debug + pep8

0.1.0.

.gitignore

@@ -41,8 +41,14 @@ __old__
 
 *-venv
 
-mage8
-adists
+mage8/
+adists/
+rubarbe/
+
+linux/
+windows/
+
+install/
 
 ### END CUSTOM ###
 
@@ -624,7 +630,7 @@ TSWLatexianTemp*
 
 # auto folder when using emacs and auctex
 ./auto/*
-*.el
+# *.el
 
 # expex forward references with \gathertags
 *-tags.tex

.gitlab-ci.yml

@@ -1,5 +1,5 @@
 # .gitlab-ci.yml -- Pamhyr gitlab-ci
-# Copyright (C) 2023-2024  INRAE
+# Copyright (C) 2023-2025  INRAE
 #
 # This program is free software: you can redistribute it and/or modify
 # it under the terms of the GNU General Public License as published by
@@ -24,12 +24,20 @@ stages:
   - antivirus
   - release
 
+#########################
+# PYINSTALLER VARIABLES #
+#########################
+
+variables:
+  HIDDEN_IMPORTS: "--hiddenimport rasterio --collect-submodules rasterio"
+
 #############
 # DOWNLOADS #
 #############
 
 variables:
-  MAGE_8_VERSION: "v8.3.6"
+  MAGE_8_VERSION: "permalink/latest"
+  ADISTS_VERSION: "permalink/latest"
 
 dl-mage8-doc:
   stage: downloads
@@ -40,7 +48,7 @@ dl-mage8-doc:
   script:
     - mkdir -p doc
     - cd doc
-    - curl -L -o mage8.pdf https://gitlab.irstea.fr/jean-baptiste.faure/mage/-/releases/$MAGE_8_VERSION/downloads/documents/Mage-8_Documentation.pdf
+    - curl -L -o mage8.pdf https://forge.inrae.fr/river-hydraulics/mage/-/releases/$MAGE_8_VERSION/downloads/documents/Mage-8_Documentation.pdf
   artifacts:
     paths:
       - doc/mage8.pdf
@@ -52,17 +60,13 @@ dl-mage8-linux:
   rules:
     - if: $CI_COMMIT_BRANCH == 'ci-test' || $CI_COMMIT_BRANCH == 'master' || $CI_COMMIT_TAG
   script:
-    - curl -L -o mage8.tgz https://gitlab.irstea.fr/jean-baptiste.faure/mage/-/releases/$MAGE_8_VERSION/downloads/packages/mage_linux.tgz
+    - curl -L -o mage8.tgz https://forge.inrae.fr/river-hydraulics/mage/-/releases/$MAGE_8_VERSION/downloads/packages/mage_linux.tgz
     - mkdir -p mage8-linux
     - cd mage8-linux
     - tar xvf ../mage8.tgz
   artifacts:
     paths:
       - mage8-linux/mage
-      - mage8-linux/mage_as7
-      - mage8-linux/mage_extraire
-      - mage8-linux/mailleurTT
-      - mage8-linux/libbief.so
 
 dl-mage8-windows:
   stage: downloads
@@ -71,17 +75,13 @@ dl-mage8-windows:
   rules:
     - if: $CI_COMMIT_BRANCH == 'ci-test' || $CI_COMMIT_BRANCH == 'master' || $CI_COMMIT_TAG
   script:
-    - curl -L -o mage8.tgz https://gitlab.irstea.fr/jean-baptiste.faure/mage/-/releases/$MAGE_8_VERSION/downloads/packages/mage_windows.tgz
+    - curl -L -o mage8.tgz https://forge.inrae.fr/river-hydraulics/mage/-/releases/$MAGE_8_VERSION/downloads/packages/mage_windows.tgz
     - mkdir -p mage8-windows
     - cd mage8-windows
     - tar xvf ../mage8.tgz
   artifacts:
     paths:
       - mage8-windows/mage.exe
-      - mage8-windows/mage_as7.exe
-      - mage8-windows/mage_extraire.exe
-      - mage8-windows/mailleurTT.exe
-      - mage8-windows/libbief.dll
 
 dl-adists-linux:
   stage: downloads
@@ -92,7 +92,7 @@ dl-adists-linux:
   script:
     - mkdir -p adists-linux
     - cd adists-linux
-    - curl -L -o adists https://gitlab.irstea.fr/jean-baptiste.faure/adists/-/releases/v1.0.1/downloads/executables/adists
+    - curl -L -o adists https://forge.inrae.fr/river-hydraulics/adists/-/releases/$ADISTS_VERSION/downloads/executables/adists
   artifacts:
     paths:
       - adists-linux/adists
@@ -106,7 +106,7 @@ dl-adists-windows:
   script:
     - mkdir -p adists-windows
     - cd adists-windows
-    - curl -L -o adists.exe https://gitlab.irstea.fr/jean-baptiste.faure/adists/-/releases/v1.0.1/downloads/executables/adists_win64.exe.exe
+    - curl -L -o adists.exe https://forge.inrae.fr/river-hydraulics/adists/-/releases/$ADISTS_VERSION/downloads/executables/adists_win64.exe
   artifacts:
     paths:
       - adists-windows/adists.exe
@@ -205,13 +205,32 @@ build-td:
     - job: set-version
       artifacts: true
   script:
-    - cd ./doc/users/Tuto1/
+    - cd ./doc/users/TP_Hydraulique_Hogneau/
     - ./build.sh
   artifacts:
     paths:
-      - doc/users/Tuto1/step-by-step.pdf
-      - doc/users/Tuto1/pas-a-pas.pdf
-      - doc/users/Tuto1/data/
+      - doc/users/TP_Hydraulique_Hogneau/step-by-step.pdf
+      - doc/users/TP_Hydraulique_Hogneau/pas-a-pas.pdf
+      - doc/users/TP_Hydraulique_Hogneau/Tuto-2-fr.pdf
+      - doc/users/TP_Hydraulique_Hogneau/data/
+  allow_failure: true
+
+build-td-2:
+  stage: build
+  tags:
+    - linux
+  needs:
+    - job: set-version
+      artifacts: true
+  script:
+    - cd ./doc/users/TP_AdisTS_Vieux_Rhone/
+    - ./build.sh
+  artifacts:
+    paths:
+      - doc/users/TP_AdisTS_Vieux_Rhone/pas-a-pas.pdf
+      - doc/users/TP_AdisTS_Vieux_Rhone/data/
+      - doc/users/TP_AdisTS_Vieux_Rhone/Sujet.pdf
+      - doc/users/TP_AdisTS_Vieux_Rhone/Vieux_Rhone_TP_AdisTS.pamhyr
   allow_failure: true
 
 build-developers-doc:
@@ -268,6 +287,8 @@ build-linux:
     #   artifacts: true
     - job: build-td
       artifacts: true
+    - job: build-td-2
+      artifacts: true
   script:
     - mkdir -p linux
     - cd linux
@@ -278,7 +299,7 @@ build-linux:
     - pip3 install -r ../requirements.txt
     - pip3 install -U -r ../requirements.txt
     # Run Pyinstaller
-    - pyinstaller -y --paths linux-venv/lib/python3.8/site-packages ../src/pamhyr.py
+    - pyinstaller -y $HIDDEN_IMPORTS --paths linux-venv/lib/python3.8/site-packages ../src/pamhyr.py
     # Create directory
     - mkdir -p pamhyr
     - mkdir -p pamhyr/_internal
@@ -327,16 +348,22 @@ build-linux:
     - cp -r ../doc/dev/images/* pamhyr/doc/images
     - cp -r ../doc/images/* pamhyr/doc/images
     # Copy Tuto
-    - mkdir -p pamhyr/doc/Tuto1/
-    - mkdir -p pamhyr/doc/Tuto1/data
-    - cp ../doc/users/Tuto1/Hogneau_Engees2022.pdf pamhyr/doc/Tuto1/Hogneau_Engees2022.pdf
-    - cp ../doc/users/Tuto1/step-by-step.pdf pamhyr/doc/Tuto1/Tuto1-en.pdf
-    - cp ../doc/users/Tuto1/pas-a-pas.pdf pamhyr/doc/Tuto1/Tuto1-fr.pdf
-    - cp ../doc/users/Tuto1/*.pamhyr pamhyr/doc/Tuto1/
-    - cp ../doc/users/Tuto1/data/* pamhyr/doc/Tuto1/data/
+    - mkdir -p pamhyr/doc/TP_Hydraulique_Hogneau/
+    - mkdir -p pamhyr/doc/TP_Hydraulique_Hogneau/data
+    - cp ../doc/users/TP_Hydraulique_Hogneau/Hogneau_Engees2022.pdf pamhyr/doc/TP_Hydraulique_Hogneau/Hogneau_Engees2022.pdf
+    - cp ../doc/users/TP_Hydraulique_Hogneau/step-by-step.pdf pamhyr/doc/TP_Hydraulique_Hogneau/Tuto1-en.pdf
+    - cp ../doc/users/TP_Hydraulique_Hogneau/pas-a-pas.pdf pamhyr/doc/TP_Hydraulique_Hogneau/Tuto1-fr.pdf
+    - cp ../doc/users/TP_Hydraulique_Hogneau/Tuto-2-fr.pdf pamhyr/doc/TP_Hydraulique_Hogneau/Tuto2-fr.pdf
+    - cp ../doc/users/TP_Hydraulique_Hogneau/*.pamhyr pamhyr/doc/TP_Hydraulique_Hogneau/
+    - cp ../doc/users/TP_Hydraulique_Hogneau/data/* pamhyr/doc/TP_Hydraulique_Hogneau/data/
+    - mkdir -p pamhyr/doc/TP_AdisTS_Vieux_Rhone/
+    - mkdir -p pamhyr/doc/TP_AdisTS_Vieux_Rhone/data
+    - cp ../doc/users/TP_AdisTS_Vieux_Rhone/*.pdf pamhyr/doc/TP_AdisTS_Vieux_Rhone/
+    - cp ../doc/users/TP_AdisTS_Vieux_Rhone/data/* pamhyr/doc/TP_AdisTS_Vieux_Rhone/data/
+    - cp ../doc/users/TP_AdisTS_Vieux_Rhone/Vieux_Rhone_TP_AdisTS.pamhyr pamhyr/doc/TP_AdisTS_Vieux_Rhone/Vieux_Rhone_TP_AdisTS.pamhyr
     # Copy TP charriage
     - mkdir -p pamhyr/doc/TP_charriage/
-    - cp ../doc/users/TP_charriage/* pamhyr/doc/TP_charriage
+    - cp -r ../doc/users/TP_charriage/* pamhyr/doc/TP_charriage
   artifacts:
     paths:
       - linux/pamhyr
@@ -364,6 +391,8 @@ build-windows:
     #   artifacts: true
     - job: build-td
       artifacts: true
+    - job: build-td-2
+      artifacts: true
   script:
     - mkdir windows
     - cd windows
@@ -373,7 +402,7 @@ build-windows:
     - python -m pip install -U -r ..\requirements.txt
     # Run Pyinstaller
     # - pyinstaller --noconsole -y ..\src\pamhyr.py
-    - pyinstaller -i ../src/View/ui/ressources/icon.ico --hide-console hide-early -y ..\src\pamhyr.py
+    - pyinstaller -i ../src/View/ui/ressources/icon.ico $HIDDEN_IMPORTS --hide-console hide-early -y ..\src\pamhyr.py
     # Create directory
     - mkdir pamhyr
     - dir
@@ -552,6 +581,40 @@ pkg-check-clamav:
 # RELEASE #
 ###########
 
+shadow-release:
+  stage: release
+  tags:
+    - release
+    - linux
+  needs:
+    - job: linux-package-tar
+      artifacts: true
+    - job: windows-package-zip
+      artifacts: true
+    - job: windows-package-exe
+      artifacts: true
+    # - job: build-users-doc
+    #   artifacts: true
+    - job: build-developers-doc
+      artifacts: true
+    - job: pkg-hash
+      artifacts: true
+  rules:
+    - if: $CI_COMMIT_BRANCH != 'master' && $CI_COMMIT_TAG
+  artifacts:
+    paths:
+      - linux/pamhyr-gnulinux.tar.xz
+      - windows/pamhyr-windows.zip
+      - windows/pamhyr-windows.exe
+      - linux/pamhyr-gnulinux.tar.xz.sha256
+      - windows/pamhyr-windows.zip.sha256
+      - windows/pamhyr-windows.exe.sha256
+      - doc/dev/documentation.pdf
+      # - doc/users/documentation.pdf
+  script:
+    - cd packages
+
+
 tag-release:
   stage: release
   tags:
@@ -571,7 +634,7 @@ tag-release:
     - job: pkg-hash
       artifacts: true
   rules:
-    - if: $CI_COMMIT_TAG
+    - if: $CI_COMMIT_BRANCH == 'master' && $CI_COMMIT_TAG
   artifacts:
     paths:
       - linux/pamhyr-gnulinux.tar.xz

AUTHORS

@@ -1,3 +1,3 @@
 Sylvain COULIBALY, INRAE, 2020 - 2022
 Théophile TERRAZ, INRAE, 2022 - 2024
-Pierre-Antoine ROUBY, INRAE, 2023 - 2024
+Pierre-Antoine ROUBY, INRAE, 2023 - 2025

