée en débit (25 - 100 - 25~$m³/s)$.
+	\item Le dernier correspond à une crue (25 - 600 - 25~$m3/s)$.\\
+\end{itemize}
+
+\textbf{Propriétés des sédiments}
+
+Nous considérerons 2 classes de sédiments de types sable naturel, correspondant à une classe de Fines (limon) de diamètre moyen 63 microns et une classe de Sable de 500 microns. Les deux classes auront une masse volumique de 2650~$kg/m³$, et une porosité de 0,45 pourra être choisie. Leurs concentrations constantes en amont (conditions aux limites amont) seront de 60 $mg/l$ pour les fines et 30 $mg/l$ pour les sables. Nous considérerons dans un premier temps qu'il n'y a aucun dépôt initial de ces deux classes de sédiments et que la concentration initiale en sédiments dans le bief est nulle.\\
+
+\textbf{Documentation}
+
+\begin{itemize}
+	\item Un tutoriel guidé de mise en données : Pas-a-pas.pdf.
+	\item Un guide utilisateur de AdisTS : adis-TS\_usage.pdf
+	\item Un guide de conception de AdisTS : adis-TS\_conception.pdf
+\end{itemize}
+
+\section{Bonus}
+
+Ajouter une épaisseur initiale de sédiments \textit{Sables} au fond de 1 $cm$ et relancer un calcul avec le scénario 1.
+
+
+\pagebreak{}
+\end{document}

doc/users/TP_AdisTS_Vieux_Rhone/build.sh

@@ -0,0 +1,8 @@
+#! /bin/sh
+
+pdflatex -no-shell-escape pas-a-pas.tex
+bibtex pas-a-pas.aux
+pdflatex -no-shell-escape pas-a-pas.tex
+pdflatex -no-shell-escape pas-a-pas.tex
+pdflatex -no-shell-escape Sujet.tex
+pdflatex -no-shell-escape Sujet.tex

doc/users/TP_AdisTS_Vieux_Rhone/pas-a-pas.tex

@@ -0,0 +1,291 @@
+
+%% LyX 2.0.2 created this file.  For more info, see http://www.lyx.org/.
+%% Do not edit unless you really know what you are doing.
+\documentclass[12pt,french]{article}
+\usepackage[T1]{fontenc}
+\usepackage[latin9]{inputenc}
+\usepackage{geometry}
+\geometry{verbose,tmargin=2cm,bmargin=2cm,lmargin=2cm,rmargin=2cm,headheight=2cm,headsep=2cm,footskip=2cm}
+\usepackage{textcomp}
+\usepackage{graphicx}
+\usepackage{hyperref}
+\usepackage[frenchb]{babel}
+
+\makeatletter
+
+%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% LyX specific LaTeX commands.
+\newcommand{\noun}[1]{\textsc{#1}}
+%% Because html converters don't know tabularnewline
+\providecommand{\tabularnewline}{\\}
+
+\makeatother
+
+\usepackage{babel}
+\addto\extrasfrench{%
+   \providecommand{\og}{\leavevmode\flqq~}%
+   \providecommand{\fg}{\ifdim\lastskip>\z@\unskip\fi~\frqq}%
+}
+
+\begin{document}
+\includegraphics[width=5cm]{img/Logo-INRAE_Transparent.png}
+
+~
+
+~
+
+~
+
+\begin{center}
+
+Tutoriel Pas-à-pas AdisTS - Pamhyr2
+
+Version : Janvier 2025
+
+\par\end{center}
+
+~
+
+~
+
+\begin{center}
+
+\textbf{\LARGE Modélisation 1D du transport sédimentaire :  } \\
+\textbf{\LARGE Cas du Vieux-Rhône de Miribel-Jonage}\\
+\textbf{\LARGE (Lyon, France)}
+
+\par\end{center}{\LARGE \par}
+
+~
+\begin{center}
+	\includegraphics[width=17cm]{img/Garde.jpeg}
+	\par\end{center}
+~
+
+\begin{center}
+{\large INRAE Lyon-Grenoble Auvergne-Rhône-Alpes}
+\par\end{center}{\large \par}
+
+\begin{center}
+
+RiverLy, Hydraulique des rivières
+
+\par\end{center}
+
+~
+
+\begin{center}
+\begin{tabular}{lll}
+Auteurs : & Dorian Hernandez & dorian.hernandez@inrae.fr\tabularnewline
+	      & Théophile Terraz & theophile.terraz@inrae.fr\tabularnewline
+
+
+\end{tabular}
+\par\end{center}
+
+~
+
+\pagebreak{}
+
+\begin{center}
+\tableofcontents{}
+\par\end{center}
+
+~
+
+\pagebreak{}
+
+% \section{Introduction}
+%
+% TODO
+%
+% \pagebreak{}
+
+
+\section{Ouvrir l'étude}
+
+Lancez Pamhyr2.
+
+Cliquez sur le bouton \includegraphics[width=0.5cm]{../../../src/View/ui/ressources/open.png} puis ouvrez le modèle Pamhyr2 \textit{Vieux\_Rhone\_TP\_AdisTS.pamhyr}.
+
+Le modèle à un bief du Vieux-Rhône s'affiche sur la fenêtre graphique. 
+
+\begin{center}
+\includegraphics[width=15cm]{img/Open_model.jpeg}
+\par\end{center}
+
+
+\section{Mise en donnée}
+
+\subsection{Création des classes de sédiments}
+
+Dans la fenêtre principale, cliquez sur \texttt{[AdisTS] => [Polluants]} pour créer des classes de sédiments.
+
+\begin{center}
+\includegraphics[width=15cm]{img/Model_menu_Adists.jpeg}
+\par\end{center}
+
+La fenêtre \textit{Polluants - Vieux-Rhône} s'affiche. Elle va nous permettre de définir l'ensemble des caractéristiques (type de sédiment, taille moyenne, masse volumique,..) de nos classes de sédiments, ainsi que les conditions sédimentaires initiales et aux limites du modèle.
+
+A l'aide du bouton \includegraphics[width=0.5cm]{../../../src/View/ui/ressources/add.png} inclure deux nouvelles classes de sédiments et les nommer \textit{Fines} et \textit{Sables}.
+
+\begin{center}
+	\includegraphics[width=15cm]{img/Polluants_fenetre.jpeg}
+\par\end{center}
+
+Pensez à sauvegarder régulièrement l'étude, à l'aide du bouton \includegraphics[width=0.5cm]{../../../src/View/ui/ressources/save.png} de la fenêtre principale.
+
+\subsection{Caractéristiques et conditions initiales des sédiments}
+
+Pour pouvoir attribuer des caractéristiques et des conditions initiales à une classe de sédiments, il faut d'abord la sélectionner. 
+
+Cliquez sur la classe de sédiments \textit{Fines}, puis ouvrez la fenêtre \texttt{[Caractéristiques]}.
+
+\begin{center}
+	\includegraphics[width=15cm]{img/Pol_to_Caracteristique.jpeg}
+\par\end{center}
+
+La fenêtre d'édition de la classe de sédiments \textit{Fines} s'ouvre. 
+
+\begin{center}
+	\includegraphics[width=15cm]{img/caracteristique_fines_a_completer.jpeg}
+	\par\end{center}
+
+Celle-ci contient les informations nécessaire à la résolution des termes sources (taux d'érosion et de dépôt) de l'équation de transport-dispersion. Notamment pour le calcul de la vitesse de chute selon \cite{camenen_simple_2007} et la contrainte critique de mise en mouvement via l'approximation de \cite{soulsby_dynamics_1997}.
+
+Complétez les valeurs manquantes du tableau selon les données de l'énoncé. Puis, fermez la fenêtre des caractéristiques. 
+
+Ouvrez à présent la fenêtre de \texttt{[Conditions initiales]} (toujours pour les \textit{Fines}). 
+
+\begin{center}
+	\includegraphics[width=15cm]{img/CI.jpeg}
+\par\end{center}
+
+Cette fenêtre contient deux espaces permettant de définir la concentration initiale de \textit{Fines} (dans "l'eau" du bief) et l'épaisseur de dépôt de fines au fond du bief. Dans le compartiment de gauche, on définit les valeurs par défaut, appliquées à l'ensemble du bief. Le compartiment de droite permet d'imposer des conditions initiales différentes en fonction des PKs du bief. 
+
+Nous considérerons une concentration initiale nulle en sédiments fins, ainsi qu'une épaisseur nulle au fond.\\ 
+\\
+Fermez la fenêtre de conditions initiales.\\
+\\
+Sélectionnez la classe de sédiments \textit{Sables} et répétez les étapes précédentes en considérant cette fois-ci les caractéristiques propres aux sables selon l'énoncé.
+
+\subsection{Conditions aux limites}
+
+Pour les conditions aux limites il n'est pas nécessaire de mettre en surbrillance les classes de sédiments.\\
+\\
+Ouvrez la fenêtre de \texttt{[Conditions aux limites]} et ajouter deux conditions aux limites de type concentration au n½ud amont du bief. Il y aura alors une condition aux limites pour chaque classe de sédiments. 
+
+\begin{center}
+	\includegraphics[width=15cm]{img/CL.jpeg}
+\par\end{center}
+
+Éditez la condition aux limites \textit{Fines} en la mettant en surbrillance et en cliquant sur le bouton \includegraphics[width=0.5cm]{../../../src/View/ui/ressources/edit.png}.\\
+Créez une condition aux limites de type concentration constante de 0.060 $kg/m³$ en insérant deux lignes \textit{Temps/Concentration} à l'aide du bouton \includegraphics[width=0.5cm]{../../../src/View/ui/ressources/add.png}.
+
+\begin{center}
+	\includegraphics[width=15cm]{img/CL_edit.jpeg}
+\par\end{center}
+
+Procédez de la même façon pour la classe de sédiments \textit{Sables}, mais avec une concentration de 0.030 $kg/m³$.\\
+\\
+Fermez les fenêtres d'éditions des conditions aux limites et des polluants.
+
+\subsection{Caractéristiques du fond fixe}
+
+Dans la fenêtre principale, cliquez sur \texttt{[AdisTS] => [D90]}. Cette fenêtre permet de définir le diamètre des particules fixes au fond du canal, nécessaire pour le calcul du coefficient de Strickler à la manière de \cite{meyer-peter_formulas_1948}. De même que pour les conditions initiales des polluants, la fenêtre d'édition est divisée en deux parties afin d'introduire un paramètres par défaut et de laisser la possibilité d'appliquer des valeurs de $d_{90}$ variables le long du bief.
+	
+\begin{center}
+	\includegraphics[width=15cm]{img/D90.jpeg}
+\par\end{center}
+
+Définissez 2 coefficients différents. Une valeur de 5 cm sur la partie amont (zone principale de dépôt de grossier) et 2 cm sur la partie avale.
+
+\subsection{Coefficient de diffusion}
+
+Le coefficient de diffusion $D_f$ comprend une part de diffusion moléculaire prise par défaut à $D_{mol}=10^{-6}$, à laquelle s'ajoutent les diffusions turbulentes et la dispersion sous forme d'un seul terme $D_{mix}$ défini selon les formules de \cite{fischer_discussion_1975}, \cite{elder_dispersion_1959} ou \cite{iwasa_predicting_1991}. Il est aussi possible d'utiliser une forme générique de $D_{mix}$ (voir doc utilisateur) ou encore d'imposer une valeur constante. Dans le cas tu TP nous choisirons Iwasa et Aya avec $\alpha=2$.
+
+\begin{center}
+	\includegraphics[width=15cm]{img/Diff.jpeg}
+	\par\end{center}
+
+\section{Paramètres du solveur}
+
+Dans la fenêtre principale, cliquez sur \texttt{[Exécuter] => [Paramètres numériques des solveurs]}.
+Dans la fenêtre \textit{Paramètres du solveur}, sélectionnez l'onglet \texttt{[Adis-TS\_WC]}.
+
+Ces paramètres pilotent le comportement du solveur numérique. On retrouve notamment les temps de début et de fin de la simulation. Le pas de temps maximal en secondes pour le calcul. Le paramètre d'implicitation du schéma numérique de Crank-Nicholson (0.5 comme valeur recommandée). Les temps d'écriture des fichiers .bin, .csv (pour l'export à la volée), et de l'affichage à l'écran. On retrouve aussi la possibilité d'appliquer une concentration initiale.
+
+
+Exemple de valeurs des paramètres : 
+
+\begin{center}
+	\includegraphics[width=15cm]{img/Execute_param.jpeg}
+	\par\end{center}
+
+Fermez la fenêtre \textit{Paramètres du solveur}.
+
+\section{Lancer une simulation}
+
+Avant de lancer AdisTS, il est nécessaire d'avoir une première solution hydraulique.
+
+Vérifiez que les conditions aux limites amont et aval sélectionnées sont bien celles correspondantes à l'hydrogramme et au limnigramme du scénrio souhaité.
+
+\begin{center}
+	\includegraphics[width=15cm]{img/CL_verif.jpeg}
+	\par\end{center}
+
+Dans la fenêtre principale, cliquez sur \texttt{[Exécuter] => [Lancer le solveur]}.
+Sélectionnez \textit{Defaut-Mage - (Mage8)} et cliquez sur le bouton \textit{Lancer}.
+La fenêtre \textit{Log du solveur} s'ouvre.
+Cette fenêtre affiche les sorties texte du solveur.
+À partir de la fenêtre \textit{Log du solveur}, il est possible de réexécuter le calcul en cliquant sur l'icône \includegraphics[width=0.5cm]{../../../src/View/ui/ressources/run.png}. Cliquez sur le bouton \textit{Résultats} pour ouvrir la fenêtre \textit{Résultats} de Mage.
+
+Dans la fenêtre principale, cliquez sur \texttt{[Exécuter] => [Lancer AdisTS]}.
+Sélectionnez \textit{Defaut-AdisTS - (adistswc)} et cliquez sur le bouton \textit{Lancer}.
+La fenêtre \textit{Log du solveur} s'ouvre.
+Cette fenêtre affiche les sorties texte du solveur. Si le calcul s'est déroulé correctement, la fenêtre log devrait ressembler à celle-ci : 
+
+\begin{center}
+	\includegraphics[width=15cm]{img/log.jpeg}
+\par\end{center}
+
+
+Cliquez sur le bouton \textit{Résultats} pour ouvrir la fenêtre \textit{Résultats} de AdisTS. Il est aussi possible de ré-ouvrir les résultats de Mage en cliquant sur le bouton \textit{Résultats Mage}.
+
+\section{Visualisation et export de résultats}
+
+Il est aussi possible d'ouvrir la fenêtre \textit{Résultats} si vous avez fermé la fenêtre \textit{Log du solveur}, en cliquant sur \texttt{[Résultats] => [Visualiser les derniers résultats]} à partir de la fenêtre principale. Les résultats affichés sont ceux de AdisTS.
+
+\begin{center}
+	\includegraphics[width=15cm]{img/Results.jpeg}
+\par\end{center}
+
+Le panneau supérieur gauche permet de sélectionner le bief, le panneau du milieu gauche permet de sélectionner une section dans ce bief et le panneau inférieur gauche permet de sélectionner la classe de sédiments dont on veut extraire des résultats. 
+La fenêtre de droite possède 4 onglets. Chaque onglet présente des résultats en fonction du temps (un curseur en bas de la fenêtre permet de visualiser les résultats à différents pas de temps) : 
+
+\begin{itemize}
+	\item Le premier onglet correspond aux données brutes de concentration dans l'eau et de masse déposée pour chaque classe de sédiments de l'étude.
+	\item Le deuxième onglet est divisée en deux sous-onglets permettant de visualiser de deux façons différentes la concentration de la classe de sédiments sélectionnée : soit en fonction du PK du bief, soit en fonction du temps.
+	\item De même, le troisième onglet est divisé en deux sous-onglets permettant de visualiser cette fois-ci la masse linéique de sédiments s'étant déposés.
+	\item Enfin le dernier onglet présente l'épaisseur des sédiments déposés.
+\end{itemize}
+
+Il est possible d'exporter les résultats au format CSV en cliquant sur le bouton \includegraphics[width=0.5cm]{../../../src/View/ui/ressources/export.png} en haut à gauche de la fenêtre.
+
+\begin{center}
+	\includegraphics[width=15cm]{img/Export_res_adis.jpeg}
+\par\end{center}
+
+Répétez les étapes 4 et 5, selon différents scénarios hydrauliques.
+
+\section{Bonus}
+
+Ajoutez une épaisseur initiale de 1 cm de sédiments \textit{Sables} au fond et relancer un calcul avec le scénario 1.
+
+
+
+\bibliographystyle{plainnat}
+\bibliography{Biblio.bib}
+
+
+\pagebreak{}
+\end{document}