README.md

@@ -18,6 +18,7 @@ modelling of rivers.
 + Define river sedimentary layers
 + Save the study in a unique file
 + Run Mage 8 on a study and visualize results
++ Create and edit study alternative scenario tree
 
 Let see the
 [documentation](https://gitlab.irstea.fr/theophile.terraz/pamhyr/-/wikis/home)

doc/dev/build.sh

@@ -1,18 +1,23 @@
 #! /bin/sh
 
-echo " PDF  documentation.org"
-emacs -nw --batch                                       \
-      --eval "(require 'org)"                           \
-      --eval "(require 'ox-latex)"                      \
-      --eval "(load-file \"../tools/setup.el\")"        \
-      --file ./documentation.org                        \
-      -f org-latex-export-to-pdf
+FILES="documentation.org scenario.org"
 
-echo " HTML documentation.org"
-emacs -nw --batch                                       \
-      --eval "(require 'org)"                           \
-      --eval "(require 'ox-latex)"                      \
-      --eval "(require 'ox-html)"                       \
-      --eval "(load-file \"../tools/setup.el\")"        \
-      --file ./documentation.org                        \
-      -f org-html-export-to-html
+for file in $FILES
+do
+    echo " PDF  $file"
+    emacs -nw --batch                                   \
+          --eval "(require 'org)"                       \
+          --eval "(require 'ox-latex)"                  \
+          --eval "(load-file \"../tools/setup.el\")"    \
+          --file ./$file                                \
+          -f org-latex-export-to-pdf                    \
+
+    echo " HTML $file"
+    emacs -nw --batch                                   \
+          --eval "(require 'org)"                       \
+          --eval "(require 'ox-latex)"                  \
+          --eval "(require 'ox-html)"                   \
+          --eval "(load-file \"../tools/setup.el\")"    \
+          --file ./$file                                \
+          -f org-html-export-to-html
+done

doc/dev/documentation.org

@@ -1375,7 +1375,7 @@ contribution.
 #+INCLUDE: "../../AUTHORS" src text
 
 [fn:p2-gitlab] The {{{pamhyr2}}} Gitlab project page:
-https://gitlab.irstea.fr/theophile.terraz/pamhyr
+https://gitlab.com/pamhyr/pamhyr2
 [fn:inrae] The INRAE web site: https://www.inrae.fr/
 
 ** Translate

doc/dev/scenario.org

@@ -0,0 +1,661 @@
+# senario.org -- Pamhyr developers documentation
+# Copyright (C) 2023-2024  INRAE
+#
+# This program is free software: you can redistribute it and/or modify
+# it under the terms of the GNU General Public License as published by
+# the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
+# (at your option) any later version.
+#
+# This program is distributed in the hope that it will be useful,
+# but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+# MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+# GNU General Public License for more details.
+#
+# You should have received a copy of the GNU General Public License
+# along with this program.  If not, see <https://www.gnu.org/licenses/>.
+
+# -*- coding: utf-8 -*-
+
+#+STARTUP: indent show2levels
+
+#+INCLUDE: ../tools/macro.org
+#+INCLUDE: ../tools/latex.org
+
+#+TITLE: Scenario implementation in Pamhyr2: \textbf{Preparatory work}
+#+SUBTITLE: Version: {{{version}}}
+#+AUTHOR: {{{INRAE}}}
+
+#+OPTIONS: toc:t
+#+LANGUAGE: UKenglish
+
+#+latex: \newpage
+
+* COMMENT tools
+
+#+begin_src emacs-lisp :export none
+  (add-to-list 'org-structure-template-alist
+               '("p" "#+begin_src python :python python3 :results output\n\n#+end_src"))
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+#+begin_example
+((p #+begin_src python :python python3 :results output
+
+,#+end_src) (d . #+name: graph-XXX
+,#+header: :results drawer
+,#+header: :exports results
+,#+header: :post attr_wrap(width="12cm", data=*this*, name="graph-XXX", caption="Graph XXX", float="t")
+,#+begin_src dot :file "images/graph-XXX.png" :cache no
+digraph {
+        bgcolor="transparent";
+        node[colorscheme=set19,shape=box,style="filled",fillcolor=9];
+}
+,#+end_src) (p . src python :python python3 :results output :noweb yes
+
+src) (t . EXPORT latex
+\begin{table}
+\centering
+\resizebox{0.6\linewidth}{!}{
+
+}
+%\vspace{0.5pt}
+%\caption{Number of tests by errors types}
+\end{table}
+,#+E) (B . src shell :session *shell* :results output :exports both) (a . export ascii) (c . center) (C . comment) (e . example) (E . export) (h . export html) (l . export latex) (q . quote) (s . src) (v . verse))
+#+end_example
+
+#+name: dbg-execute
+#+begin_src python :python python3 :results output :noweb yes
+  def execute(db, query):
+      print(query)
+      return db.execute(query)
+#+end_src
+
+#+RESULTS: dbg-execute
+
+#+name: execute
+#+begin_src python :python python3 :results output :noweb yes
+  def execute(db, query):
+      return db.execute(query)
+#+end_src
+
+#+RESULTS: execute
+
+* Principe
+
+** Scenario
+
+A scenario is defined by a name, a description and a parent
+scenario. If a scenario as no parent, parent value is =None=. So, in
+Pamhyr2 the list of scenario must by a tree with a root defined by a
+default scenarios with no parent.
+
+#+begin_src sql
+  CREATE TABLE scenario(
+    id INTEGER NOT NULL PRIMARY KEY AUTOINCREMENT,
+    name TEXT NOT NULL,           -- Name of the scenario
+    description TEXT NOT NULL,    -- Rich text description
+    parent_id INTEGER REFERENCES scenario(id) -- Recursive references
+                                              -- for parent scenario
+  )
+#+end_src
+
+** Data
+
+Each data is associated with one and only one scenario. This senario
+is defined by the =id=. So, each data structure who can saved in DB
+must add the following lines in table définition:
+
+#+begin_src sql
+  scenario_id INTEGER NOT NULL,
+  FOREIGN KEY(scenario_id) REFERENCES scenario(id)
+#+end_src
+
+To avoid, at least, memory usage exploitation, by default, a scenario
+must saved only the modified data from its parent. This contrains
+require to wrap any data modification to update the data scenario id
+to current scenario id in source code. In addition, we need to modify
+the data loading méthode to take in considération this recursive
+dependencies.
+
+#+CAPTION: Recursive loading method
+#+begin_src python :python python3 :results output :noweb yes
+  def rec_load(cls, db, current_scenario):
+    # Default case, end of recursion
+    if current_scenario is None:
+      return []                   # Default value
+
+    table = db.execute(f"<MY SELECT> WHERE scenario_id = {current_scenario}")
+
+    # If no data for this scenario, recursion
+    if len(table) == 0:
+      parent_id = db.get_parent_id(current_scenario)
+      return cls.rec_load(db, parent_id)
+
+    # Otherelse, parse data and return...
+#+end_src
+
+With this method, modify a data in parent scenario, modify this data
+in child scenario too. Unless is value has been previously modified in
+the child scenario. Deny tree node modification, except for leaf.
+
+This method work, but it dont allow to delete data un child scenarios,
+because if we dont found data for this scenario we search for parent
+scenario. So, we need a condition to stop recursion in case of data
+deletion in child scenario. To stop the recurtion, we can use a dummy
+data flag. By default, this flags is =false=, but if this flags is
+=true= the data is ignored at loading.
+
+So, we can use this flags for each data structure who can saved in DB:
+
+#+begin_src sql
+  is_dummy BOOLEAN,               -- True if this data as been deleted
+#+end_src
+
+Modify the loading method:
+
+#+CAPTION: Recursive loading method with possible dummy data
+#+begin_src python :python python3 :results output :noweb yes
+  def rec_load_2(cls, db, current_scenario):
+    # Default case, end of recursion
+    if current_scenario is None:
+      return []                   # Default value
+
+    table = db.execute(f"<MY SELECT> WHERE scenario_id = {current_scenario}")
+
+    # If no data for this scenario, recursion
+    if len(table) == 0:
+      parent_id = db.get_parent_id(current_scenario)
+      return cls.rec_load(db, parent_id)
+
+    for data in table:
+      if is_dummy(data):
+        continue
+
+      # Otherelse, parse data ...
+
+    # return ...
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+
+And add a data reduction method:
+
+#+caption: Data reduction method for data subtree
+#+begin_src python :python python3 :results output :noweb yes
+  def reduce_change(self):
+       # Get the greater scenario
+       scenar = reduce(
+            lambda acc, x: max(acc, x._scenario),
+            self._values,
+            self._scenario
+       )
+
+       # Apply change on this subtree
+       self._scenario = scenar
+
+       if is_dummy(self):         # There are no more subtree
+          self.values = []
+       else:                      # Update data subtree scenario id
+            for value in self._values:
+                 value.set_scenario(self._scenario)
+            # Dummy data is no more necessary in this subtree
+            self._values = list(
+                 filter(
+                      lambda v: not is_dummy(v),
+                      self._values
+                 )
+            )
+
+       # Keep data id unique for all subtree
+       self.get_new_db_id()
+#+end_src
+
+#+RESULTS:
+
+#+latex: \newpage
+
+* Prototype
+
+** Scenario
+
+#+name: scenario
+#+begin_src python :python python3 :results output :noweb yes
+  class Scenario():
+       def __init__(self, id, name, parent):
+           self._id = id
+           self._name = name
+           self._parent = parent
+
+       @classmethod
+       def create_db(cls, db):
+           execute(
+               db, """
+               CREATE TABLE scenario(
+                 id INTEGER PRIMARY KEY,
+                 name TEXT NOT NULL,
+                 parent_id INTEGER REFERENCES scenario(id)
+               )
+               """
+           )
+
+       @classmethod
+       def load_db(cls, db):
+           cur = execute(
+               db, f"SELECT * FROM scenario"
+           )
+           table = cur.fetchall()
+
+           new = []
+           for values in table:
+               new.append(
+                   cls(
+                       values[0], values[1], values[2],
+                   )
+               )
+
+           return new
+
+       def save(self, db):
+           sid = 'NULL' if self._parent is None else self._parent
+
+           execute(
+               db,
+               "INSERT INTO scenario (id, name, parent_id) " +
+               f"VALUES ({self._id}, '{self._name}', {sid})"
+           )
+
+       def __repr__(self):
+           return f"Scenario {{ {self._id}, {self._name}, parent {self._parent} }}"
+
+       def __str__(self):
+           return f"{self._name}({self._id})"
+#+end_src
+
+#+RESULTS: scenario
+
+** Data
+
+#+name: data-b
+#+begin_src python :python python3 :results output :noweb yes
+  class B():
+      def __init__(self, value, scenario):
+           self._value = value
+           self._scenario = scenario
+           self._dummy = False
+
+      @classmethod
+      def create_db(cls, db):
+          execute(db, """
+            CREATE TABLE b(
+              id INTEGER PRIMARY KEY AUTOINCREMENT,
+              dummy_data BOOLEAN,
+              x INTEGER,
+              a_id INTEGER NOT NULL,
+              scenario_id INTEGER NOT NULL,
+              FOREIGN KEY(a_id) REFERENCES a(id),
+              FOREIGN KEY(scenario_id) REFERENCES scenario(id)
+            )
+          """)
+
+      def save(self, db, a_id):
+          execute(
+              db,
+              "INSERT INTO b (x, dummy_data, a_id, scenario_id) " +
+              f"VALUES ({self._value}, {self._dummy}, {a_id}, {self._scenario})"
+          )
+
+      @classmethod
+      def load_db(cls, db, a_id, senar):
+          if senar is None:
+              return []
+
+          cur = execute(
+              db,
+              "SELECT x, scenario_id, dummy_data FROM b " +
+              f"WHERE scenario_id = {senar} AND a_id = {a_id}"
+          )
+          table = cur.fetchall()
+
+          if len(table) == 0:
+              parent = execute(
+                  db,
+                  f"SELECT parent_id FROM scenario WHERE id = {senar}"
+              ).fetchone()
+
+              return cls.load_db(db, parent[0])
+
+          new = []
+          for values in table:
+              if values[2]:    # Is dummy
+                  continue
+
+              new.append(cls(values[0], values[1]))
+
+          return new
+
+      def set_value(self, value, scenario):
+          self._value = value
+          self._scenario = scenario
+
+      def set_dummy(self, scenario):
+          self._scenario = scenario
+          self._dummy = True
+
+      def __repr__(self):
+          if self._dummy:
+              return ""
+          return f"{self._value}"
+
+      def __str__(self):
+          if self._dummy:
+              return ""
+          return f"{self._value}"
+#+end_src
+
+#+RESULTS: data-b
+
+#+name: data-a
+#+begin_src python :python python3 :results output :noweb yes
+  class A():
+       def __init__(self, id, values, scenario):
+           self._id = id
+           self._values = values
+           self._scenario = scenario
+           self._dummy = False
+
+       @classmethod
+       def create_db(cls, db):
+           execute(db, """
+           CREATE TABLE a(
+             id INTEGER PRIMARY KEY,
+             dummy_data BOOLEAN,
+             scenario_id INTEGER,
+             FOREIGN KEY(scenario_id) REFERENCES scenario(id)
+           )
+           """)
+
+       def save(self, db):
+           self.reduce_change()
+
+           execute(db, f"DELETE FROM a WHERE scenario_id = {self._scenario}")
+           execute(
+               db,
+               "INSERT INTO a (id, dummy_data, scenario_id) " +
+               f"VALUES ({self._id}, {self._dummy}, {self._scenario})"
+           )
+
+           execute(
+                db,
+                "DELETE FROM b " +
+                f"WHERE scenario_id = {self._scenario} " +
+                f"AND a_id = {self._id}"
+           )
+
+           for value in self._values:
+                value.save(db, self._id)
+
+       def reduce_change(self):
+            diff_scenar = reduce(
+                 lambda acc, x: max(acc, x._scenario),
+                 self._values,
+                 self._scenario
+            )
+            print(f" ~> Reduce: {self._scenario} to {diff_scenar}")
+            self._scenario = diff_scenar
+
+            # Reduce new scenario value on each value
+            for value in self._values:
+                 value._scenario = self._scenario
+
+            # Delete useless dummy data
+            self._values = list(
+                 filter(
+                      lambda v: not v._dummy,
+                      self._values
+                 )
+            )
+
+            # HACK: keep id unique
+            self._id = self._id * 100 + diff_scenar
+
+       @classmethod
+       def load_db(cls, db, senar):
+           if senar is None:
+               return []
+
+           cur = execute(
+               db,
+               f"SELECT id, scenario_id, dummy_data FROM a WHERE scenario_id = {senar}"
+           )
+           table = cur.fetchall()
+
+           if len(table) == 0:
+               parent = execute(
+                   db,
+                   f"SELECT parent_id FROM scenario WHERE id = {senar}"
+               ).fetchone()
+
+               return cls.load_db(db, parent[0])
+
+           new = []
+           for values in table:
+               if values[2]:
+                    continue
+
+               bb = B.load_db(db, values[0], senar)
+               new.append(cls(values[0], bb, values[1]))
+
+           return new
+
+       def set_dummy(self, scenario):
+           self._scenario = scenario
+           self._dummy = True
+
+       def add(self, b):
+          self._values.append(b)
+
+       def delete(self, index, scenario):
+            self._values[index].set_dummy(scenario)
+            self._scenario = scenario
+
+       def __repr__(self):
+           if self._dummy:
+               return "{ }"
+           return f"{{ {self._values}, ({self._scenario}) }}"
+
+       def __str__(self):
+           if self._dummy:
+               return "{ }"
+           return f"{{ {list(map(str, self._values))}, ({self._scenario}) }}"
+#+end_src
+
+#+RESULTS: data-a
+
+** Full prototype
+
+#+begin_src python :python python3 :results output :exports both :noweb yes :cache yes
+  from functools import reduce
+
+  def execute(db, query):
+      # print(query)
+      return db.execute(query)
+
+  def get_tree(db):
+      from treelib import Node, Tree
+
+      tree = Tree()
+
+      for senar in db.execute("SELECT * FROM scenario").fetchall():
+          if senar[1] is None:
+              tree.create_node(
+                  str(Scenario(senar[0], senar[1], senar[2])) +
+                  " : " + str(A.load_db(db, senar[0])[0]),
+                  senar[0]
+              )
+          else:
+              tree.create_node(
+                  str(Scenario(senar[0], senar[1], senar[2])) +
+                  " : " + str(A.load_db(db, senar[0])[0]),
+                  senar[0],
+                  parent=senar[2]
+              )
+
+      return tree
+
+  ### --- Scenario ---
+  <<scenario>>
+
+  ### --- class B ---
+  <<data-b>>
+
+  ### --- class A ---
+  <<data-a>>
+
+  ### --- Script ---
+  import sqlite3
+  import pprint
+
+  pp = pprint.PrettyPrinter(width=79, compact=True, depth=6)
+
+  with sqlite3.connect(":memory:") as db:
+      cur = db.cursor()
+
+      Scenario.create_db(cur)
+      A.create_db(cur)
+      B.create_db(cur)
+
+      print("--- Default scenario (s0) ---")
+
+      # One scenario
+
+      s0 = Scenario(0, "s0", None)
+      a0 = A(
+          1,
+          [
+              B(0, s0._id),
+              B(1, s0._id),
+              B(2, s0._id),
+          ],
+          s0._id
+      )
+
+      s0.save(cur)
+      a0.save(cur)
+
+      print("--- New scenario (s1) -- copy without modification ---")
+
+      # New scenario
+
+      s1 = Scenario(1, "s1", s0._id)
+      s1.save(cur)
+
+      print("--- New scenario (s2) -- data modification ---")
+
+      # New scenario 2 with data
+
+      s2 = Scenario(2, "s2", s0._id)
+      s2.save(cur)
+
+      a2 = a0
+      bb = list(map(
+          lambda b: b.set_value(b._value + 1, s2._id),
+          a2._values
+      ))
+
+      a2.save(cur)
+
+      print("--- New scenario (s3) -- delete data ---")
+
+      # New scenario 3 with data
+
+      s3 = Scenario(3, "s3", s0._id)
+      s3.save(cur)
+
+      a3 = A.load_db(cur, s3._id)[0]
+      a3._values[0].set_dummy(s3._id)
+      a3.save(cur)
+
+      print("--- New scenario (s4) -- new data ---")
+
+      s4 = Scenario(4, "s4", s3._id)
+      s4.save(cur)
+
+      a4 = A.load_db(cur, s3._id)[0]
+      a4.add(B(666, s4._id))
+      a4.save(cur)
+
+      print("--- Scenario tree ---")
+
+      tree = get_tree(db)
+      print(tree)
+
+      print("--- Modify s0 data ---")
+
+      aa = A.load_db(db, s0._id)[0]
+      bb = list(map(
+          lambda b: b.set_value(b._value * 100 - 1, s0._id),
+          aa._values
+      ))
+      aa.save(db)
+
+      print("--- Scenario tree ---")
+
+      tree = get_tree(db)
+      print(tree)
+
+      print("--- DB ---")
+
+      ss = db.execute("SELECT * FROM scenario").fetchall()
+      print(f"+ scenario ({len(ss)}):")
+      pp.pprint(ss)
+
+      aa = db.execute("SELECT * FROM a").fetchall()
+      print(f"+ a ({len(aa)}):")
+      pp.pprint(aa)
+
+      bb = db.execute("SELECT * FROM b").fetchall()
+      print(f"+ b ({len(bb)}):")
+      pp.pprint(bb)
+
+#+end_src
+
+#+RESULTS[96c84f23be557425ae2822ef7f174175ef69f9b9]:
+#+begin_example
+--- Default scenario (s0) ---
+ ~> Reduce: 0 to 0
+--- New scenario (s1) -- copy without modification ---
+--- New scenario (s2) -- data modification ---
+ ~> Reduce: 0 to 2
+--- New scenario (s3) -- delete data ---
+ ~> Reduce: 0 to 3
+--- New scenario (s4) -- new data ---
+ ~> Reduce: 3 to 4
+--- Scenario tree ---
+s0(0) : { ['0', '1', '2'], (0) }
+├── s1(1) : { ['0', '1', '2'], (0) }
+├── s2(2) : { ['1', '2', '3'], (2) }
+└── s3(3) : { ['1', '2'], (3) }
+    └── s4(4) : { ['1', '2', '666'], (4) }
+
+--- Modify s0 data ---
+ ~> Reduce: 0 to 0
+--- Scenario tree ---
+s0(0) : { ['-1', '99', '199'], (0) }
+├── s1(1) : { ['-1', '99', '199'], (0) }
+├── s2(2) : { ['1', '2', '3'], (2) }
+└── s3(3) : { ['1', '2'], (3) }
+    └── s4(4) : { ['1', '2', '666'], (4) }
+
+--- DB ---
++ scenario (5):
+[(0, 's0', None), (1, 's1', 0), (2, 's2', 0), (3, 's3', 0), (4, 's4', 3)]
++ a (4):
+[(10000, 0, 0), (10002, 0, 2), (10003, 0, 3), (1000304, 0, 4)]
++ b (14):
+[(1, 0, 0, 100, 0), (2, 0, 1, 100, 0), (3, 0, 2, 100, 0), (4, 0, 1, 10002, 2),
+ (5, 0, 2, 10002, 2), (6, 0, 3, 10002, 2), (7, 0, 1, 10003, 3),
+ (8, 0, 2, 10003, 3), (9, 0, 1, 1000304, 4), (10, 0, 2, 1000304, 4),
+ (11, 0, 666, 1000304, 4), (12, 0, -1, 10000, 0), (13, 0, 99, 10000, 0),
+ (14, 0, 199, 10000, 0)]
+#+end_example