doc/users/TP_Hydraulique_Hogneau/Tuto-2-fr.tex

@@ -0,0 +1,293 @@
+
+%% LyX 2.0.2 created this file.  For more info, see http://www.lyx.org/.
+%% Do not edit unless you really know what you are doing.
+\documentclass[12pt,french]{article}
+\usepackage[T1]{fontenc}
+\usepackage[utf8]{inputenc}
+\usepackage{geometry}
+\geometry{verbose,tmargin=2cm,bmargin=2cm,lmargin=2cm,rmargin=2cm,headheight=2cm,headsep=2cm,footskip=2cm}
+\usepackage{textcomp}
+\usepackage{graphicx}
+\usepackage{hyperref}
+\usepackage[frenchb]{babel}
+
+\makeatletter
+
+%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% LyX specific LaTeX commands.
+\newcommand{\noun}[1]{\textsc{#1}}
+\usepackage{amsthm}
+
+\newtheorem{remark}{Q?}
+%% Because html converters don't know tabularnewline
+\providecommand{\tabularnewline}{\\}
+
+\makeatother
+
+\usepackage{babel}
+\addto\extrasfrench{%
+   \providecommand{\og}{\leavevmode\flqq~}%
+   \providecommand{\fg}{\ifdim\lastskip>\z@\unskip\fi~\frqq}%
+}
+
+\begin{document}
+\includegraphics[width=5cm]{img/Logo-INRAE_Transparent.png}
+
+~
+
+~
+
+~
+
+\begin{center}
+
+Tutoriel pour Pamhyr2
+
+- suite -
+
+Janvier 2025
+
+\par\end{center}
+
+~
+
+~
+
+\begin{center}
+
+\textbf{\LARGE Scénarii d'aménagement de la rivière  } \\
+\textbf{\LARGE Hogneau (Nord, France) avec Pamhyr2}
+
+\par\end{center}{\LARGE \par}
+
+~
+
+~
+
+\begin{center}
+{\large INRAE Lyon-Grenoble Auvergne-Rhône-Alpes}
+\par\end{center}{\large \par}
+
+\begin{center}
+
+RiverLy, Hydraulique des rivières
+
+\par\end{center}
+
+~
+
+~
+
+~
+
+~
+
+~
+
+~
+
+\begin{center}
+\begin{tabular}{lll}
+Auteurs : & Céline Berni & celine.berni@inrae.fr\tabularnewline
+& Théophile TERRAZ & theophile.terraz@inrae.fr\tabularnewline
+
+\end{tabular}
+\par\end{center}
+
+~
+
+\pagebreak{}
+
+\begin{center}
+\tableofcontents{}
+\par\end{center}
+
+~
+
+\pagebreak{}
+
+% \section{Introduction}
+%
+% TODO
+%
+% \pagebreak{}
+
+
+\section*{Préambule}
+
+Dans ce document, nous expliciterons les fonctionnalités de PamHyr utiles à la modélisation de scénarii d'aménagement de la rivière Hogneau comme décrit dans le document de TP.
+Il est utile au préalable d'avoir suivi le tutoriel pour la modélisation de la rivière Hogneau fourni avec le logiciel (Tuto1-fr.pdf).
+Suivre le tutoriel 1 vous permettra de construire le modèle avec le scénario de référence (la rivière avant aménagement).
+
+Notez que l'outil PamHyr ne permet pas au stade actuel de comparer plusieurs scenarii.
+Vous devrez pour ce faire exporter les vos résultats à partir de la fenêtre \textit{Résultats} qui s'ouvre en cliquant sur \texttt{[Résultats] => [Visualiser les derniers résultats]} à partir de la fenêtre principale.
+
+\begin{center}
+\includegraphics[width=15cm]{img/export_resultats_commentee.png}
+%\includegraphics[width=12cm]{../../../src/View/ui/ressources/export_resultats2.png}
+\par\end{center}
+
+Le bouton \includegraphics[width=0.5cm]{../../../src/View/ui/ressources/export.png} vous permet d'exporter les résultats au format CSV pour une utilisation en dehors de Pamhyr2.
+
+Deux options s'offrent à vous :
+\begin{itemize}
+	\item Vous souhaitez avoir une vue d'ensemble du cours d'eau (et tracer une courbe de remous par exemple). Vous allez exporter une variable en un instant donné tout le long du cours d'eau. Il faut alors vous placer à un instant donné (à l'aide du curseur en bas à gauche) et exporter la grandeur de votre choix  pour tous les points kilométriques de votre maillage. Dans la fenêtre d'export, vous devrez sélectionner \texttt{Point Kilométrique (m)} pour l'axe X, et la variable que vous souhaitez exporter pour l'axe Y.
+
+Cocher \texttt{enveloppe} vous permettra d'exporter en plus les valeurs minimale et maximale au cours du temps pour la grandeur choisie.
+
+Par exemple, vous choisissez d'exporter la cote du fond et la cote de l'eau et vous cochez \texttt{enveloppe}. Vous obtiendrez un tableau avec les colonnes suivantes :
+\begin{itemize}
+	\item \texttt{Point Kilométrique (m)} : toutes les valeurs de PK le long de votre bief
+	\item \texttt{Cote du fond (m)} : la cote du fond correspondante à chaque PK
+	\item \texttt{Cote de l'eau (m)} : la cote de l'eau correspondante à chaque PK à l'instant sélectionné (voir figure ci-dessous)
+	\item \texttt{Cote de l'eau min (m)} : la cote de l'eau minimale atteinte correspondante à chaque PK
+	\item \texttt{Cote de l'eau max (m)} : la cote de l'eau maximale atteinte correspondante à chaque PK
+\end{itemize}
+ces deux dernières colonnes constituant l'enveloppe de la cote de l'eau.
+	\item Vous souhaitez regarder l'évolution au cours du temps de ce qu'il se passe en un point précis du cours d'eau (regarder l'hydrogramme de crue à l'aval d'un aménagement par exemple). Vous devez alors vous placer au point kilométrique (PK) qui vous intéresse (le PK sélectionné est marqué en rouge sur la visualisation du profil en long ou sélectionné dans le tableau) et exporter la hauteur d'eau, le niveau d'eau, le débit ou autre en fonction du temps. Dans la fenêtre d'export, vous devrez sélectionner \texttt{Temps (s)} pour l'axe X.
+\end{itemize}
+
+Ainsi dans l'exemple ci-dessus, les données exportées le seront au point kilométrique 34000\,m, à l'instant $t=1$ jour et 12h.
+
+
+\pagebreak{}
+
+\section{Premier scénario d'aménagement : abaissement du seuil}
+
+Parmi les 3 options d'aménagement évoquées par la collectivité locale, jouer sur le contrôle aval en abaissant le seuil qui marque la jonction avec le canal de Condé-Pommeroeul peut faire baisser le niveau à l’amont.
+
+\begin{remark}
+Pourquoi jouer sur le contrôle aval peut-il avoir un effet sur le niveau d'eau en amont ?
+\end{remark}
+
+Pour modifier la hauteur du seuil, dans la fenêtre principale, cliquez sur \texttt{[Hydraulique] => [Ouvrages hydrauliques]} pour ouvrir la fenêtre des ouvrages hydrauliques.
+Vous pouvez alors sélectionner le seuil Palplanche.
+
+\begin{center}
+\includegraphics[width=15cm]{img/ouvrage_seuilpalplanche.png}
+\par\end{center}
+
+Sélectionnez le seuil aval (SeuilPalplanche) et cliquez sur \includegraphics[width=0.5cm]{"../../../src/View/ui/ressources/edit.png"} pour modifier les lois de cet ouvrage.
+Vous pouvez alors essayer de modifier la cote du seuil.
+Lancez le calcul en exécutant le programme pour plusieurs hauteurs de seuil (dont celle initiale de référence) avec chacune des trois crues proposées en condition amont.
+
+\begin{remark}
+Exportez les données obtenues en fonction du PK pour 2 ou 3 hauteurs de seuil.
+Sur quelle distance le seuil aval influence-t-il la hauteur d'eau ?
+Est-ce suffisant pour limiter la hauteur d'eau au niveau du pont de l'A2 ($PK \approx 33000$\,m) ?
+\end{remark}
+
+\pagebreak{}
+
+\section{Second scénario d'aménagement : élargissement du lit moyen}
+
+Ce scénario d'aménagement consiste à essayer d’augmenter le laminage en créant un lit moyen en rive droite entre les PKs 32 015 et 33 920\,m. Pour rappel, cette localisation est imposée pour des raisons de disponibilité des terrains et on ne peut pas envisager une largeur du lit moyen supérieure à 50 mètres.
+
+\begin{remark}
+Pourquoi élargir le lit moyen peut-il avoir un effet sur le niveau d'eau durant la crue ?