doc/dev/scenarios/presentation.org

@@ -0,0 +1,525 @@
+# presentation.org -- Pamhyr
+# Copyright (C) 2023  INRAE
+#
+# This program is free software: you can redistribute it and/or modify
+# it under the terms of the GNU General Public License as published by
+# the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
+# (at your option) any later version.
+#
+# This program is distributed in the hope that it will be useful,
+# but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+# MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+# GNU General Public License for more details.
+#
+# You should have received a copy of the GNU General Public License
+# along with this program.  If not, see <https://www.gnu.org/licenses/>.
+
+# -*- coding: utf-8 -*-
+
+#+STARTUP: indent hideblocks content beamer
+
+#+TITLE: \textbf{Pamhyr2}
+#+SUBTITLE: Scenarios managements
+
+# #+AUTHOR: Pierre-Antoine Rouby
+#+LATEX_HEADER: \author[Pierre-Antoine Rouby]{\textbf{Pierre-Antoine Rouby}}
+#+EMAIL: pierre-antoine.rouby@inrae.fr
+#+INSTITUTE: INRAE Lyon-Villerbanne, teams River Hydraulics
+#+LATEX_HEADER: \institute{INRAE Lyon-Villerbanne, River Hydraulics team}
+#+DATE: 9th November
+
+#+KEYWORDS: g ui, hydraulics, sedimentary, hydro-sedimentary, 1D modelling, freesoftware, foss
+
+#+OPTIONS: H:2 toc:t num:t author:nil
+#+LATEX_CLASS: beamer
+#+LATEX_CLASS_OPTIONS: [slideopt,A4,showboxes,svgnames,aspectratio=169]
+# #+LATEX_CLASS_OPTIONS: [presentation]
+#+BEAMER_THEME: default
+#+COLUMNS: %45ITEM %10BEAMER_ENV(Env) %10BEAMER_ACT(Act) %4BEAMER_COL(Col)
+
+#+LANGUAGE: fr
+#+LATEX_HEADER: \usepackage[frenchb]{babel}
+
+#+BEGIN_SRC emacs-lisp :results silent :exports none
+  (setq org-latex-pdf-process (list
+    "latexmk -pdflatex='lualatex -shell-escape -interaction nonstopmode' -pdf -f  %f"))
+
+  (add-to-list 'org-latex-packages-alist '("" "minted"))
+  (setq org-latex-listings 'minted)
+  (setq org-src-fontify-natively t)
+
+  (org-add-link-type
+   "cite" 'ebib
+   (lambda (path desc format)
+     (cond
+      ((eq format 'html)
+       (format "(<cite>%s</cite>)" path))
+      ((eq format 'text)
+       (format "[%s]" path))
+      ((eq format 'latex)
+       (if (or (not desc) (equal 0 (search "cite:" desc)))
+           (format "\\cite{%s}" path)
+         (format "\\cite[%s][%s]{%s}"
+                 (cadr (split-string desc ";"))
+                 (car (split-string desc ";"))  path))))))
+#+END_SRC
+
+# Wrapper
+#+NAME: attr_wrap
+#+HEADER: :var width="\\textwidth"
+#+HEADER: :var caption=""
+#+HEADER: :var smallcaption=""
+#+HEADER: :var name=""
+#+HEADER: :var data=""
+#+HEADER: :var float="nil"
+#+BEGIN_SRC sh :results output :exports none
+  echo "#+CAPTION[$smallcaption]: $caption"
+  echo "#+NAME: $name"
+  echo "#+ATTR_LATEX: :width $width :float $float"
+  echo "$data"
+#+END_SRC
+
+#+LATEX_HEADER: \setbeamertemplate{footline}[frame number]
+#+LATEX_HEADER: \setbeamertemplate{headline}{}
+#+LATEX_HEADER: \usepackage{multirow}
+#+LATEX_HEADER: \usepackage{fontawesome5}
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+#+LATEX_HEADER: \usepackage{tikz}
+
+#+LATEX_HEADER: \logo{\includegraphics[width=.1\textwidth]{../../../src/View/ui/ressources/Logo-INRAE.png}}
+
+#+LATEX_HEADER: \newcommand{\R}[1]{\rotatebox[origin=c]{90}{#1}}
+
+# Beamer colors
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+#+LATEX_HEADER: \setbeamerfont{alerted text}{series=\bfseries}
+#+LATEX_HEADER: \setbeamerfont{example text}{series=\bfseries}
+
+#+LATEX_HEADER: \definecolor{inrae_1}{RGB}{102,193,191}
+#+LATEX_HEADER: \definecolor{inrae_2}{RGB}{0,150,152}
+#+LATEX_HEADER: \definecolor{inrae_3}{RGB}{39,86,98}
+
+#+LATEX_HEADER: \setbeamercolor{alerted text}{fg=inrae_1}
+#+LATEX_HEADER: \setbeamercolor{structure}{fg=inrae_2}
+#+LATEX_HEADER: \setbeamercolor{normal text}{fg=inrae_3}
+#+LATEX_HEADER: \setbeamercolor*{author}{fg=inrae_3}
+
+#+LATEX_HEADER: \usepackage[absolute,showboxes,overlay]{textpos}
+
+#+LATEX_HEADER: \TPshowboxesfalse
+#+LATEX_HEADER: \textblockorigin{5mm}{0mm}
+
+# Biblio
+#+LATEX_HEADER: \usepackage{natbib}
+# #+LATEX_HEADER: \bibliographystyle{apalike}
+#+LATEX_HEADER: \setbeamertemplate{bibliography item}{}
+#+LATEX_HEADER: \renewcommand\bibfont{\scriptsize}
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+
+#+LATEX_HEADER: \usepackage{bbding}
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+
+# Renew title page
+#+LATEX_HEADER: \defbeamertemplate*{title page}{customized}[1][]
+#+LATEX_HEADER: {
+# #+LATEX_HEADER:   {
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+# #+LATEX_HEADER:        7$^{th}$ International Conference\\
+# #+LATEX_HEADER:        8TH-10TH November\\
+# #+LATEX_HEADER:        EDF Lab - CHATOU, FRANCE
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+# #+LATEX_HEADER:   }
+#+LATEX_HEADER:   {
+#+LATEX_HEADER:     \usebeamerfont{title}\inserttitle\par
+#+LATEX_HEADER:     \usebeamerfont{title}\usebeamercolor[fg]{title}
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+#+LATEX_HEADER:   \bigskip
+#+LATEX_HEADER:   \begin{center}
+#+LATEX_HEADER:     \usebeamerfont{subtitle}\usebeamercolor[fg]{subtitle}
+#+LATEX_HEADER:     {
+#+LATEX_HEADER:       \LARGE\insertsubtitle\par
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+#+LATEX_HEADER:     \usebeamerfont{date}\usebeamercolor[fg]{date}\insertdate\par
+#+LATEX_HEADER:     \usebeamercolor[fg]{titlegraphic}\inserttitlegraphic
+#+LATEX_HEADER:   \end{center}
+#+LATEX_HEADER: }
+
+# #+LATEX_HEADER: \newcommand{\tred}[1]{\textcolor{rouge_inrae}{#1}}
+
+#+TODO: TODO WIP TOREVIEW | DONE
+
+#+MACRO: pamhyr \textsc{PAMHyR}
+#+MACRO: pamhyr2 \textsc{Pamhyr2}
+
+#+MACRO: pause \pause
+#+MACRO: framebreak \framebreak
+#+MACRO: no
+# #+MACRO: OK  \checkmark
+#+MACRO: OK  \faIcon{check}
+#+MACRO: bf \textbf{$1}
+
+# #+latex: \frame{\tocpage}
+
+* Problématique
+
+** Problématique
+
+*** Utilisateur
+
+- Définire une version modifier de l'étude (changement dans les
+  données)
+- Comparé des résultats entre une variante et l'étude
+
+{{{pause}}}
+
+**** COMMENT Développeur
+:PROPERTIES:
+:BEAMER_COL: 0.5
+:BEAMER_ENV: block
+:END:
+
+- Un unique fichier
+- Limité la duplication de donnée à sauvegarder
+- Garder une bonne cohérence entre données et résultats
+
+{{{pause}}}
+
+*** Scénarios
+:PROPERTIES:
+:BEAMER_COL: 1
+:BEAMER_ENV: definition
+:END:
+
+Un scénario est une variate d'une étude.
+
+** Problématique -- Avancer
+
+*** Utilisateur
+
+- Définire une version modifier d'un senarios
+- Comparé des résultats entre plusieurs senarios
+
+{{{pause}}}
+
+**** COMMENT Développeur
+:PROPERTIES:
+:BEAMER_COL: 0.5
+:BEAMER_ENV: block
+:END:
+
+- Un unique fichier
+- Limité la duplication de donnée à sauvegarder
+- Garder une bonne cohérence entre données et résultats
+
+{{{pause}}}
+
+*** Scénarios
+:PROPERTIES:
+:BEAMER_COL: 1
+:BEAMER_ENV: definition
+:END:
+
+Un scénario peut être l'étude ou une variate d'un autre scénario.
+
+** Problématique -- Encore plus avancer
+
+*** Utilisateur
+
+- Définire un ensemble fini de variante correspondant a un ensemble de
+  valeur pour un(des) paramètre(s) et executer un solveur sur
+  l'ensemble des variantes
+- Pouvoir comparé des metrics sur un ensemble de résultats trop grand
+  pour une comparaisont à la mains
+
+{{{pause}}}
+
+**** COMMENT Développeur
+:PROPERTIES:
+:BEAMER_COL: 0.5
+:BEAMER_ENV: block
+:END:
+
+- Un unique fichier
+- Limité la duplication de donnée à sauvegarder
+- Garder une bonne cohérence entre données et résultats
+
+{{{pause}}}
+
+*** Scénarios
+:PROPERTIES:
+:BEAMER_COL: 1
+:BEAMER_ENV: definition
+:END:
+
+Un scénario peut être l'étude, une variate d'un scénarios ou un
+ensemble fini de variantes d'un scénarios.
+
+** Problématique -- Encore plus plus avancer
+
+*** Utilisateur
+
+- Définire un ensemble fini de variante correspondant a un ensemble de
+  valeur pour un(des) paramètre(s) et faire un nombre fini de tirage
+  aléatoire dans ces paramètre pour executer un solveur ces paramètres
+- Pouvoir comparé des metrics sur un ensemble de résultats trop grand
+  pour une comparaisont à la mains
+
+{{{pause}}}
+
+*** Scénarios
+:PROPERTIES:
+:BEAMER_COL: 1
+:BEAMER_ENV: definition
+:END:
+
+Un scénario peut être l'étude, une variate d'un scénarios ou un
+ensemble fini ou un tirage aléatoire dans un ensemble de variantes
+d'un scénarios.
+
+** Problématique -- Développeur
+
+*** Développeur
+
+- Permetre a l'utilisateur de *garder une bonne cohérence entre
+  données et résultats* de façon claire
+- Permetre a l'utilisateur de *géré les scénarios* de façon claire
+  (représentation graphique)
+- Garder *un unique fichier* (=.pamhyr=)
+- *Limité la duplication* de donnée à sauvegarder
+- Permetre à l'utilisateur de garder les *résultats pertinant* sans
+  exploser la mémoire de l'ordinateur
+
+* Proposition
+
+** Proposition -- Concept
+
+*** {{{no}}}
+\vspace{-1.2cm}
+**** Deux type de scénarios
+:PROPERTIES:
+:BEAMER_COL: 0.5
+:BEAMER_ENV: block
+:END:
+
+- Scénarios simple
+- Scénarios d'éxecution d'ensemble
+
+{{{pause}}}
+
+**** Scénarios simple
+:PROPERTIES:
+:BEAMER_COL: 0.5
+:BEAMER_ENV: block
+:END:
+
+Est composer:
+- d'un identifiant unique
+- d'un nom (définie par l'utilisateur)
+- d'une description (définie par l'utilisateur)
+- d'un parent (définie par l'utilisateur)
+
+{{{pause}}}
+
+\vspace{-0.5cm}
+
+*** Scénarios d'ensembles
+
+**** {{{no}}}
+:PROPERTIES:
+:BEAMER_COL: 0.5
+:BEAMER_ENV: block
+:END:
+\vspace{-1cm}
+Est composer:
+- d'un identifiant unique
+- d'un nom (définie par l'utilisateur)
+- d'une description (définie par l'utilisateur)
+- d'un parent (définie par l'utilisateur)
+- d'un ou plusieurs ensemble de valeur
+
+**** {{{no}}}
+:PROPERTIES:
+:BEAMER_COL: 0.5
+:BEAMER_ENV: block
+:END:
+\vspace{-0.5cm}
+Un ensemble de valeurs est definie par:
+- une valeurs de départ
+- une valeurs de fin
+- un pas de valeur
+- un élément d'origine (élément définie dans l'étude)
+- une fonctions (modification de l'élément à l'aide d'une valeur de
+  l'ensemble)
+
+** Proposition -- Limitation
+
+*** Scénarios simple
+:PROPERTIES:
+:BEAMER_COL: 0.5
+:BEAMER_ENV: block
+:END:
+
+Si le scénarios est le *parent d'un autre scénarios*, il ne *peut plus
+être modifier* sans risquer des comportement difficilement
+comprehensible pour l'utilisateur.
+
+{{{pause}}}
+
+*** Scénarios d'ensembles
+:PROPERTIES:
+:BEAMER_COL: 0.5
+:BEAMER_ENV: block
+:END:
+
+- Un scénarios d'ensemble *ne peut pas être parent* d'un autre
+  scénarios
+- Le nombre d'exécution peut très rapidement grossir
+
+** Proposition -- Affichage
+
+#+name: graph-scenarios
+#+header: :results drawer
+#+header: :exports results
+#+header: :post attr_wrap(width="7cm", data=*this*, name="graph-scenarios", caption="Exemple of scenarios graph", float="t")
+#+begin_src dot :file "images/graph-scenarios.png" :cache no
+  digraph {
+        bgcolor="transparent";
+        node[colorscheme=pastel19,shape=ellipse,style="filled",fillcolor=9];
+
+        b[fillcolor=2];
+
+        aa[shape=box,fillcolor=2];
+        aa2[label="aa'", shape=box, fillcolor=2];
+        ad[shape=box, fillcolor=2];
+        re[shape=box, fillcolor=2];
+        rf[shape=box, fillcolor=2];
+
+        default -> a;
+        default -> b;
+        default -> c;
+
+        a -> aa;
+        a -> aa2;
+        a -> f -> rf;
+        c -> d -> ad;
+        c -> e -> re;
+  }
+#+end_src
+
+#+RESULTS[80ed2484b9cc71143f800ff23c10846fd04697c3]: graph-scenarios
+:results:
+#+CAPTION[]: Exemple of scenarios graph
+#+NAME: graph-scenarios
+#+ATTR_LATEX: :width 7cm :float t
+[[file:images/graph-scenarios.png]]
+:end:
+
+* Solution technique
+
+** Technique -- scénarios
+
+#+begin_src sql
+  CREATE TABLE scenario(
+    id INTEGER NOT NULL PRIMARY KEY AUTOINCREMENT,
+    name TEXT NOT NULL,           -- Name of the scenario
+    description TEXT NOT NULL,    -- Rich text description
+    parent_id INTEGER REFERENCES scenario(id) -- Recursive references
+                                              -- for parent scenario
+  )
+#+end_src
+
+** Technique -- Données -- Enregistrement
+
+#+begin_src sql
+  -- Unique ID (Must be unused, to delete)
+  id INTEGER NOT NULL PRIMARY KEY AUTOINCREMENT,
+  -- New ID (not unique)
+  pamhyr_id INTEGER NOT NULL,
+  -- (Optional) Flag for set there is no data in this scenario and
+  -- ignore parent scenario
+  dummy BOOLEAN NOT NULL,
+  -- Corresponding scenario
+  scenario_id INTEGER NOT NULL,
+  PRIMARY KEY(pamhyr_id, scenario_id),
+  FOREIGN KEY(scenario_id) REFERENCES scenario(id),
+#+end_src
+
+** Technique -- Données -- Chargement
+
+#+begin_src python :python python3 :results output :noweb yes
+  def load(cls, db, current_scenario):
+    # Default case, end of recursion
+    if current_scenario is None:
+      return []                   # Default value
+
+    table = db.execute(f"<MY SELECT> WHERE scenario_id = {current_scenario}")
+
+    # If no data for this scenario, recursion
+    if len(table) == 0:
+      parent_id = db.get_parent_id(current_scenario)
+      return cls.load(db, parent_id)
+
+    # Otherelse, parse data and return...
+#+end_src
+
+** Technique -- Données -- Modification
+
+#+begin_src python :python python3 :results output :noweb yes
+  def set_modified(self, current_scenario):
+      self.scenario = current_scenario
+#+end_src
+
+#+begin_src python :python python3 :results output :noweb yes
+  def delete(self, current_scenario):
+      self.deleted = True
+      self.set_modified(current_scenario)
+#+end_src
+
+** Technique -- Exécution d'ensemble
+
+#+begin_src sql
+  CREATE TABLE range_set(
+    id INTEGER PRIMARY KEY AUTOINCREMENT,
+    start REAL NOT NULL,          -- Range start
+    end REAL NOT NULL,            -- Range end
+    step REAL NOT NULL,           -- Range step
+    generator_name TEXT NOT NULL, -- Generator function name (ex:
+                                  -- 'minor_strickler')
+    original_data_id INTEGER,     -- (optional) Ref to data who apply
+                                  -- this range (ex: a strickler id)
+    scenario_id INTEGER NOT NULL,
+    FOREIGN KEY(scenario_id) REFERENCES scenario(id)
+  )
+#+end_src
+
+* Sauvegarde des résultats
+
+** Sauvegarde des résultats
+
+*** Scénarios simple
+
+Sauvegarde d'un seul résultats complet par scénarios (et par solver).
+
+*** Scénarios d'ensemble
+
+Sauvegarde de metrics récupéré sur un ensemble de résultats (pas de
+sauvegarde de tous les résultats) ou certain résultats particuliers.
+
+* Question & remarque
+
+** Question & remarque
+
+- Solution satisfaisante ?
+- Cas d'usage intéressent non couvert ?
+- Contre exemple ?
+- Meilleur solution ?

doc/paper/2023/simhydro/presentation/presentation.org

@@ -424,7 +424,7 @@ Create a new version of {{{pamhyr}}} called {{{pamhyr2}}}
 
 ** Contribution
 #+LaTeX: \begin{center}
-\faIcon{gitlab} https://gitlab.irstea.fr/theophile.terraz/pamhyr/
+\faIcon{gitlab} https://gitlab.com/pamhyr/pamhyr2/
 #+LaTeX: \end{center}
 
 *** For users
@@ -462,7 +462,7 @@ Create a new version of {{{pamhyr}}} called {{{pamhyr2}}}
 # #+END_EXPORT
 
 #+LaTeX: \begin{center}
-\faIcon{gitlab} https://gitlab.irstea.fr/theophile.terraz/pamhyr/
+\faIcon{gitlab} https://gitlab.com/pamhyr/pamhyr2/
 #+LaTeX: \end{center}
 
 #+LaTeX: \begin{center}

doc/users/TP_AdisTS_Vieux_Rhone/Biblio.bib

@@ -0,0 +1,68 @@
+
+@article{camenen_simple_2007,
+	title = {Simple and {General} {Formula} for the {Settling} {Velocity} of {Particles}},
+	volume = {133},
+	language = {en},
+	number = {2},
+	urldate = {2025-01-23},
+	journal = {Journal of Hydraulic Engineering},
+	author = {Camenen, Benoit},
+	month = feb,
+	year = {2007},
+	pages = {229-233},
+}
+
+@article{meyer-peter_formulas_1948,
+	address = {Stockholm, Sweden},
+	title = {Formulas for bed-load transport.},
+	journal = {Report on Second Meeting of IAHR},
+	author = {Meyer-Peter, E and Mueller, R},
+	year = {1948},
+	pages = {39-64},
+}
+
+@article{elder_dispersion_1959,
+	title = {The dispersion of marked fluid in turbulent shear flow},
+	volume = {5},
+	issn = {0022-1120, 1469-7645},
+	language = {en},
+	number = {04},
+	urldate = {2025-01-23},
+	journal = {Journal of Fluid Mechanics},
+	author = {Elder, J. W.},
+	month = may,
+	year = {1959},
+	pages = {544},
+}
+
+@article{fischer_discussion_1975,
+	title = {Discussion of Simple Method for Predicting Dispersion in Streams},
+	volume = {101},
+	issn = {0090-3914, 2690-2435},
+	language = {en},
+	number = {3},
+	urldate = {2025-01-23},
+	journal = {Journal of the Environmental Engineering Division},
+	author = {Fischer, Hugo B},
+	month = mar,
+	year = {1975},
+	pages = {453-455},
+}
+
+@article{iwasa_predicting_1991,
+	address = {Hong Kong},
+	title = {Predicting longitudinal dispersion coefficient in open channel flows},
+	journal = {roc. Int. Symp. of Environmental Hydraulics},
+	author = {Iwasa, Y and Aya, S},
+	year = {1991},
+	pages = {505-510},
+}
+
+@book{soulsby_dynamics_1997,
+	address = {London},
+	edition = {Thomas Telford},
+	title = {Dynamics of {Marine} {Sands}: {A} {Manual} for {Practical} {Applications}},
+	urldate = {2025-01-23},
+	author = {Soulsby, Richard},
+	year = {1997},
+}

doc/users/TP_AdisTS_Vieux_Rhone/Sujet.tex

@@ -0,0 +1,175 @@
+
+%% LyX 2.0.2 created this file.  For more info, see http://www.lyx.org/.
+%% Do not edit unless you really know what you are doing.
+\documentclass[12pt,french]{article}
+\usepackage[T1]{fontenc}
+\usepackage[latin9]{inputenc}
+\usepackage{geometry}
+\geometry{verbose,tmargin=2cm,bmargin=2cm,lmargin=2cm,rmargin=2cm,headheight=2cm,headsep=2cm,footskip=2cm}
+\usepackage{textcomp}
+\usepackage{graphicx}
+\usepackage{hyperref}
+\usepackage[frenchb]{babel}
+
+\makeatletter
+
+%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% LyX specific LaTeX commands.
+\newcommand{\noun}[1]{\textsc{#1}}
+%% Because html converters don't know tabularnewline
+\providecommand{\tabularnewline}{\\}
+
+\makeatother
+
+\usepackage{babel}
+\addto\extrasfrench{%
+   \providecommand{\og}{\leavevmode\flqq~}%
+   \providecommand{\fg}{\ifdim\lastskip>\z@\unskip\fi~\frqq}%
+}
+
+\begin{document}
+\includegraphics[width=5cm]{img/Logo-INRAE_Transparent.png}
+
+~
+
+~
+
+~
+
+\begin{center}
+
+TP AdisTS - Pamhyr2\\
+Version : Janvier 2025
+
+\par\end{center}
+
+~
+
+~
+
+\begin{center}
+
+\textbf{\LARGE Modélisation 1D du transport sédimentaire :  } \\
+\textbf{\LARGE Cas du Vieux-Rhône de Miribel-Jonage}\\
+\textbf{\LARGE (Lyon, France)}
+
+\par\end{center}{\LARGE \par}
+
+~
+\begin{center}
+	\includegraphics[width=17cm]{img/Garde.jpeg}
+	\par\end{center}
+~
+
+\begin{center}
+{\large INRAE Lyon-Grenoble Auvergne-Rhône-Alpes}
+\par\end{center}{\large \par}
+
+\begin{center}
+
+RiverLy, Hydraulique des rivières
+
+\par\end{center}
+
+~
+
+\begin{center}
+\begin{tabular}{lll}
+Auteur : & Dorian Hernandez & dorian.hernandez@inrae.fr\tabularnewline
+	     & Théophile Terraz & theophile.terraz@inrae.fr\tabularnewline
+
+\end{tabular}
+\par\end{center}
+
+~
+
+
+\pagebreak{}
+
+\begin{center}
+\tableofcontents{}
+\par\end{center}
+
+~
+
+\pagebreak{}
+
+% \section{Introduction}
+%
+% TODO
+%
+% \pagebreak{}
+
+
+\section{Contexte de l'étude - le colmatage du Vieux-Rhône}
+
+Le champ de captage de Crépieux-Charmy est un site de pompage d'eau potable alimentant 97 \% de la ville de Lyon. Situé au nord-est de la ville, il est en contact hydraulique avec trois chenaux du Rhône. Le canal de Miribel au Nord, dont les débits varient entre 89 (débit réservé) et 2400 ~$m³/s$ (Crue extrême), le canal de Jonage au sud, imposant un débit quasi constant de 600 ~$m³/s$ pour alimenter la centrale de Cusset, et un Vieux-Rhône qui traverse le site. Les fortes variations hydrauliques le long de Miribel, ainsi que le débit constant le long de Jonage mènent à un dépôt général des sédiments fins et grossiers le long du Vieux-Rhône, avec la création d'un remous important causé par Jonage.
+
+\begin{center}
+\includegraphics[width=15cm]{img/Intro.jpeg}
+\par\end{center}
+
+Eau du grand Lyon, le gérant du champ de captage, souhaite identifier les zones de dépôts de sédiments fin le long du Vieux-Rhône, cause principale de colmatage, impactant les performances de pompage de l'eau dans les nappes. 
+
+
+\begin{center}
+\includegraphics[width=15cm]{img/Champ_captant.jpeg}
+\par\end{center}
+
+Pour cela, une campagne expérimentale visant à identifier les zones colmatés du Vieux-Rhône a été réalisée et a mis en avant une hétérogénéité du site. Notamment, une forte zone de dépôts de grossier est présente en amont. Tandis qu'une présence plus importante de fines et sables dans la zone aval (zone de remous de Jonage) a été observée, ainsi qu'un colmatage plus important.
+
+\begin{center}
+	\includegraphics[width=15cm]{img/Grossier_sable.jpeg}
+\par\end{center}
+
+En parallèle, un modèle numérique hydraulique 1D a été élaboré sous Pamhyr2 afin d'analyser l'écoulement sur le site. Les résultats numériques mettent alors bien en avant le remous généré par Jonage, ainsi qu'une diminution de la vitesse de l'écoulement à partir du point kilométrique (PK) 1000, fin de la zone amont.
+
+\begin{center}
+	\includegraphics[width=15cm]{img/Simu.jpeg}
+	\par\end{center}
+
+\section{Objectifs de l'étude}
+
+Le modèle numérique 1D représente actuellement la partie hydraulique du système. L'objectif du TP est alors de mettre en donnée la partie sédimentaire (fines) du modèle, afin d'effectuer des calculs à l'aide de AdisTS , et in-fine, identifier les zones de dépôt et d'érosion des sédiments fins le long du Vieux-Rhône selon différents scénarios hydraulique. Les différentes étapes seront alors : 
+
+\begin{itemize}
+	\item Mettre en données le modèle Pamhyr2 du Vieux-Rhône pour le solveur AdisTS.
+	\item Lancer des calculs Mage - AdisTS pour différents scénarios hydrauliques.
+	\item Interpréter et discuter les résultats obtenus (comportement hydro-sédimentaire du site, impacts des débits, impact d'une crue, limites du modèle, etc..)
+\end{itemize}
+
+\section{Données fournies}
+
+\textbf{Le modèle numérique du Vieux-Rhône}
+
+Fichier \textit{Vieux\_Rhone\_TP\_AdisTS.pamhyr}.\\
+
+\textbf{Les scénarios hydrauliques}
+
+Quatre scénarios hydrauliques sont à analyser  (voir les conditions initiales hydraulique) : 
+
+\begin{itemize}
+	\item Le premier correspond à un débit constant de 25~$m³/s$
+	\item Le deuxième consiste en une faible montée en débit puis à une redescente (25 - 50 - 25~$m³/s)$.
+	\item Le troisième correspondant à une plus forte montée en débit (25 - 100 - 25~$m³/s)$.
+	\item Le dernier correspond à une crue (25 - 600 - 25~$m3/s)$.\\
+\end{itemize}
+
+\textbf{Propriétés des sédiments}
+
+Nous considérerons 2 classes de sédiments de types sable naturel, correspondant à une classe de Fines (limon) de diamètre moyen 63 microns et une classe de Sable de 500 microns. Les deux classes auront une masse volumique de 2650~$kg/m³$, et une porosité de 0,45 pourra être choisie. Leurs concentrations constantes en amont (conditions aux limites amont) seront de 60 $mg/l$ pour les fines et 30 $mg/l$ pour les sables. Nous considérerons dans un premier temps qu'il n'y a aucun dépôt initial de ces deux classes de sédiments et que la concentration initiale en sédiments dans le bief est nulle.\\
+
+\textbf{Documentation}
+
+\begin{itemize}
+	\item Un tutoriel guidé de mise en données : Pas-a-pas.pdf.
+	\item Un guide utilisateur de AdisTS : adis-TS\_usage.pdf
+	\item Un guide de conception de AdisTS : adis-TS\_conception.pdf
+\end{itemize}
+
+\section{Bonus}
+
+Ajouter une épaisseur initiale de sédiments \textit{Sables} au fond de 1 $cm$ et relancer un calcul avec le scénario 1.
+
+
+\pagebreak{}
+\end{document}

doc/users/TP_AdisTS_Vieux_Rhone/build.sh

@@ -0,0 +1,8 @@
+#! /bin/sh
+
+pdflatex -no-shell-escape pas-a-pas.tex
+bibtex pas-a-pas.aux
+pdflatex -no-shell-escape pas-a-pas.tex
+pdflatex -no-shell-escape pas-a-pas.tex
+pdflatex -no-shell-escape Sujet.tex
+pdflatex -no-shell-escape Sujet.tex