+\end{remark}
+
+Pour élargir le lit moyen, la géométrie doit être modifiée.
+Il est judicieux d'enregistrer votre étude sous un autre nom avant de procéder à ces modifications (cliquez sur \texttt{[Fichier] => [Sauvegarder sous]}).
+
+Vous aurez un certain nombre de sections à modifier. Pour limiter leur nombre, le plus simple est de repartir de la géométrie initiale (avant maillage) avant de modifier les transects et de mailler à nouveau après les modifications.
+Vous pouvez supprimer les sections interpolées (notées interpol\textit{i}) en les sélectionnant dans la fenêtre \textit{Géométrie} et en appuyant sur le bouton \includegraphics[width=0.5cm]{../../../src/View/ui/ressources/del.png}.
+
+Cliquez sur \texttt{[Géométrie] => [Modifier la géométrie]} ou sur l'icône \includegraphics[width=0.5cm]{../../../src/View/ui/ressources/geometry.png} pour définir la géométrie du bief.
+Sélectionnez la section en travers que vous souhaitez modifier.
+Vous pouvez l'éditer en cliquant sur l'icône \includegraphics[width=0.5cm]{"../../../src/View/ui/ressources/edit.png"}.
+
+S'ouvre alors la fenêtre suivante :
+\begin{center}
+\includegraphics[width=15cm]{img/modif_profil_en_travers.png}
+\par\end{center}
+
+En appuyant sur \includegraphics[width=0.5cm]{"../../../src/View/ui/ressources/add.png"} vous pourrez ajouter un point sur votre profil en travers que vous pourrez ensuite placer ou vous le souhaitez sur le profil grâce aux flèches \includegraphics[width=0.5cm]{"../../../src/View/ui/ressources/up.png"} ou \includegraphics[width=0.5cm]{"../../../src/View/ui/ressources/down.png"}.
+Dans le cas présent, afin d'élargir le lit moyen de 50\,m, vous pourrez ajouter un point juste après le point qui correspond à la rive droite (rd) légèrement plus haut et 50\,m plus à droite (en $Y=61.5$\,m et $Z=20.1$\,m par exemple).
+Il ne restera alors plus qu'à décaler tous les points suivants de 50\,m.
+
+Vous devriez obtenir la géométrie suivante :
+\begin{center}
+\includegraphics[width=15cm]{img/modif_profil_en_travers2.png}
+\par\end{center}
+
+Vous pouvez appliquer cette méthode à l'ensemble des transects à élargir et lancer le calcul pour chacune des crues proposées avec ce nouvel aménagement.
+
+\begin{remark}
+Exportez les résultats obtenus  pour la hauteur d'eau en fonction du PK pour ce nouveau scénario.
+Quel est l'effet de cet aménagement sur la hauteur d'eau et sur quel secteur ?
+Exportez également le débit en fonction du temps en quelques sections choisies.
+Quel est l'effet de cet aménagement sur l'hydrogramme de crue ?
+Peut-on s'attendre à ce résultat compte tenu du volume qu'il est possible de stocker en lit moyen et du volume total de la crue ?
+\end{remark}
+
+\pagebreak{}
+
+\section{Troisième scénario d'aménagement : casier de stockage}
+
+Ce troisième scénario consiste à faire baisser le débit dans la rivière en créant un déversement vers un casier de stockage en rive gauche juste en aval du pont de l'A2.
+La surface de stockage disponible a été estimée à 42 ha pour une altitude moyenne du terrain naturel de 18\,m.
+
+\begin{remark}
+Quel volume d'eau ce réservoir peut-il stocker ?
+Comment se compare-t-il au volume de la crue ?
+Quel est alors l'effet attendu de cet ouvrage ?
+\end{remark}
+
+Pour modéliser ce scénario, il est nécessaire de dévier une part de l'écoulement pour le diriger vers un casier.
+Il faut donc créer une difluence, soit modifier le réseau.
+De nouveau, il est préférable d'enregistrer l'étude sous un autre nom avant de procéder à ces modifications.
+
+Cliquez sur \texttt{[Réseau] => [Modifier le réseau]} ou sur l'icône \includegraphics[width=0.5cm]{img/network.png} pour modifier la structure de votre rivière.
+Le réseau pour la configuration de référence ne comportait qu'un seul bief entre deux noeuds.
+Pour ajouter un casier, il faut ajouter un noeud pour la diffluence, un noeud en amont du casier et un noeud en aval du casier.
+Le casier ne peut en effet pas être en limite aval du modèle ni directement au niveau de la confluence.
+Pour ajouter un noeud, cliquez sur \includegraphics[width=0.5cm]{../../../src/View/ui/ressources/add.png} pour sélectionner l'outil ``d'addition'' et cliquez ensuite dans la fenêtre grise à l'endroit ou vous souhaitez ajouter un noeud.
+De la même façon vous pourrez avec cet outil ajouter un bief entre deux noeuds en cliquant successivement sur l'un puis sur l'autre.
+Vous pourrez alors créer un réseau tel que celui ci-dessous où DevLat est le noeud marquant la diffluence.
+\begin{center}
+\includegraphics[width=12cm]{img/reseau_casier.png}
+\par\end{center}
+
+Pour chacun des nouveau biefs crées, il vous faudra créer ou adapter la géométrie.
+Deux exemples vous sont proposés ci-dessous pour les biefs amont et aval du casier.
+\begin{center}
+\includegraphics[width=10cm]{img/geom_am_casier.png}
+\includegraphics[width=10cm]{img/geom_av_casier.png}
+\par\end{center}
+Vous noterez la présence d'un ouvrage sur le bief amont afin de pouvoir contrôler à partir de quelle hauteur d'eau on souhaite commencer le remplissage du casier.
+
+Pour le bief principal constitué des deux biefs Crespin->DevLat et DevLat->SeuilAval, l'un d'eux porte la géométrie complète tandis que la géométrie de l'autre n'est pas définie.
+Il vous faudra supprimer les sections dans l'un que vous implémenterez dans l'autre.
+L'outil d'import de géométrie pourra  vous aider.
+Il faudra le cas échéant réimplémenter également les ouvrages.
+
+Vous devrez ensuite implémenter le casier sur le noeud nommé casier. Cliquez sur \texttt{[Hydraulique] => [Casiers]}. Vous pouvez ajouter un casier en cliquant sur \includegraphics[width=0.5cm]{../../../src/View/ui/ressources/add.png}. Vous devrez ensuite configurer le casier  en cliquant sur l'icône \includegraphics[width=0.5cm]{"../../../src/View/ui/ressources/edit.png"}. Pour chaque altitude, vous pouvez définir l'aire de stockage (en ha). Vous pourrez ainsi configurer votre casier de la façon suivante :
+\begin{center}
+\includegraphics[width=10cm]{img/Casier.png}
+\par\end{center}
+
+Lancez le calcul pour chacune des crues proposées avec ce nouvel aménagement.
+
+\begin{remark}
+Exportez les résultats obtenus  pour la hauteur d'eau en fonction du PK pour ce nouveau scénario.
+Quel est l'effet de cet aménagement sur la hauteur d'eau et sur quel secteur ?
+Exportez également le débit en fonction du temps en quelques sections choisies.
+Quel est l'effet de cet aménagement sur l'hydrogramme de crue ?
+Comparer les crues centenale et décennale : comment l'ouvrage sur le bief amont impacte-t-il les hydrogrammes ?
+Vos résultats sont-ils cohérent avec vos premières estimations ?
+\end{remark}
+
+\section{Conclusion}
+
+\`A l'aide de la modélisation numérique du cours d'eau de l'Hogneau, vous avez pu comparer l'efficacité de 3 scenarii d'aménagement sur une crue historique, une crue centenale et une crue décennale.
+
+\begin{remark}
+Quel aménagement jugez-vous le plus efficace ?
+Quels éléments vous ont apporté la modélisation ?
+Que proposeriez-vous à la collectivité locale ?
+\end{remark}
+
+A travers cet exemple, avez pris en main l'outil PamHyr avec le code de calcul MAGE.
+
+\pagebreak{}
+\end{document}