doc/users/TP_AdisTS_Vieux_Rhone/pas-a-pas.tex

@@ -0,0 +1,291 @@
+
+%% LyX 2.0.2 created this file.  For more info, see http://www.lyx.org/.
+%% Do not edit unless you really know what you are doing.
+\documentclass[12pt,french]{article}
+\usepackage[T1]{fontenc}
+\usepackage[latin9]{inputenc}
+\usepackage{geometry}
+\geometry{verbose,tmargin=2cm,bmargin=2cm,lmargin=2cm,rmargin=2cm,headheight=2cm,headsep=2cm,footskip=2cm}
+\usepackage{textcomp}
+\usepackage{graphicx}
+\usepackage{hyperref}
+\usepackage[frenchb]{babel}
+
+\makeatletter
+
+%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% LyX specific LaTeX commands.
+\newcommand{\noun}[1]{\textsc{#1}}
+%% Because html converters don't know tabularnewline
+\providecommand{\tabularnewline}{\\}
+
+\makeatother
+
+\usepackage{babel}
+\addto\extrasfrench{%
+   \providecommand{\og}{\leavevmode\flqq~}%
+   \providecommand{\fg}{\ifdim\lastskip>\z@\unskip\fi~\frqq}%
+}
+
+\begin{document}
+\includegraphics[width=5cm]{img/Logo-INRAE_Transparent.png}
+
+~
+
+~
+
+~
+
+\begin{center}
+
+Tutoriel Pas-à-pas AdisTS - Pamhyr2
+
+Version : Janvier 2025
+
+\par\end{center}
+
+~
+
+~
+
+\begin{center}
+
+\textbf{\LARGE Modélisation 1D du transport sédimentaire :  } \\
+\textbf{\LARGE Cas du Vieux-Rhône de Miribel-Jonage}\\
+\textbf{\LARGE (Lyon, France)}
+
+\par\end{center}{\LARGE \par}
+
+~
+\begin{center}
+	\includegraphics[width=17cm]{img/Garde.jpeg}
+	\par\end{center}
+~
+
+\begin{center}
+{\large INRAE Lyon-Grenoble Auvergne-Rhône-Alpes}
+\par\end{center}{\large \par}
+
+\begin{center}
+
+RiverLy, Hydraulique des rivières
+
+\par\end{center}
+
+~
+
+\begin{center}
+\begin{tabular}{lll}
+Auteurs : & Dorian Hernandez & dorian.hernandez@inrae.fr\tabularnewline
+	      & Théophile Terraz & theophile.terraz@inrae.fr\tabularnewline
+
+
+\end{tabular}
+\par\end{center}
+
+~
+
+\pagebreak{}
+
+\begin{center}
+\tableofcontents{}
+\par\end{center}
+
+~
+
+\pagebreak{}
+
+% \section{Introduction}
+%
+% TODO
+%
+% \pagebreak{}
+
+
+\section{Ouvrir l'étude}
+
+Lancez Pamhyr2.
+
+Cliquez sur le bouton \includegraphics[width=0.5cm]{../../../src/View/ui/ressources/open.png} puis ouvrez le modèle Pamhyr2 \textit{Vieux\_Rhone\_TP\_AdisTS.pamhyr}.
+
+Le modèle à un bief du Vieux-Rhône s'affiche sur la fenêtre graphique. 
+
+\begin{center}
+\includegraphics[width=15cm]{img/Open_model.jpeg}
+\par\end{center}
+
+
+\section{Mise en donnée}
+
+\subsection{Création des classes de sédiments}
+
+Dans la fenêtre principale, cliquez sur \texttt{[AdisTS] => [Polluants]} pour créer des classes de sédiments.
+
+\begin{center}
+\includegraphics[width=15cm]{img/Model_menu_Adists.jpeg}
+\par\end{center}
+
+La fenêtre \textit{Polluants - Vieux-Rhône} s'affiche. Elle va nous permettre de définir l'ensemble des caractéristiques (type de sédiment, taille moyenne, masse volumique,..) de nos classes de sédiments, ainsi que les conditions sédimentaires initiales et aux limites du modèle.
+
+A l'aide du bouton \includegraphics[width=0.5cm]{../../../src/View/ui/ressources/add.png} inclure deux nouvelles classes de sédiments et les nommer \textit{Fines} et \textit{Sables}.
+
+\begin{center}
+	\includegraphics[width=15cm]{img/Polluants_fenetre.jpeg}
+\par\end{center}
+
+Pensez à sauvegarder régulièrement l'étude, à l'aide du bouton \includegraphics[width=0.5cm]{../../../src/View/ui/ressources/save.png} de la fenêtre principale.
+
+\subsection{Caractéristiques et conditions initiales des sédiments}
+
+Pour pouvoir attribuer des caractéristiques et des conditions initiales à une classe de sédiments, il faut d'abord la sélectionner. 
+
+Cliquez sur la classe de sédiments \textit{Fines}, puis ouvrez la fenêtre \texttt{[Caractéristiques]}.
+
+\begin{center}
+	\includegraphics[width=15cm]{img/Pol_to_Caracteristique.jpeg}
+\par\end{center}
+
+La fenêtre d'édition de la classe de sédiments \textit{Fines} s'ouvre. 
+
+\begin{center}
+	\includegraphics[width=15cm]{img/caracteristique_fines_a_completer.jpeg}
+	\par\end{center}
+
+Celle-ci contient les informations nécessaire à la résolution des termes sources (taux d'érosion et de dépôt) de l'équation de transport-dispersion. Notamment pour le calcul de la vitesse de chute selon \cite{camenen_simple_2007} et la contrainte critique de mise en mouvement via l'approximation de \cite{soulsby_dynamics_1997}.
+
+Complétez les valeurs manquantes du tableau selon les données de l'énoncé. Puis, fermez la fenêtre des caractéristiques. 
+
+Ouvrez à présent la fenêtre de \texttt{[Conditions initiales]} (toujours pour les \textit{Fines}). 
+
+\begin{center}
+	\includegraphics[width=15cm]{img/CI.jpeg}
+\par\end{center}
+
+Cette fenêtre contient deux espaces permettant de définir la concentration initiale de \textit{Fines} (dans "l'eau" du bief) et l'épaisseur de dépôt de fines au fond du bief. Dans le compartiment de gauche, on définit les valeurs par défaut, appliquées à l'ensemble du bief. Le compartiment de droite permet d'imposer des conditions initiales différentes en fonction des PKs du bief. 
+
+Nous considérerons une concentration initiale nulle en sédiments fins, ainsi qu'une épaisseur nulle au fond.\\ 
+\\
+Fermez la fenêtre de conditions initiales.\\
+\\
+Sélectionnez la classe de sédiments \textit{Sables} et répétez les étapes précédentes en considérant cette fois-ci les caractéristiques propres aux sables selon l'énoncé.
+
+\subsection{Conditions aux limites}
+
+Pour les conditions aux limites il n'est pas nécessaire de mettre en surbrillance les classes de sédiments.\\
+\\
+Ouvrez la fenêtre de \texttt{[Conditions aux limites]} et ajouter deux conditions aux limites de type concentration au n½ud amont du bief. Il y aura alors une condition aux limites pour chaque classe de sédiments. 
+
+\begin{center}
+	\includegraphics[width=15cm]{img/CL.jpeg}
+\par\end{center}
+
+Éditez la condition aux limites \textit{Fines} en la mettant en surbrillance et en cliquant sur le bouton \includegraphics[width=0.5cm]{../../../src/View/ui/ressources/edit.png}.\\
+Créez une condition aux limites de type concentration constante de 0.060 $kg/m³$ en insérant deux lignes \textit{Temps/Concentration} à l'aide du bouton \includegraphics[width=0.5cm]{../../../src/View/ui/ressources/add.png}.
+
+\begin{center}
+	\includegraphics[width=15cm]{img/CL_edit.jpeg}
+\par\end{center}
+
+Procédez de la même façon pour la classe de sédiments \textit{Sables}, mais avec une concentration de 0.030 $kg/m³$.\\
+\\
+Fermez les fenêtres d'éditions des conditions aux limites et des polluants.
+
+\subsection{Caractéristiques du fond fixe}
+
+Dans la fenêtre principale, cliquez sur \texttt{[AdisTS] => [D90]}. Cette fenêtre permet de définir le diamètre des particules fixes au fond du canal, nécessaire pour le calcul du coefficient de Strickler à la manière de \cite{meyer-peter_formulas_1948}. De même que pour les conditions initiales des polluants, la fenêtre d'édition est divisée en deux parties afin d'introduire un paramètres par défaut et de laisser la possibilité d'appliquer des valeurs de $d_{90}$ variables le long du bief.
+	
+\begin{center}
+	\includegraphics[width=15cm]{img/D90.jpeg}
+\par\end{center}
+
+Définissez 2 coefficients différents. Une valeur de 5 cm sur la partie amont (zone principale de dépôt de grossier) et 2 cm sur la partie avale.
+
+\subsection{Coefficient de diffusion}
+
+Le coefficient de diffusion $D_f$ comprend une part de diffusion moléculaire prise par défaut à $D_{mol}=10^{-6}$, à laquelle s'ajoutent les diffusions turbulentes et la dispersion sous forme d'un seul terme $D_{mix}$ défini selon les formules de \cite{fischer_discussion_1975}, \cite{elder_dispersion_1959} ou \cite{iwasa_predicting_1991}. Il est aussi possible d'utiliser une forme générique de $D_{mix}$ (voir doc utilisateur) ou encore d'imposer une valeur constante. Dans le cas tu TP nous choisirons Iwasa et Aya avec $\alpha=2$.
+
+\begin{center}
+	\includegraphics[width=15cm]{img/Diff.jpeg}
+	\par\end{center}
+
+\section{Paramètres du solveur}
+
+Dans la fenêtre principale, cliquez sur \texttt{[Exécuter] => [Paramètres numériques des solveurs]}.
+Dans la fenêtre \textit{Paramètres du solveur}, sélectionnez l'onglet \texttt{[Adis-TS\_WC]}.
+
+Ces paramètres pilotent le comportement du solveur numérique. On retrouve notamment les temps de début et de fin de la simulation. Le pas de temps maximal en secondes pour le calcul. Le paramètre d'implicitation du schéma numérique de Crank-Nicholson (0.5 comme valeur recommandée). Les temps d'écriture des fichiers .bin, .csv (pour l'export à la volée), et de l'affichage à l'écran. On retrouve aussi la possibilité d'appliquer une concentration initiale.
+
+
+Exemple de valeurs des paramètres : 
+
+\begin{center}
+	\includegraphics[width=15cm]{img/Execute_param.jpeg}
+	\par\end{center}
+
+Fermez la fenêtre \textit{Paramètres du solveur}.
+
+\section{Lancer une simulation}
+
+Avant de lancer AdisTS, il est nécessaire d'avoir une première solution hydraulique.
+
+Vérifiez que les conditions aux limites amont et aval sélectionnées sont bien celles correspondantes à l'hydrogramme et au limnigramme du scénrio souhaité.
+
+\begin{center}
+	\includegraphics[width=15cm]{img/CL_verif.jpeg}
+	\par\end{center}
+
+Dans la fenêtre principale, cliquez sur \texttt{[Exécuter] => [Lancer le solveur]}.
+Sélectionnez \textit{Defaut-Mage - (Mage8)} et cliquez sur le bouton \textit{Lancer}.
+La fenêtre \textit{Log du solveur} s'ouvre.
+Cette fenêtre affiche les sorties texte du solveur.
+À partir de la fenêtre \textit{Log du solveur}, il est possible de réexécuter le calcul en cliquant sur l'icône \includegraphics[width=0.5cm]{../../../src/View/ui/ressources/run.png}. Cliquez sur le bouton \textit{Résultats} pour ouvrir la fenêtre \textit{Résultats} de Mage.
+
+Dans la fenêtre principale, cliquez sur \texttt{[Exécuter] => [Lancer AdisTS]}.
+Sélectionnez \textit{Defaut-AdisTS - (adistswc)} et cliquez sur le bouton \textit{Lancer}.
+La fenêtre \textit{Log du solveur} s'ouvre.
+Cette fenêtre affiche les sorties texte du solveur. Si le calcul s'est déroulé correctement, la fenêtre log devrait ressembler à celle-ci : 
+
+\begin{center}
+	\includegraphics[width=15cm]{img/log.jpeg}
+\par\end{center}
+
+
+Cliquez sur le bouton \textit{Résultats} pour ouvrir la fenêtre \textit{Résultats} de AdisTS. Il est aussi possible de ré-ouvrir les résultats de Mage en cliquant sur le bouton \textit{Résultats Mage}.
+
+\section{Visualisation et export de résultats}
+
+Il est aussi possible d'ouvrir la fenêtre \textit{Résultats} si vous avez fermé la fenêtre \textit{Log du solveur}, en cliquant sur \texttt{[Résultats] => [Visualiser les derniers résultats]} à partir de la fenêtre principale. Les résultats affichés sont ceux de AdisTS.
+
+\begin{center}
+	\includegraphics[width=15cm]{img/Results.jpeg}
+\par\end{center}
+
+Le panneau supérieur gauche permet de sélectionner le bief, le panneau du milieu gauche permet de sélectionner une section dans ce bief et le panneau inférieur gauche permet de sélectionner la classe de sédiments dont on veut extraire des résultats. 
+La fenêtre de droite possède 4 onglets. Chaque onglet présente des résultats en fonction du temps (un curseur en bas de la fenêtre permet de visualiser les résultats à différents pas de temps) : 
+
+\begin{itemize}
+	\item Le premier onglet correspond aux données brutes de concentration dans l'eau et de masse déposée pour chaque classe de sédiments de l'étude.
+	\item Le deuxième onglet est divisée en deux sous-onglets permettant de visualiser de deux façons différentes la concentration de la classe de sédiments sélectionnée : soit en fonction du PK du bief, soit en fonction du temps.
+	\item De même, le troisième onglet est divisé en deux sous-onglets permettant de visualiser cette fois-ci la masse linéique de sédiments s'étant déposés.
+	\item Enfin le dernier onglet présente l'épaisseur des sédiments déposés.
+\end{itemize}
+
+Il est possible d'exporter les résultats au format CSV en cliquant sur le bouton \includegraphics[width=0.5cm]{../../../src/View/ui/ressources/export.png} en haut à gauche de la fenêtre.
+
+\begin{center}
+	\includegraphics[width=15cm]{img/Export_res_adis.jpeg}
+\par\end{center}
+
+Répétez les étapes 4 et 5, selon différents scénarios hydrauliques.
+
+\section{Bonus}
+
+Ajoutez une épaisseur initiale de 1 cm de sédiments \textit{Sables} au fond et relancer un calcul avec le scénario 1.
+
+
+
+\bibliographystyle{plainnat}
+\bibliography{Biblio.bib}
+
+
+\pagebreak{}
+\end{document}

doc/users/TP_Hydraulique_Hogneau/Tuto-2-fr.tex

@@ -0,0 +1,293 @@
+
+%% LyX 2.0.2 created this file.  For more info, see http://www.lyx.org/.
+%% Do not edit unless you really know what you are doing.
+\documentclass[12pt,french]{article}
+\usepackage[T1]{fontenc}
+\usepackage[utf8]{inputenc}
+\usepackage{geometry}
+\geometry{verbose,tmargin=2cm,bmargin=2cm,lmargin=2cm,rmargin=2cm,headheight=2cm,headsep=2cm,footskip=2cm}
+\usepackage{textcomp}
+\usepackage{graphicx}
+\usepackage{hyperref}
+\usepackage[frenchb]{babel}
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+\makeatletter
+
+%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% LyX specific LaTeX commands.
+\newcommand{\noun}[1]{\textsc{#1}}
+\usepackage{amsthm}
+
+\newtheorem{remark}{Q?}
+%% Because html converters don't know tabularnewline
+\providecommand{\tabularnewline}{\\}
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+\makeatother
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+\usepackage{babel}
+\addto\extrasfrench{%
+   \providecommand{\og}{\leavevmode\flqq~}%
+   \providecommand{\fg}{\ifdim\lastskip>\z@\unskip\fi~\frqq}%
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+
+\begin{document}
+\includegraphics[width=5cm]{img/Logo-INRAE_Transparent.png}
+
+~
+
+~
+
+~
+
+\begin{center}
+
+Tutoriel pour Pamhyr2
+
+- suite -
+
+Janvier 2025
+
+\par\end{center}
+
+~
+
+~
+
+\begin{center}
+
+\textbf{\LARGE Scénarii d'aménagement de la rivière  } \\
+\textbf{\LARGE Hogneau (Nord, France) avec Pamhyr2}
+
+\par\end{center}{\LARGE \par}
+
+~
+
+~
+
+\begin{center}
+{\large INRAE Lyon-Grenoble Auvergne-Rhône-Alpes}
+\par\end{center}{\large \par}
+
+\begin{center}
+
+RiverLy, Hydraulique des rivières
+
+\par\end{center}
+
+~
+
+~
+
+~
+
+~
+
+~
+
+~
+
+\begin{center}
+\begin{tabular}{lll}
+Auteurs : & Céline Berni & celine.berni@inrae.fr\tabularnewline
+& Théophile TERRAZ & theophile.terraz@inrae.fr\tabularnewline
+
+\end{tabular}
+\par\end{center}
+
+~
+
+\pagebreak{}
+
+\begin{center}
+\tableofcontents{}
+\par\end{center}
+
+~
+
+\pagebreak{}
+
+% \section{Introduction}
+%
+% TODO
+%
+% \pagebreak{}
+
+
+\section*{Préambule}
+
+Dans ce document, nous expliciterons les fonctionnalités de PamHyr utiles à la modélisation de scénarii d'aménagement de la rivière Hogneau comme décrit dans le document de TP.
+Il est utile au préalable d'avoir suivi le tutoriel pour la modélisation de la rivière Hogneau fourni avec le logiciel (Tuto1-fr.pdf).
+Suivre le tutoriel 1 vous permettra de construire le modèle avec le scénario de référence (la rivière avant aménagement).
+
+Notez que l'outil PamHyr ne permet pas au stade actuel de comparer plusieurs scenarii.
+Vous devrez pour ce faire exporter les vos résultats à partir de la fenêtre \textit{Résultats} qui s'ouvre en cliquant sur \texttt{[Résultats] => [Visualiser les derniers résultats]} à partir de la fenêtre principale.
+
+\begin{center}
+\includegraphics[width=15cm]{img/export_resultats_commentee.png}
+%\includegraphics[width=12cm]{../../../src/View/ui/ressources/export_resultats2.png}
+\par\end{center}
+
+Le bouton \includegraphics[width=0.5cm]{../../../src/View/ui/ressources/export.png} vous permet d'exporter les résultats au format CSV pour une utilisation en dehors de Pamhyr2.
+
+Deux options s'offrent à vous :
+\begin{itemize}
+	\item Vous souhaitez avoir une vue d'ensemble du cours d'eau (et tracer une courbe de remous par exemple). Vous allez exporter une variable en un instant donné tout le long du cours d'eau. Il faut alors vous placer à un instant donné (à l'aide du curseur en bas à gauche) et exporter la grandeur de votre choix  pour tous les points kilométriques de votre maillage. Dans la fenêtre d'export, vous devrez sélectionner \texttt{Point Kilométrique (m)} pour l'axe X, et la variable que vous souhaitez exporter pour l'axe Y.
+
+Cocher \texttt{enveloppe} vous permettra d'exporter en plus les valeurs minimale et maximale au cours du temps pour la grandeur choisie.
+
+Par exemple, vous choisissez d'exporter la cote du fond et la cote de l'eau et vous cochez \texttt{enveloppe}. Vous obtiendrez un tableau avec les colonnes suivantes :
+\begin{itemize}
+	\item \texttt{Point Kilométrique (m)} : toutes les valeurs de PK le long de votre bief
+	\item \texttt{Cote du fond (m)} : la cote du fond correspondante à chaque PK
+	\item \texttt{Cote de l'eau (m)} : la cote de l'eau correspondante à chaque PK à l'instant sélectionné (voir figure ci-dessous)
+	\item \texttt{Cote de l'eau min (m)} : la cote de l'eau minimale atteinte correspondante à chaque PK
+	\item \texttt{Cote de l'eau max (m)} : la cote de l'eau maximale atteinte correspondante à chaque PK
+\end{itemize}
+ces deux dernières colonnes constituant l'enveloppe de la cote de l'eau.
+	\item Vous souhaitez regarder l'évolution au cours du temps de ce qu'il se passe en un point précis du cours d'eau (regarder l'hydrogramme de crue à l'aval d'un aménagement par exemple). Vous devez alors vous placer au point kilométrique (PK) qui vous intéresse (le PK sélectionné est marqué en rouge sur la visualisation du profil en long ou sélectionné dans le tableau) et exporter la hauteur d'eau, le niveau d'eau, le débit ou autre en fonction du temps. Dans la fenêtre d'export, vous devrez sélectionner \texttt{Temps (s)} pour l'axe X.
+\end{itemize}
+
+Ainsi dans l'exemple ci-dessus, les données exportées le seront au point kilométrique 34000\,m, à l'instant $t=1$ jour et 12h.
+
+
+\pagebreak{}
+
+\section{Premier scénario d'aménagement : abaissement du seuil}
+
+Parmi les 3 options d'aménagement évoquées par la collectivité locale, jouer sur le contrôle aval en abaissant le seuil qui marque la jonction avec le canal de Condé-Pommeroeul peut faire baisser le niveau à l’amont.
+
+\begin{remark}
+Pourquoi jouer sur le contrôle aval peut-il avoir un effet sur le niveau d'eau en amont ?
+\end{remark}
+
+Pour modifier la hauteur du seuil, dans la fenêtre principale, cliquez sur \texttt{[Hydraulique] => [Ouvrages hydrauliques]} pour ouvrir la fenêtre des ouvrages hydrauliques.
+Vous pouvez alors sélectionner le seuil Palplanche.
+
+\begin{center}
+\includegraphics[width=15cm]{img/ouvrage_seuilpalplanche.png}
+\par\end{center}
+
+Sélectionnez le seuil aval (SeuilPalplanche) et cliquez sur \includegraphics[width=0.5cm]{"../../../src/View/ui/ressources/edit.png"} pour modifier les lois de cet ouvrage.
+Vous pouvez alors essayer de modifier la cote du seuil.
+Lancez le calcul en exécutant le programme pour plusieurs hauteurs de seuil (dont celle initiale de référence) avec chacune des trois crues proposées en condition amont.
+
+\begin{remark}
+Exportez les données obtenues en fonction du PK pour 2 ou 3 hauteurs de seuil.
+Sur quelle distance le seuil aval influence-t-il la hauteur d'eau ?
+Est-ce suffisant pour limiter la hauteur d'eau au niveau du pont de l'A2 ($PK \approx 33000$\,m) ?
+\end{remark}
+
+\pagebreak{}
+
+\section{Second scénario d'aménagement : élargissement du lit moyen}
+
+Ce scénario d'aménagement consiste à essayer d’augmenter le laminage en créant un lit moyen en rive droite entre les PKs 32 015 et 33 920\,m. Pour rappel, cette localisation est imposée pour des raisons de disponibilité des terrains et on ne peut pas envisager une largeur du lit moyen supérieure à 50 mètres.
+
+\begin{remark}
+Pourquoi élargir le lit moyen peut-il avoir un effet sur le niveau d'eau durant la crue ?
+\end{remark}
+
+Pour élargir le lit moyen, la géométrie doit être modifiée.
+Il est judicieux d'enregistrer votre étude sous un autre nom avant de procéder à ces modifications (cliquez sur \texttt{[Fichier] => [Sauvegarder sous]}).
+
+Vous aurez un certain nombre de sections à modifier. Pour limiter leur nombre, le plus simple est de repartir de la géométrie initiale (avant maillage) avant de modifier les transects et de mailler à nouveau après les modifications.
+Vous pouvez supprimer les sections interpolées (notées interpol\textit{i}) en les sélectionnant dans la fenêtre \textit{Géométrie} et en appuyant sur le bouton \includegraphics[width=0.5cm]{../../../src/View/ui/ressources/del.png}.
+
+Cliquez sur \texttt{[Géométrie] => [Modifier la géométrie]} ou sur l'icône \includegraphics[width=0.5cm]{../../../src/View/ui/ressources/geometry.png} pour définir la géométrie du bief.
+Sélectionnez la section en travers que vous souhaitez modifier.
+Vous pouvez l'éditer en cliquant sur l'icône \includegraphics[width=0.5cm]{"../../../src/View/ui/ressources/edit.png"}.
+
+S'ouvre alors la fenêtre suivante :
+\begin{center}
+\includegraphics[width=15cm]{img/modif_profil_en_travers.png}
+\par\end{center}
+
+En appuyant sur \includegraphics[width=0.5cm]{"../../../src/View/ui/ressources/add.png"} vous pourrez ajouter un point sur votre profil en travers que vous pourrez ensuite placer ou vous le souhaitez sur le profil grâce aux flèches \includegraphics[width=0.5cm]{"../../../src/View/ui/ressources/up.png"} ou \includegraphics[width=0.5cm]{"../../../src/View/ui/ressources/down.png"}.
+Dans le cas présent, afin d'élargir le lit moyen de 50\,m, vous pourrez ajouter un point juste après le point qui correspond à la rive droite (rd) légèrement plus haut et 50\,m plus à droite (en $Y=61.5$\,m et $Z=20.1$\,m par exemple).
+Il ne restera alors plus qu'à décaler tous les points suivants de 50\,m.
+
+Vous devriez obtenir la géométrie suivante :
+\begin{center}
+\includegraphics[width=15cm]{img/modif_profil_en_travers2.png}
+\par\end{center}
+
+Vous pouvez appliquer cette méthode à l'ensemble des transects à élargir et lancer le calcul pour chacune des crues proposées avec ce nouvel aménagement.
+
+\begin{remark}
+Exportez les résultats obtenus  pour la hauteur d'eau en fonction du PK pour ce nouveau scénario.
+Quel est l'effet de cet aménagement sur la hauteur d'eau et sur quel secteur ?
+Exportez également le débit en fonction du temps en quelques sections choisies.
+Quel est l'effet de cet aménagement sur l'hydrogramme de crue ?
+Peut-on s'attendre à ce résultat compte tenu du volume qu'il est possible de stocker en lit moyen et du volume total de la crue ?
+\end{remark}
+
+\pagebreak{}
+
+\section{Troisième scénario d'aménagement : casier de stockage}
+
+Ce troisième scénario consiste à faire baisser le débit dans la rivière en créant un déversement vers un casier de stockage en rive gauche juste en aval du pont de l'A2.
+La surface de stockage disponible a été estimée à 42 ha pour une altitude moyenne du terrain naturel de 18\,m.
+
+\begin{remark}
+Quel volume d'eau ce réservoir peut-il stocker ?
+Comment se compare-t-il au volume de la crue ?
+Quel est alors l'effet attendu de cet ouvrage ?
+\end{remark}
+
+Pour modéliser ce scénario, il est nécessaire de dévier une part de l'écoulement pour le diriger vers un casier.
+Il faut donc créer une difluence, soit modifier le réseau.
+De nouveau, il est préférable d'enregistrer l'étude sous un autre nom avant de procéder à ces modifications.
+
+Cliquez sur \texttt{[Réseau] => [Modifier le réseau]} ou sur l'icône \includegraphics[width=0.5cm]{img/network.png} pour modifier la structure de votre rivière.
+Le réseau pour la configuration de référence ne comportait qu'un seul bief entre deux noeuds.
+Pour ajouter un casier, il faut ajouter un noeud pour la diffluence, un noeud en amont du casier et un noeud en aval du casier.
+Le casier ne peut en effet pas être en limite aval du modèle ni directement au niveau de la confluence.
+Pour ajouter un noeud, cliquez sur \includegraphics[width=0.5cm]{../../../src/View/ui/ressources/add.png} pour sélectionner l'outil ``d'addition'' et cliquez ensuite dans la fenêtre grise à l'endroit ou vous souhaitez ajouter un noeud.
+De la même façon vous pourrez avec cet outil ajouter un bief entre deux noeuds en cliquant successivement sur l'un puis sur l'autre.
+Vous pourrez alors créer un réseau tel que celui ci-dessous où DevLat est le noeud marquant la diffluence.
+\begin{center}
+\includegraphics[width=12cm]{img/reseau_casier.png}
+\par\end{center}
+
+Pour chacun des nouveau biefs crées, il vous faudra créer ou adapter la géométrie.
+Deux exemples vous sont proposés ci-dessous pour les biefs amont et aval du casier.
+\begin{center}
+\includegraphics[width=10cm]{img/geom_am_casier.png}
+\includegraphics[width=10cm]{img/geom_av_casier.png}
+\par\end{center}
+Vous noterez la présence d'un ouvrage sur le bief amont afin de pouvoir contrôler à partir de quelle hauteur d'eau on souhaite commencer le remplissage du casier.
+
+Pour le bief principal constitué des deux biefs Crespin->DevLat et DevLat->SeuilAval, l'un d'eux porte la géométrie complète tandis que la géométrie de l'autre n'est pas définie.
+Il vous faudra supprimer les sections dans l'un que vous implémenterez dans l'autre.
+L'outil d'import de géométrie pourra  vous aider.
+Il faudra le cas échéant réimplémenter également les ouvrages.
+
+Vous devrez ensuite implémenter le casier sur le noeud nommé casier. Cliquez sur \texttt{[Hydraulique] => [Casiers]}. Vous pouvez ajouter un casier en cliquant sur \includegraphics[width=0.5cm]{../../../src/View/ui/ressources/add.png}. Vous devrez ensuite configurer le casier  en cliquant sur l'icône \includegraphics[width=0.5cm]{"../../../src/View/ui/ressources/edit.png"}. Pour chaque altitude, vous pouvez définir l'aire de stockage (en ha). Vous pourrez ainsi configurer votre casier de la façon suivante :
+\begin{center}
+\includegraphics[width=10cm]{img/Casier.png}
+\par\end{center}
+
+Lancez le calcul pour chacune des crues proposées avec ce nouvel aménagement.
+
+\begin{remark}
+Exportez les résultats obtenus  pour la hauteur d'eau en fonction du PK pour ce nouveau scénario.
+Quel est l'effet de cet aménagement sur la hauteur d'eau et sur quel secteur ?
+Exportez également le débit en fonction du temps en quelques sections choisies.
+Quel est l'effet de cet aménagement sur l'hydrogramme de crue ?
+Comparer les crues centenale et décennale : comment l'ouvrage sur le bief amont impacte-t-il les hydrogrammes ?
+Vos résultats sont-ils cohérent avec vos premières estimations ?
+\end{remark}
+
+\section{Conclusion}
+
+\`A l'aide de la modélisation numérique du cours d'eau de l'Hogneau, vous avez pu comparer l'efficacité de 3 scenarii d'aménagement sur une crue historique, une crue centenale et une crue décennale.
+
+\begin{remark}
+Quel aménagement jugez-vous le plus efficace ?
+Quels éléments vous ont apporté la modélisation ?
+Que proposeriez-vous à la collectivité locale ?
+\end{remark}
+
+A travers cet exemple, avez pris en main l'outil PamHyr avec le code de calcul MAGE.
+
+\pagebreak{}
+\end{document}