doc/users/TP_Hydraulique_Hogneau/build.sh

@@ -4,3 +4,5 @@ pdflatex -no-shell-escape step-by-step.tex
 pdflatex -no-shell-escape step-by-step.tex
 pdflatex -no-shell-escape pas-a-pas.tex
 pdflatex -no-shell-escape pas-a-pas.tex
+pdflatex -no-shell-escape Tuto-2-fr.tex
+pdflatex -no-shell-escape Tuto-2-fr.tex

doc/users/TP_Hydraulique_Hogneau/pas-a-pas.tex

@@ -1,3 +1,4 @@
+
 %% LyX 2.0.2 created this file.  For more info, see http://www.lyx.org/.
 %% Do not edit unless you really know what you are doing.
 \documentclass[12pt,french]{article}
@@ -8,6 +9,7 @@
 \usepackage{textcomp}
 \usepackage{graphicx}
 \usepackage{hyperref}
+\usepackage[frenchb]{babel}
 
 \makeatletter
 
@@ -132,17 +134,17 @@ Pendant que vous travaillez sur votre
 
 \section{Créer la structure de la rivière}
 
-Cliquez sur \texttt{[Réseau] => [Éditer le réseau]} ou sur l'icône \includegraphics[width=0.5cm]{../../../src/View/ui/ressources/network.png} pour créer la structure de votre rivière.
+Cliquez sur \texttt{[Réseau] => [Modifier le réseau]} ou sur l'icône \includegraphics[width=0.5cm]{../../../src/View/ui/ressources/network.png} pour créer la structure de votre rivière.
 Nous voici dans la fenêtre \textit{Réseau}.
-Dans cette fenêtre, nous allons définir un graphe orienté qui représente les biefs de notre réseau fluvial : les arêtes sont les biefs, les n½uds sont soit des conditions limites amont, soit des conditions limites aval, soit des jonctions entre biefs.
+Dans cette fenêtre, nous allons définir un graphe orienté qui représente les biefs de notre réseau fluvial : les arêtes sont les biefs, les n\oe{}uds sont soit des conditions limites amont, soit des conditions limites aval, soit des jonctions entre biefs.
 Un bief par défaut existe dans la nouvelle étude.
 Pour les besoins de ce tutoriel, nous allons le supprimer :
-cliquez sur le bouton \includegraphics[width=0.5cm]{../../../src/View/ui/ressources/del.png} pour entrer dans le mode \textit{Suppression} puis cliquez sur les n½uds.
+cliquez sur le bouton \includegraphics[width=0.5cm]{../../../src/View/ui/ressources/del.png} pour entrer dans le mode \textit{Suppression} puis cliquez sur les n\oe{}uds.
 Nous voilà repartis sur une fenêtre vierge.
-Appuyez sur le bouton \includegraphics[width=0.5cm]{../../../src/View/ui/ressources/add.png} pour entrer dans le mode \textit{Ajout}. Créez deux n½uds en cliquant dans la zone grise de la fenêtre, et créez un lien en cliquant à nouveau sur chaque n½ud.
+Appuyez sur le bouton \includegraphics[width=0.5cm]{../../../src/View/ui/ressources/add.png} pour entrer dans le mode \textit{Ajout}. Créez deux n\oe{}uds en cliquant dans la zone grise de la fenêtre, et créez un lien en cliquant à nouveau sur chaque n\oe{}ud.
 Appuyez à nouveau sur \includegraphics[width=0.5cm]{../../../src/View/ui/ressources/add.png} pour quitter le mode \textit{Ajout}.
-Vous avez créé votre premier bief, avec un n½ud amont et un n½ud aval.
-Dans la partie inférieure de la fenêtre \textit{Réseau}, vous pouvez renommer les n½uds et les biefs.
+Vous avez créé votre premier bief, avec un n\oe{}ud amont et un n\oe{}ud aval.
+Dans la partie inférieure de la fenêtre \textit{Réseau}, vous pouvez renommer les n\oe{}uds et les biefs.
 Comme le bief que nous avons créé est automatiquement sélectionné, toutes les étapes suivantes s'appliqueront à ce bief.
 La fenêtre doit se présenter comme suit :
 
@@ -154,7 +156,7 @@ Fermez la fen
 
 \section{Éditer la géométrie de la rivière}
 
-Cliquez sur \texttt{[Géométrie] => [Éditer la géométrie]} ou sur l'icône \includegraphics[width=0.5cm]{../../../src/View/ui/ressources/geometry.png} pour définir la géométrie du bief sélectionné.
+Cliquez sur \texttt{[Géométrie] => [Modifier la géométrie]} ou sur l'icône \includegraphics[width=0.5cm]{../../../src/View/ui/ressources/geometry.png} pour définir la géométrie du bief sélectionné.
 Pour Importer une géométrie depuis un fichier, cliquez sur le bouton \includegraphics[width=0.5cm]{../../../src/View/ui/ressources/import.png}.
 Sélectionnez le fichier \texttt{Data/Bief\_1.st}.
 Vous devriez voir :
@@ -237,8 +239,8 @@ Nous pouvons cliquer sur la nouvelle ligne pour s
 Ici, nous définirons le débit mesuré lors de la crue de février 2002.
 Sélectionnez la cellule \textit{Nom} pour donner un nom à la condition limite par exemple "crue2002".
 Sélectionner la cellule \textit{Type} et utiliser la combo box pour mettre une loi \textit{Q(t)} : débit en fonction du temps (hydrogramme).
-Sélectionnez la cellule \textit{N½ud} et attribuez cette condition au n½ud amont.
-Les noms des n½uds sont rappelés dans le panneau de droite, avec une vue du réseau.
+Sélectionnez la cellule \textit{n\oe{}ud} et attribuez cette condition au n\oe{}ud amont.
+Les noms des n\oe{}uds sont rappelés dans le panneau de droite, avec une vue du réseau.
 Sélectionnez maintenant la ligne entière et cliquez sur le bouton d'édition \includegraphics[width=0.5cm]{"../../../src/View/ui/ressources/edit.png"}.
 Vous avez ouvert la fenêtre \textit{Éditer les conditions aux limites}.
 Dans un éditeur de texte, ouvrez le fichier \texttt{data/Fevrier\_2002.txt}.
@@ -250,7 +252,7 @@ Vous pouvez maintenant voir la courbe de d
 \par\end{center}
 