doc/users/TP_Hydraulique_Hogneau/build.sh

@@ -4,3 +4,5 @@ pdflatex -no-shell-escape step-by-step.tex
 pdflatex -no-shell-escape step-by-step.tex
 pdflatex -no-shell-escape pas-a-pas.tex
 pdflatex -no-shell-escape pas-a-pas.tex
+pdflatex -no-shell-escape Tuto-2-fr.tex
+pdflatex -no-shell-escape Tuto-2-fr.tex

doc/users/TP_Hydraulique_Hogneau/step-by-step.tex

@@ -101,7 +101,7 @@ Authors : & Pierre-Antoine Rouby & pierre-antoine.rouby@inrae.fr\tabularnewline
 
 \section{Install Pamhyr2}
 
-Pamhyr2 can be downloaded from \url{https://gitlab.irstea.fr/theophile.terraz/pamhyr}.
+Pamhyr2 can be downloaded from \url{https://gitlab.com/pamhyr/pamhyr2}.
 \begin{center}
 \includegraphics[width=15cm]{img/dl.png}
 \par\end{center}

doc/users/TP_charriage/Donnees_TP_Pamhyr2_charriage/6_sections_elargissement.st

@@ -0,0 +1,235 @@
+# Exported from Pamhyr2
+     0     1     0    37     0.000000 p1013
+0.0000       0.0000       14.0000         
+0.0000       0.0134       12.9933         
+0.0000       0.9213       12.5393         
+0.0000       1.8292       12.0854         
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+0.0000       10.0000      8.0000       FD 
+0.0000       10.8333      8.0000          
+0.0000       11.6667      8.0000          
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+0.0000       15.8333      8.0000          
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+0.0000       20.0000      8.0000       FG 
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+0.0000       24.5393      10.2697         
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+0.0000       28.1708      12.0854         
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+0.0000       29.9866      12.9933         
+0.0000       30.0000      14.0000         
+     999.9990     999.9990     999.9990
+     1     2     0    37   350.000000 p1025
+350.0000     0.0000       13.6500         
+350.0000     0.0134       12.6433         
+350.0000     0.9213       12.1893         
+350.0000     1.8292       11.7354         
+350.0000     2.7370       11.2815         
+350.0000     3.6449       10.8275         
+350.0000     4.5528       10.3736         
+350.0000     5.4607       9.9197          
+350.0000     6.3685       9.4657          
+350.0000     7.2764       9.0118          
+350.0000     8.1843       8.5579          
+350.0000     9.0921       8.1039          
+350.0000     10.0000      7.6500       FD 
+350.0000     10.8333      7.6500          
+350.0000     11.6667      7.6500          
+350.0000     12.5000      7.6500          
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+350.0000     15.8333      7.6500          
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+350.0000     18.3333      7.6500          
+350.0000     19.1667      7.6500          
+350.0000     20.0000      7.6500       FG 
+350.0000     20.9079      8.1039          
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+350.0000     23.6315      9.4657          
+350.0000     24.5393      9.9197          
+350.0000     25.4472      10.3736         
+350.0000     26.3551      10.8275         
+350.0000     27.2630      11.2815         
+350.0000     28.1708      11.7354         
+350.0000     29.0787      12.1893         
+350.0000     29.9866      12.6433         
+350.0000     30.0000      13.6500         
+     999.9990     999.9990     999.9990
+     2     3     0    37   370.000000 p1026
+370.0000     0.0000       13.6300         
+370.0000     0.0134       12.6233         
+370.0000     0.9213       12.1693         
+370.0000     1.8292       11.7154         
+370.0000     2.7370       11.2615         
+370.0000     3.6449       10.8075         
+370.0000     4.5528       10.3536         
+370.0000     5.4607       9.8997          
+370.0000     6.3685       9.4457          
+370.0000     7.2764       8.9918          
+370.0000     8.1843       8.5379          
+370.0000     9.0921       8.0839          
+370.0000     10.0000      7.6300       FD 
+370.0000     11.2500      7.6300          
+370.0000     12.5000      7.6300          
+370.0000     13.7500      7.6300          
+370.0000     15.0000      7.6300          
+370.0000     16.2500      7.6300          
+370.0000     17.5000      7.6300          
+370.0000     18.7500      7.6300          
+370.0000     20.0000      7.6300          
+370.0000     21.2500      7.6300          
+370.0000     22.5000      7.6300          
+370.0000     23.7500      7.6300          
+370.0000     25.0000      7.6300       FG 
+370.0000     25.9079      8.0839          
+370.0000     26.8157      8.5379          
+370.0000     27.7236      8.9918          
+370.0000     28.6315      9.4457          
+370.0000     29.5393      9.8997          
+370.0000     30.4472      10.3536         
+370.0000     31.3551      10.8075         
+370.0000     32.2630      11.2615         
+370.0000     33.1708      11.7154         
+370.0000     34.0787      12.1693         
+370.0000     34.9866      12.6233         
+370.0000     35.0000      13.6300         
+     999.9990     999.9990     999.9990
+     3     4     0    37   630.000000 p1035
+630.0000     0.0000       13.3700         
+630.0000     0.0134       12.3633         
+630.0000     0.9213       11.9093         
+630.0000     1.8292       11.4554         
+630.0000     2.7370       11.0015         
+630.0000     3.6449       10.5475         
+630.0000     4.5528       10.0936         
+630.0000     5.4607       9.6397          
+630.0000     6.3685       9.1857          
+630.0000     7.2764       8.7318          
+630.0000     8.1843       8.2779          
+630.0000     9.0921       7.8239          
+630.0000     10.0000      7.3700       FD 
+630.0000     11.2500      7.3700          
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guix.sh

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+#!/usr/bin/env bash
+
+guix shell --manifest=manifest.scm -- python3 ./src/pamhyr.py $@

manifest.scm

@@ -0,0 +1,23 @@
+;; manifest.scm -- Pamhyr2 Guix manifest
+;; Copyright (C) 2025  INRAE
+;;
+;; This program is free software: you can redistribute it and/or modify
+;; it under the terms of the GNU General Public License as published by
+;; the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
+;; (at your option) any later version.
+;;
+;; This program is distributed in the hope that it will be useful,
+;; but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+;; MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+;; GNU General Public License for more details.
+;;
+;; You should have received a copy of the GNU General Public License
+;; along with this program.  If not, see <https://www.gnu.org/licenses/>.
+
+(specifications->manifest
+ (list "python" "python-platformdirs" "python-lxml"
+       "python-pyqt@5" "python-pyqt5-sip"
+       "python-pyqtgraph" "python-qscintilla"
+       "python-numpy@1" "python-shapely" "python-pyshp"
+       "python-matplotlib" "python-colorama"
+       "python-rasterio"))

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 copy /y ..\doc\images\* pamhyr\doc\images
 
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 mkdir pamhyr\doc\TP_charriage
-copy /y ..\doc\users\TP_charriage\ pamhyr\doc\TP_charriage
+mkdir pamhyr\doc\TP_charriage\Donnees_TP_Pamhyr2_charriage
+copy /y ..\doc\users\TP_charriage\TP_Pamhyr2_charriage.pdf pamhyr\doc\TP_charriage\
+copy /y ..\doc\users\TP_charriage\Donnees_TP_Pamhyr2_charriage\* pamhyr\doc\TP_charriage\Donnees_TP_Pamhyr2_charriage\
+
+rem TP AdisTS
+mkdir pamhyr\doc\TP_AdisTS_Vieux_Rhone\
+mkdir pamhyr\doc\TP_AdisTS_Vieux_Rhone\data
+copy /y ..\doc\users\TP_AdisTS_Vieux_Rhone\*.pdf pamhyr\doc\TP_AdisTS_Vieux_Rhone\
+copy /y ..\doc\users\TP_AdisTS_Vieux_Rhone\*.pamhyr pamhyr\doc\TP_AdisTS_Vieux_Rhone\
+copy /y ..\doc\users\TP_AdisTS_Vieux_Rhone\data\* pamhyr\doc\TP_AdisTS_Vieux_Rhone\data\

requirements.txt

@@ -12,3 +12,5 @@ shapely>=2.0.1
 lxml>=4.9.3
 platformdirs>=4.2.0
 pyshp>=2.3.1
+rasterio==1.3.11
+#fortranformat==2.0.3

src/Checker/Adists.py

@@ -1,5 +1,5 @@
 # Adists.py -- Pamhyr study checkers
-# Copyright (C) 2023-2024  INRAE
+# Copyright (C) 2023-2025  INRAE
 #
 # This program is free software: you can redistribute it and/or modify
 # it under the terms of the GNU General Public License as published by

src/Checker/Checker.py

@@ -1,5 +1,5 @@
 # Checker.py -- Pamhyr abstract checker class
-# Copyright (C) 2023-2024  INRAE
+# Copyright (C) 2023-2025  INRAE
 #
 # This program is free software: you can redistribute it and/or modify
 # it under the terms of the GNU General Public License as published by

src/Checker/Mage.py

@@ -1,5 +1,5 @@
 # Mage.py -- Pamhyr MAGE checkers
-# Copyright (C) 2023-2024  INRAE
+# Copyright (C) 2023-2025  INRAE
 #
 # This program is free software: you can redistribute it and/or modify
 # it under the terms of the GNU General Public License as published by