 Fermez cette fenêtre. Revenez sur la fenêtre \textit{Conditions aux limites}.
-Ajoutez une nouvelle ligne, donnez lui un nom, donnez lui le type \textit{Z(T)} (limnigramme) et associez là au n½ud aval du réseau.
+Ajoutez une nouvelle ligne, donnez lui un nom, donnez lui le type \textit{Z(T)} (limnigramme) et associez là au n\oe{}ud aval du réseau.
 Ouvrez la fenêtre d'édition des conditions aux limites (\includegraphics[width=0.5cm]{"../../../src/View/ui/ressources/edit.png"}).
 Ajoutez deux lignes et rentrez les valeurs suivantes :
 \begin{center}
@@ -400,19 +402,19 @@ Si vous r
 
 \section{Paramètres du solveur}
 
-Dans la fenêtre principale, cliquez sur \texttt{[Exécuter] => [Parameters numériques des solveurs]}.
+Dans la fenêtre principale, cliquez sur \texttt{[Exécuter] => [Paramètres numériques des solveurs]}.
 Dans la fenêtre \textit{Paramètres du solveur}, sélectionnez l'onglet \texttt{[Mage v8]}.
 Ces paramètres pilotent le comportement du solveur numérique.
-la valeur 999:99:00:00 du temps final indique au solveur de s'arrêter lorsqu'il a atteint un régime permanent.
+la valeur {\NoAutoSpacing 999:99:00:00} du temps final indique au solveur de s'arrêter lorsqu'il a atteint un régime permanent.
 Vous pouvez changer la fréquence d'écriture des résultats dans la ligne \textit{Pas de temps d'écriture dans le fichier .BIN}.
 Une valeur inférieure à 1 seconde indique que la valeur de la ligne \textit{Pas de temps d'écriture dans le fichier .TRA} s sera prise à la place.
 % En effet, durant la montée du pic de crue, le solveur a besoin de réduire le pas de temps suffisament pour permettre la convergence des itérations.
-Pour accélérer les calculs et pour aider le solveur à démarer, nous allons l'autoriser à dégrader la précision, à l'aide des facteurs de réduction de la précision.
+Pour accélérer les calculs et pour aider le solveur à démarrer, nous allons l'autoriser à dégrader la précision, à l'aide des facteurs de réduction de la précision.
 Les précisions internes du solveur sont de 10$^{-9}$.
 Cette précision est multipliée par le facteur de réduction de la précision : un facteur de 1000 ramènera donc la précision à 10$^{-5}$.
 Pour utiliser ce facteur de réduction de la précision, il faut donner un \textit{nombre d'itérations à précision maximum} inférieur au \textit{nombre maximum d'itérations} : le solveur va d'abord tenter de converger avec un certain nombre d'itératons à la précision maximum avant de basculer sur une précision dégradée pour le reste des itérations.
 Dans notre cas, c'est nécessaire pour lancer le solveur à partir de la condition initiale calculée par Pamhyr2.
-rentrez 1000 dans les trois lignes \textit{facteurs de réduction de la précision}, rentrez 99 pour le \textit{Nombre d'itérations} et 5 pour le \textit{nombre d'itérations à la précision maximum}.
+Rentrez 1000 dans les trois lignes \textit{facteurs de réduction de la précision}, rentrez 99 pour le \textit{Nombre maximum d'itérations} et 5 pour le \textit{nombre d'itérations à la précision maximum}.
 Gardez les autres paramètres du solveur par défaut.
 Fermer la fenêtre \textit{Paramètres du solveur}.
 
@@ -426,12 +428,13 @@ Cette fen
 
 \section{Visualiser les résultats}
 
-il est aussi possible d'ouvrir la fenêtre \textit{Résultats} si vous avez fermé la fenêtre \textit{Log du solveur}, en cliquant sur \texttt{[Résultats] => [Visualiser les derniers résultats]} à partir de la fenêtre principale.
+Il est aussi possible d'ouvrir la fenêtre \textit{Résultats} si vous avez fermé la fenêtre \textit{Log du solveur}, en cliquant sur \texttt{[Résultats] => [Visualiser les derniers résultats]} à partir de la fenêtre principale.
 Le panneau supérieur vous permet de sélectionner le bief, le panneau inférieur gauche vous permet de sélectionner une section dans ce bief.
 Les trois diagrammes sur la droite montrent le bief et la section en travers de la même manière que dans la fenêtre \textit{Géométrie}.
 Vous pouvez utiliser le curseur du bas pour visualiser les résultats à différents pas de temps.
 Les croix rouges dans les deux vues du haut correspondent aux points ou l'eau déborde de la géométrie au moins une fois dans la simulation.
 En pratique il n'y a pas de perte de volume par débordement en dehors du modèle, car le solveur ajoute un mur virtuel aux extrémités des sections.
+
 Pour visualiser le débit, passez à l'onglet \textit{Hydrogramme}.
 Pour créer des tracés 2D personnalisés, cliquez sur le bouton \includegraphics[width=0.5cm]{../../../src/View/ui/ressources/add.png} en haut à gauche de la fenêtre.
 Sélectionnez les valeurs que vous voulez sur les axes $X$ et $Y$ et cliquez sur \texttt{[OK]}.
@@ -440,4 +443,3 @@ Le bouton \includegraphics[width=0.5cm]{../../../src/View/ui/ressources/export.p
 
 \pagebreak{}
 \end{document}
-

doc/users/TP_Hydraulique_Hogneau/step-by-step.tex

@@ -101,7 +101,7 @@ Authors : & Pierre-Antoine Rouby & pierre-antoine.rouby@inrae.fr\tabularnewline
 
 \section{Install Pamhyr2}
 
-Pamhyr2 can be downloaded from \url{https://gitlab.irstea.fr/theophile.terraz/pamhyr}.
+Pamhyr2 can be downloaded from \url{https://gitlab.com/pamhyr/pamhyr2}.
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 \par\end{center}

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+# Exported from Pamhyr2
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+390.0000     2.7370       10.8215         
+390.0000     3.6449       10.3675         
+390.0000     4.5528       9.9136          
+390.0000     5.4607       9.4597          
+390.0000     6.3685       9.0057          
+390.0000     7.2764       8.5518          
+390.0000     8.1843       8.0979          
+390.0000     9.0921       7.6439          
+390.0000     10.0000      7.1900       FD 
+390.0000     10.8333      7.1900          
+390.0000     11.6667      7.1900          
+390.0000     12.5000      7.1900          
+390.0000     13.3333      7.1900          
+390.0000     14.1667      7.1900          
+390.0000     15.0000      7.1900          
+390.0000     15.8333      7.1900          
+390.0000     16.6667      7.1900          
+390.0000     17.5000      7.1900          
+390.0000     18.3333      7.1900          
+390.0000     19.1667      7.1900          
+390.0000     20.0000      7.1900       FG 
+390.0000     20.9079      7.6439          
+390.0000     21.8157      8.0979          
+390.0000     22.7236      8.5518          
+390.0000     23.6315      9.0057          
+390.0000     24.5393      9.4597          
+390.0000     25.4472      9.9136          
+390.0000     26.3551      10.3675         
+390.0000     27.2630      10.8215         
+390.0000     28.1708      11.2754         
+390.0000     29.0787      11.7293         
+390.0000     29.9866      12.1833         
+390.0000     30.0000      13.1900         
+     999.9990     999.9990     999.9990
+     4     5     0    37   400.000000 p1231
+400.0000     0.0000       13.6000         
+400.0000     0.0134       12.5933         
+400.0000     0.9213       12.1393         
+400.0000     1.8292       11.6854         
+400.0000     2.7370       11.2315         
+400.0000     3.6449       10.7775         
+400.0000     4.5528       10.3236         
+400.0000     5.4607       9.8697          
+400.0000     6.3685       9.4157          
+400.0000     7.2764       8.9618          
+400.0000     8.1843       8.5079          
+400.0000     9.0921       8.0539          
+400.0000     10.0000      7.6000       FD 
+400.0000     10.8333      7.6000          
+400.0000     11.6667      7.6000          
+400.0000     12.5000      7.6000          
+400.0000     13.3333      7.6000          
+400.0000     14.1667      7.6000          
+400.0000     15.0000      7.6000          
+400.0000     15.8333      7.6000          
+400.0000     16.6667      7.6000          
+400.0000     17.5000      7.6000          
+400.0000     18.3333      7.6000          
+400.0000     19.1667      7.6000          
+400.0000     20.0000      7.6000       FG 
+400.0000     20.9079      8.0539          
+400.0000     21.8157      8.5079          
+400.0000     22.7236      8.9618          
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+400.0000     24.5393      9.8697          
+400.0000     25.4472      10.3236         
+400.0000     26.3551      10.7775         
+400.0000     27.2630      11.2315         
+400.0000     28.1708      11.6854         
+400.0000     29.0787      12.1393         
+400.0000     29.9866      12.5933         
+400.0000     30.0000      13.6000         
+     999.9990     999.9990     999.9990
+     5     6     0    37  1000.000000 p1261
+1000.0000    0.0000       13.0000         
+1000.0000    0.0134       11.9933         
+1000.0000    0.9213       11.5393         
+1000.0000    1.8292       11.0854         
+1000.0000    2.7370       10.6315         
+1000.0000    3.6449       10.1775         
+1000.0000    4.5528       9.7236          
+1000.0000    5.4607       9.2697          
+1000.0000    6.3685       8.8157          
+1000.0000    7.2764       8.3618          
+1000.0000    8.1843       7.9079          
+1000.0000    9.0921       7.4539          
+1000.0000    10.0000      7.0000       FD 
+1000.0000    10.8333      7.0000          
+1000.0000    11.6667      7.0000          
+1000.0000    12.5000      7.0000          
+1000.0000    13.3333      7.0000          
+1000.0000    14.1667      7.0000          
+1000.0000    15.0000      7.0000          
+1000.0000    15.8333      7.0000          
+1000.0000    16.6667      7.0000          
+1000.0000    17.5000      7.0000          
+1000.0000    18.3333      7.0000          
+1000.0000    19.1667      7.0000          
+1000.0000    20.0000      7.0000       FG 
+1000.0000    20.9079      7.4539          
+1000.0000    21.8157      7.9079          
+1000.0000    22.7236      8.3618          
+1000.0000    23.6315      8.8157          
+1000.0000    24.5393      9.2697          
+1000.0000    25.4472      9.7236          
+1000.0000    26.3551      10.1775         
+1000.0000    27.2630      10.6315         
+1000.0000    28.1708      11.0854         
+1000.0000    29.0787      11.5393         
+1000.0000    29.9866      11.9933         
+1000.0000    30.0000      13.0000         
+     999.9990     999.9990     999.9990

doc/users/Tuto1/data/Hogneau.var

@@ -1 +0,0 @@
-$Clapet_001  clapet

full-requirements.txt

@@ -12,3 +12,5 @@ shapely>=2.0.1
 lxml>=4.9.3
 platformdirs>=4.2.0
 pyshp>=2.3.1
+rasterio==1.3.11
+#fortranformat==2.0.3

packages/make-windows-dir.bat

@@ -46,6 +46,10 @@ copy /y ..\mage8-windows\mage_extraire.exe pamhyr\mage8\
 copy /y ..\mage8-windows\mailleurTT.exe pamhyr\mage8\
 copy /y ..\mage8-windows\libbief.dll pamhyr\mage8\
 
+rem adists
+mkdir pamhyr\adists
+copy /y ..\adists-windows\adists.exe pamhyr\adists\
+
 rem Copy tests_cases
 mkdir pamhyr\tests_cases
 mkdir pamhyr\tests_cases\Saar
@@ -64,14 +68,24 @@ copy /y ..\doc\dev\images\* pamhyr\doc\images
 copy /y ..\doc\images\* pamhyr\doc\images
 
 rem Tuto
-mkdir pamhyr\doc\Tuto1\
-mkdir pamhyr\doc\Tuto1\data
-copy /y ..\doc\users\Tuto1\Hogneau_Engees2022.pdf pamhyr\doc\Tuto1\Hogneau_Engees2022.pdf
-copy /y ..\doc\users\Tuto1\step-by-step.pdf pamhyr\doc\Tuto1\Tuto1-en.pdf
-copy /y ..\doc\users\Tuto1\pas-a-pas.pdf pamhyr\doc\Tuto1\Tuto1-fr.pdf
-copy /y ..\doc\users\Tuto1\*.pamhyr pamhyr\doc\Tuto1\
-copy /y ..\doc\users\Tuto1\data\* pamhyr\doc\Tuto1\data\
+mkdir pamhyr\doc\TP_Hydraulique_Hogneau\
+mkdir pamhyr\doc\TP_Hydraulique_Hogneau\data
+copy /y ..\doc\users\TP_Hydraulique_Hogneau\Hogneau_Engees2022.pdf pamhyr\doc\TP_Hydraulique_Hogneau\Hogneau_Engees2022.pdf
+copy /y ..\doc\users\TP_Hydraulique_Hogneau\step-by-step.pdf pamhyr\doc\TP_Hydraulique_Hogneau\Tuto1-en.pdf
+copy /y ..\doc\users\TP_Hydraulique_Hogneau\pas-a-pas.pdf pamhyr\doc\TP_Hydraulique_Hogneau\Tuto1-fr.pdf
+copy /y ..\doc\users\TP_Hydraulique_Hogneau\Tuto-2-fr.pdf pamhyr\doc\TP_Hydraulique_Hogneau\Tuto2-fr.pdf
+copy /y ..\doc\users\TP_Hydraulique_Hogneau\*.pamhyr pamhyr\doc\TP_Hydraulique_Hogneau\
+copy /y ..\doc\users\TP_Hydraulique_Hogneau\data\* pamhyr\doc\TP_Hydraulique_Hogneau\data\
 
 rem TP charriage
 mkdir pamhyr\doc\TP_charriage
-copy /y ..\doc\users\TP_charriage\ pamhyr\doc\TP_charriage
+mkdir pamhyr\doc\TP_charriage\Donnees_TP_Pamhyr2_charriage
+copy /y ..\doc\users\TP_charriage\TP_Pamhyr2_charriage.pdf pamhyr\doc\TP_charriage\
+copy /y ..\doc\users\TP_charriage\Donnees_TP_Pamhyr2_charriage\* pamhyr\doc\TP_charriage\Donnees_TP_Pamhyr2_charriage\
+
+rem TP AdisTS
+mkdir pamhyr\doc\TP_AdisTS_Vieux_Rhone\
+mkdir pamhyr\doc\TP_AdisTS_Vieux_Rhone\data
+copy /y ..\doc\users\TP_AdisTS_Vieux_Rhone\*.pdf pamhyr\doc\TP_AdisTS_Vieux_Rhone\
+copy /y ..\doc\users\TP_AdisTS_Vieux_Rhone\*.pamhyr pamhyr\doc\TP_AdisTS_Vieux_Rhone\
+copy /y ..\doc\users\TP_AdisTS_Vieux_Rhone\data\* pamhyr\doc\TP_AdisTS_Vieux_Rhone\data\

requirements.txt

@@ -12,3 +12,5 @@ shapely>=2.0.1
 lxml>=4.9.3
 platformdirs>=4.2.0
 pyshp>=2.3.1
+rasterio==1.3.11
+#fortranformat==2.0.3

src/Checker/Adists.py

@@ -29,6 +29,7 @@ _translate = QCoreApplication.translate
 
 logger = logging.getLogger()
 
+
 class AdistsOutputRKChecker(AbstractModelChecker):
     def __init__(self):
         super(AdistsOutputRKChecker, self).__init__()

src/Meshing/Mage.py

@@ -410,7 +410,7 @@ class MeshingWithMageMailleurTT(AMeshingTool):
                         str,
                         [
                             st_file, m_file,
-                            "update_rk", step,
+                            "update_kp", step,
                             limites[0], limites[1],
                             directrices[0], directrices[1],
                             orientation, lm, linear, origin, origin_value

src/Model/BoundaryCondition/BoundaryCondition.py

@@ -128,7 +128,8 @@ class BoundaryCondition(SQLSubModel):
 
             bc.node = None
             if row[3] != -1:
-                bc.node = next(filter(lambda n: n.id == row[3], data["nodes"]))
+                bc.node = next(filter(lambda n: n.id == row[3], data["nodes"]),
+                               None)
 
             values = execute(
                 "SELECT ind, data0, data1 FROM boundary_condition_data " +

src/Model/BoundaryConditionsAdisTS/BoundaryConditionAdisTS.py

@@ -53,7 +53,8 @@ class BoundaryConditionAdisTS(SQLSubModel):
         self._header = []
         self._types = [self.time_convert, float]
 
-        BoundaryConditionAdisTS._id_cnt = max(BoundaryConditionAdisTS._id_cnt + 1, self.id)
+        BoundaryConditionAdisTS._id_cnt = max(
+            BoundaryConditionAdisTS._id_cnt + 1, self.id)
 
     @classmethod
     def _db_create(cls, execute):
@@ -105,10 +106,17 @@ class BoundaryConditionAdisTS(SQLSubModel):
 
                 bc.node = None
                 if row[3] != -1:
-                    bc.node = next(filter(lambda n: n.id == row[3], data["nodes"])).id
+                    tmp = next(filter(
+                        lambda n: n.id == row[3], data["nodes"]),
+                        None)
+                    if tmp is not None:
+                        bc.node = tmp.id
+                    else:
+                        bc.node = -1
 
                 values = execute(
-                    "SELECT data0, data1 FROM boundary_condition_data_adists " +
+                    "SELECT data0, data1 FROM " +
+                    "boundary_condition_data_adists " +
                     f"WHERE bc = '{bc.id}'"
                 )
 
@@ -126,7 +134,8 @@ class BoundaryConditionAdisTS(SQLSubModel):
     def _db_save(self, execute, data=None):
 
         execute(f"DELETE FROM boundary_condition_adists WHERE id = {self.id}")
-        execute(f"DELETE FROM boundary_condition_data_adists WHERE bc = {self.id}")
+        execute(f"DELETE FROM boundary_condition_data_adists" +
+                f" WHERE bc = {self.id}")
 
         node = -1
         if self._node is not None:
@@ -196,6 +205,11 @@ class BoundaryConditionAdisTS(SQLSubModel):
     def pollutant(self):
         return self._pollutant
 
+    @pollutant.setter
+    def pollutant(self, pollutant):
+        self._pollutant = pollutant
+        self._status.modified()
+
     @property
     def type(self):
         return self._type
@@ -209,13 +223,81 @@ class BoundaryConditionAdisTS(SQLSubModel):
     def data(self):
         return self._data.copy()
 
+    @property
+    def _default_0(self):
+        return self._types[0](0)
 
+    @property
+    def _default_1(self):
+        return self._types[1](0.0)
 
+    def new_from_data(self, header, data):
+        new_0 = self._default_0
+        new_1 = self._default_1
 
+        if len(header) != 0:
+            for i in [0, 1]:
+                for j in range(len(header)):
+                    if self._header[i] == header[j]:
+                        if i == 0:
+                            new_0 = self._types[i](data[j].replace(",", "."))
+                        else:
+                            new_1 = self._types[i](data[j].replace(",", "."))
+        else:
+            new_0 = self._types[0](data[0].replace(",", "."))
+            new_1 = self._types[1](data[1].replace(",", "."))
 
+        return (new_0, new_1)
 
+    def add(self, index: int):
+        value = (self._default_0, self._default_1)
+        self._data.insert(index, value)
+        self._status.modified()
+        return value
 
+    def insert(self, index: int, value):
+        self._data.insert(index, value)
+        self._status.modified()
 
+    def delete_i(self, indexes):
+        self._data = list(
+            map(
+                lambda e: e[1],
+                filter(
+                    lambda e: e[0] not in indexes,
+                    enumerate(self.data)
+                )
+            )
+        )
+        self._status.modified()
 
+    def sort(self, _reverse=False, key=None):
+        if key is None:
+            self._data.sort(reverse=_reverse)
+        else:
+            self._data.sort(reverse=_reverse, key=key)
+        self._status.modified()
 
+    def index(self, bc):
+        self._data.index(bc)
 
+    def get_i(self, index):
+        return self.data[index]
+
+    def get_range(self, _range):
+        lst = []
+        for r in _range:
+            lst.append(r)
+        return lst
+
+    def _set_i_c_v(self, index, column, value):
+        v = list(self._data[index])
+        v[column] = self._types[column](value)
+        self._data[index] = tuple(v)
+        self._status.modified()
+
+    def set_i_0(self, index: int, value):
+        self._set_i_c_v(index, 0, value)
+
+    def set_i_1(self, index: int, value):
+        self._set_i_c_v(index, 1, value)

src/Model/BoundaryConditionsAdisTS/BoundaryConditionsAdisTSList.py

@@ -22,7 +22,9 @@ from tools import trace, timer
 from Model.Tools.PamhyrList import PamhyrModelList
 from Model.Except import NotImplementedMethodeError
 
-from Model.BoundaryConditionsAdisTS.BoundaryConditionAdisTS import BoundaryConditionAdisTS
+from Model.BoundaryConditionsAdisTS.BoundaryConditionAdisTS \
+    import BoundaryConditionAdisTS
+
 
 class BoundaryConditionsAdisTSList(PamhyrModelList):
     _sub_classes = [
@@ -63,6 +65,3 @@ class BoundaryConditionsAdisTSList(PamhyrModelList):
     @property
     def BCs_AdisTS_List(self):
         return self.lst
-
-
-

src/Model/D90AdisTS/D90AdisTS.py

@@ -28,6 +28,7 @@ from Model.D90AdisTS.D90AdisTSSpec import D90AdisTSSpec
 
 logger = logging.getLogger()
 
+
 class D90AdisTS(SQLSubModel):
     _sub_classes = [
         D90AdisTSSpec,
@@ -71,7 +72,7 @@ class D90AdisTS(SQLSubModel):
     @classmethod
     def _db_update(cls, execute, version):
         major, minor, release = version.strip().split(".")
-        if major == minor == "0":
+        if major == 0 and minor < 1:
             if int(release) < 6:
                 cls._db_create(execute)
 
@@ -193,9 +194,3 @@ class D90AdisTS(SQLSubModel):
     def insert(self, index, data):
         self._data.insert(index, data)
         self._status.modified()
-
-
-
-
-
-

src/Model/D90AdisTS/D90AdisTSList.py

@@ -22,6 +22,7 @@ from tools import trace, timer
 from Model.Tools.PamhyrList import PamhyrModelList
 from Model.D90AdisTS.D90AdisTS import D90AdisTS
 
+
 class D90AdisTSList(PamhyrModelList):
     _sub_classes = [
         D90AdisTS,
@@ -60,7 +61,3 @@ class D90AdisTSList(PamhyrModelList):
     @property
     def D90_AdisTS_List(self):
         return self.lst
-
-
-
-

src/Model/D90AdisTS/D90AdisTSSpec.py

@@ -25,6 +25,7 @@ from Model.Except import NotImplementedMethodeError
 
 logger = logging.getLogger()
 
+
 class D90AdisTSSpec(SQLSubModel):
     _sub_classes = [
     ]
@@ -72,7 +73,7 @@ class D90AdisTSSpec(SQLSubModel):
     @classmethod
     def _db_update(cls, execute, version):
         major, minor, release = version.strip().split(".")
-        if major == minor == "0":
+        if major == 0 and minor < 1:
             if int(release) < 6:
                 cls._db_create(execute)
 
@@ -89,6 +90,7 @@ class D90AdisTSSpec(SQLSubModel):
             f"WHERE d90_default = {data['d90_default_id']} "
         )
 
+        if table is not None:
             for row in table:
                 id = row[0]
                 name = row[2]
@@ -189,12 +191,3 @@ class D90AdisTSSpec(SQLSubModel):
     def enabled(self, enabled):
         self._enabled = enabled
         self._status.modified()
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